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- PDB-5t83: Structure of a guanidine-I riboswitch from S. acidophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t83
タイトルStructure of a guanidine-I riboswitch from S. acidophilus
要素RNA (95-MER)
キーワードRNA / riboswitch / guanidine / s-turn / a-minor
機能・相同性GUANIDINE / IRIDIUM HEXAMMINE ION / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / STRONTIUM ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Reiss, C.W. / Xiong, Y. / Strobel, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Ligand Binding to the Guanidine-I Riboswitch.
著者: Reiss, C.W. / Xiong, Y. / Strobel, S.A.
#1: ジャーナル: to be published
タイトル: Metabolism of Free Guanidine in Bacteria is Regulated by Widespread Riboswitch Classes
著者: Nelson, J.W. / Atilho, R.M. / Sherlock, M.E. / Reiss, C.W. / Strobel, S.A. / Stockbridge, R.B. / Breaker, R.R.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.version
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (95-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,72217
ポリマ－30,7361
非ポリマー1,98616
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.091, 49.091, 246.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (95-MER)


分子量: 30736.305 Da / 分子数: 1 / 変異: U24G, A25U, G26C, C30G, U31G, A32U / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)
参照: GenBank: 361052061

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非ポリマー , 6種, 34分子

#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / 1,5,10,14-テトラアゾニアテトラデカン


分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H30N4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#6: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: RNA solution: 130 uM RNA in 10 mM MgCl2, 10 mM KCl, and 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5; Reagent: 32% MPD, 40 mM SrCl2, 12 mM spermine, 40 mM sodium acetate, pH 4.6, and 0.8 mM iridium (III) hexamine; ...詳細: RNA solution: 130 uM RNA in 10 mM MgCl2, 10 mM KCl, and 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5; Reagent: 32% MPD, 40 mM SrCl2, 12 mM spermine, 40 mM sodium acetate, pH 4.6, and 0.8 mM iridium (III) hexamine; RNA solution and reagent mixed 1:1

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.999946, 1.10532, 1.10482
シンクロトロンAPS 19-BM21.10062
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2016年5月25日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2016年3月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2Double crystal, Si(111)
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9999461
21.105321
31.104821
41.100621
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 15638 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.71→40 Å / SU B: 14.244 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.091 / ESU R Free: 0.302 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 434 4.9 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 8451 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.35 Å20 Å20 Å2
2--4.35 Å20 Å2
3----8.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1917 62 6 1985

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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