[日本語] English
万見
- PDB-5t7g: Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Be... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t7g
タイトルCrystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PT9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYT)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Peptide (PT9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYT)
キーワードIMMUNE SYSTEM / MAJOR HISTOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I / MHC-I / H2-Dd / H-2Dd / HIV peptide / PVI10 / PV9 / PT9 / GLYCOPROTEIN / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / Neutrophil degranulation / host cell endosome membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / viral protein processing / immune response / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.961 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2018
タイトル: Effects of Cross-Presentation, Antigen Processing, and Peptide Binding in HIV Evasion of T Cell Immunity.
著者: Frey, B.F. / Jiang, J. / Sui, Y. / Boyd, L.F. / Yu, B. / Tatsuno, G. / Billeskov, R. / Solaymani-Mohammadi, S. / Berman, P.W. / Margulies, D.H. / Berzofsky, J.A.
履歴
登録2016年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年2月19日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide (PT9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYT)
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: Peptide (PT9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,30318
ポリマ－89,5596
非ポリマー74512
水6,918384
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: Peptide (PT9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,27611
ポリマ－44,7793
非ポリマー4978
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
Q: Peptide (PT9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0287
ポリマ－44,7793
非ポリマー2484
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.243, 120.496, 143.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32005.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: PET21-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Peptide (PT9) of HIV gp120 MN isolate (IGPGRAFYT)


分子量: 982.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate MN) (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P05877*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG 10000, 0.1M MES buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射モノクロメーター: SI 100 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→39 Å / Num. obs: 63236 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.546 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KD7

5kd7


解像度: 1.961→38.966 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 3077 5.01 %
Rwork0.1947 --
obs0.1969 61427 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.961→38.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6183 0 48 384 6615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1948691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2823782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.961-1.99110.3621290.3242423X-RAY DIFFRACTION90
1.9911-2.02380.36741320.29712552X-RAY DIFFRACTION94
2.0238-2.05870.28021350.29032531X-RAY DIFFRACTION95
2.0587-2.09610.33151410.26982596X-RAY DIFFRACTION95
2.0961-2.13640.30151350.26232554X-RAY DIFFRACTION96
2.1364-2.180.29511390.24112630X-RAY DIFFRACTION95
2.18-2.22740.25961360.23072563X-RAY DIFFRACTION96
2.2274-2.27920.28781400.22642647X-RAY DIFFRACTION96
2.2792-2.33620.27911330.2282590X-RAY DIFFRACTION96
2.3362-2.39940.27741410.2282635X-RAY DIFFRACTION97
2.3994-2.470.27141390.21212622X-RAY DIFFRACTION97
2.47-2.54970.25541390.21622634X-RAY DIFFRACTION97
2.5497-2.64080.26011390.21112696X-RAY DIFFRACTION98
2.6408-2.74650.24441410.2132652X-RAY DIFFRACTION98
2.7465-2.87150.2771430.19542692X-RAY DIFFRACTION98
2.8715-3.02280.2621410.19812693X-RAY DIFFRACTION98
3.0228-3.21210.20951440.19142703X-RAY DIFFRACTION98
3.2121-3.460.23411430.18492724X-RAY DIFFRACTION99
3.46-3.80790.18721440.16222768X-RAY DIFFRACTION99
3.8079-4.35830.19861450.15412749X-RAY DIFFRACTION99
4.3583-5.48850.18921460.14072811X-RAY DIFFRACTION99
5.4885-38.9660.21361520.18832885X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19590.1987-0.53573.7229-1.23873.342-0.08610.0516-0.1591-0.12070.0936-0.02710.1401-0.0611-0.02030.3514-0.0010.01050.1036-0.02010.193751.56281.8609165.4855
20.90480.5478-0.47645.46910.60210.7825-0.19070.1159-0.1211-0.73090.1179-0.16480.3945-0.01430.08250.6126-0.02130.17990.2151-0.02070.298161.00179.3489148.3901
32.11330.12690.41913.09090.43732.10940.0365-0.02240.1552-0.35710.0796-0.5783-0.0370.2659-0.09770.2045-0.01420.0380.1236-0.01170.198360.90837.65160.3726
41.7751-0.32610.0432.889-0.16022.5064-0.0464-0.08730.0015-0.3584-0.07410.56840.1197-0.32430.01810.2874-0.0287-0.08040.1375-0.02540.186740.676926.6091160.6423
52.4826-1.01390.76064.5568-0.53192.1724-0.0721-0.22630.0615-0.11110.05430.5134-0.0089-0.33540.06140.2755-0.0114-0.00680.2075-0.04920.162641.274727.232163.0014
60.41310.0314-0.25980.3663-0.24541.3093-0.10470.0452-0.0983-0.22170.06650.04530.04050.1846-0.02940.5479-0.06590.03050.1911-0.02610.285352.087-5.3794166.8948
73.17880.16071.30144.3926-1.05955.7171-0.0836-0.59440.07830.5410.15360.0595-0.1836-0.1626-0.03850.28790.04290.01760.2629-0.00670.249550.607733.5507198.4991
84.0045-0.25460.99213.6437-0.34534.3776-0.30050.09940.1172-0.294-0.0058-0.8301-0.01010.73270.20910.249-0.00470.04910.25850.03270.344161.853936.9466185.8764
91.5477-0.86280.3690.8047-0.9591.6594-0.3947-0.21040.23940.76060.3031-0.384-0.2860.20210.13710.24840.1193-0.13950.39390.10750.241365.29114.2736204.2541
101.34440.24940.3971.98180.78761.18150.1569-0.1223-0.02040.058-0.1149-0.8941-0.35880.5940.0361-0.17830.2231-0.07230.25940.13870.365267.15580.9774196.5648
112.73730.6727-0.96563.939-0.56563.57240.0385-0.1869-0.01150.22240.04330.1879-0.1817-0.1385-0.06160.13570.0493-0.01980.19340.01770.199445.81549.5367201.1708
123.13670.2674-0.35654.5919-0.64761.51860.0114-0.0113-0.0828-0.1056-0.03320.32580.0224-0.03980.03210.14680.0424-0.02650.17070.01890.181145.99838.969198.6617
134.45420.1757-1.39865.6882-2.31037.4055-0.2581-0.3369-0.01840.27860.1024-0.4336-0.43560.7275-0.07060.27650.0216-0.07420.156-0.06340.25254.654141.9662192.3334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 162 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 274 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 99 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 9 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 103 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 104 through 162 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 163 through 198 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 199 through 274 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 52 through 99 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'Q' and (resid 1 through 9 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る