PDB-5t8b: Crystal structure of lpg1496 under 350 MPa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t8b

タイトル

Crystal structure of lpg1496 under 350 MPa

要素

lpg1496

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / lpg1496 / high-pressure cryocooling

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Huang, Q. / Szebenyi, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lpg1496 under 350 MPa
著者: Huang, Q. / Szebenyi, D.

履歴

登録	2016年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t8b.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t8b.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t8c 5t8l 5t8n
類似構造データ	5t8c-d 5yw0-d 5k9r-1 6m7k-d 5bu2-2 4lm1-1 5c2h-1 6fwg-d 2y0j-2 6nji-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lpg1496

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.618, 75.618, 99.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-893- HOH

#1: タンパク質	lpg1496 分子量: 34299.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 298-598 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8UY02
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 12% PEG6000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH8.4 / PH範囲: 8.0-8.8 / Temp details: ROOM TEMPERATURE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 47082 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24 % / Net I/σ(I): 40.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→41.704 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1962	3769	4.25 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1713	88625	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2318	0	0	428	2746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2392
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	3241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11	1428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	340
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.519	0.294	131	0.2634	3059	X-RAY DIFFRACTION	97
1.519-1.539	0.303	138	0.2494	3135	X-RAY DIFFRACTION	98
1.539-1.5601	0.2446	139	0.2225	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5601-1.5824	0.2307	140	0.2116	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5824-1.606	0.2109	139	0.2062	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.606-1.6311	0.2317	141	0.2066	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6311-1.6578	0.2208	139	0.1949	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6578-1.6864	0.2337	141	0.1884	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6864-1.7171	0.1965	142	0.1995	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7501	0.2194	136	0.1959	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7501-1.7858	0.2046	139	0.1823	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7858-1.8247	0.2379	142	0.1885	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8247-1.8671	0.2557	138	0.1904	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8671-1.9138	0.2008	141	0.1782	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9138-1.9655	0.2052	142	0.178	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9655-2.0234	0.2051	138	0.1728	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0234-2.0887	0.2079	141	0.1735	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0887-2.1633	0.1847	141	0.1643	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2499	0.1798	133	0.1682	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2499-2.3523	0.1895	140	0.1675	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3523-2.4763	0.1909	143	0.1688	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4763-2.6315	0.2157	141	0.1773	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6315-2.8346	0.2045	141	0.1754	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8346-3.1198	0.1807	144	0.1748	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1198-3.571	0.195	139	0.1559	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.571-4.4982	0.1611	135	0.1298	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4982-41.7206	0.1713	145	0.1584	3166	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)