PDB-5t79: X-Ray Crystal Structure of a Novel Aldo-keto Reductases for the B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t79

タイトル

X-Ray Crystal Structure of a Novel Aldo-keto Reductases for the Biocatalytic Conversion of 3-hydroxybutanal to 1,3-butanediol

要素

Aldo-keto Reductase, OXIDOREDUCTASE

キーワード

TRANSLATION / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NADP-dependent oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal catabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical studies of novel aldo-keto reductases for the biocatalytic conversion of 3-hydroxybutanal to 1,3-butanediol.
著者: Kim, T. / Flick, R. / Brunzelle, J. / Singer, A. / Evdokimova, E. / Brown, G. / Joo, J.C. / Minasov, G.A. / Anderson, W.F. / Mahadevan, R. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2016年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t79.cif.gz	156.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t79.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t79_validation.pdf.gz	775.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t79_full_validation.pdf.gz	776 KB	表示
XML形式データ	5t79_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	5t79_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/5t79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/5t79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3erpSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bx0-d 3qoy-d 4fma-11 3qyb-d 3hzj-1 5jt8-1 5x42-1 1ur3-d 6rcl-d 1xgd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01002

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aldo-keto Reductase, OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Aldo-keto Reductase, OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
307 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_775	-x+2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	3_755	-y+2,x,z	1
crystal symmetry operation	4_575	y,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	5_757	-x+2,y,-z+2	1
crystal symmetry operation	6_577	x,-y+2,-z+2	1
crystal symmetry operation	7_557	y,x,-z+2	1
crystal symmetry operation	8_777	-y+2,-x+2,-z+2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.387, 94.387, 91.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	89
Space group name H-M	P422

#1: タンパク質	Aldo-keto Reductase, OXIDOREDUCTASE 分子量: 37430.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM2406 / プラスミド: P15TVLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8ZNA1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5M NH4Sulfate, 12% Sucrose, 0.1M HEPES pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97917 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月17日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 35207 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ERP

3erp

解像度: 1.86→29.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU R_free Blow DPI: 0.117 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.108

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	1999	5.74 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	34852	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2126 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2126 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4252 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2499	0	59	448	3006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2761	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.95	3790	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1290	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		68	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		431	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2761	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.85
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.74
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		340	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3496	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.92 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	154	5.74 %
R_work	0.257	2527	-
all	0.257	2681	-
obs	-	-	89.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.158	-1.1093	5.5573	5.1865	3.3275	3.2594	-0.0805	0.6798	-0.3128	-0.1365	-0.1074	0.4284	0.1384	0.054	0.1879	0.0364	-0.0301	-0.065	0.0302	-0.0506	0.039	97.5885	60.689	96.3062
2	1.2317	-0.0246	-0.4211	0.5748	0.0041	1.1049	-0.0032	0.0073	-0.0931	-0.0381	-0.0032	0.0031	0.138	0.0432	0.0065	-0.0123	0.0256	-0.0151	-0.0579	0.0111	-0.0426	108.271	67.7621	106.666
3	2.129	3.765	0.6964	2.0271	-0.0919	0.5596	0.0623	0.0361	0.0277	-0.0522	-0.0554	0.0833	0.0316	-0.1837	-0.0069	0.0491	0.0403	0.0179	0.0613	-0.003	-0.0137	105.912	73.4869	95.4434
4	0.6896	0.323	-0.0409	0.9241	0.2093	0.4092	0.0318	-0.0066	0.0498	0.001	-0.0145	-0.0318	-0.0314	-0.0446	-0.0173	0.0106	0.0156	-0.0061	-0.0009	0.0237	0.0065	109.682	82.5806	109.032
5	1.068	-1.5858	1.4208	4.2075	-0.5073	1.6982	0.0399	0.0035	0.0216	0.4499	-0.0173	-0.25	-0.0778	0.0272	-0.0226	0.0106	-0.0094	-0.0101	-0.0504	-0.0033	-0.0767	113.705	90.621	123.821
6	2.0435	-0.3854	0.4373	1.774	-0.6369	1.7738	0.0159	-0.1827	0.112	0.247	0.0116	0.0747	-0.1442	-0.0262	-0.0275	-0.0198	-0.0072	0.0065	-0.0555	0.0009	-0.0764	106.447	83.2281	122.936
7	1.5835	-0.7122	-0.458	2.7679	0.5565	0.4755	0.0032	-0.1764	-0.0967	0.0943	-0.0015	-0.1868	0.0036	0.0202	-0.0017	-0.051	0.0056	-0.016	-0.0599	0.0494	-0.0853	114.022	68.1423	123.263
8	1.9908	-1.7485	-4.4755	0	5.4289	4.8414	0.0028	0.2288	-0.1266	-0.1823	-0.0693	0.0005	-0.0012	0.1873	0.0666	0.0705	0.0154	-0.0056	0.0907	0.0612	0.1875	131.415	58.9998	110.421
9	3.9037	0.533	0.9024	0.439	-0.5824	0	0.0225	-0.1452	-0.2393	-0.0002	0.0074	-0.0618	-0.1713	0.3852	-0.0298	-0.0239	0.0067	0.0151	-0.0127	0.0701	0.2245	131.54	54.0831	119.766
10	1.5494	-0.3652	-0.1014	1.6992	-0.1569	1.3844	0.0249	-0.1598	-0.3924	-0.0576	-0.0348	-0.1546	0.1653	0.0255	0.01	-0.0775	0.0029	-0.0076	-0.1201	0.0791	0.0073	114.695	54.7836	118.98
11	3.174	1.475	-2.6478	1.486	-2.8605	6.4186	0.0659	0.2616	-0.32	-0.2396	-0.0985	-0.1596	0.3634	0.0077	0.0327	-0.0228	0.0398	-0.0039	-0.092	-0.012	0.0631	111.905	55.9147	106.944
12	4.5658	-0.361	-2.5376	2.3905	2.5866	2.1739	0.0155	-0.6153	-0.3946	0.3527	-0.3025	0.3403	-0.0257	-0.0868	0.287	-0.0164	-0.0265	-0.0034	-0.061	0.1662	0.0663	111.654	49.5403	125.216
13	0	-3.7788	0.1049	0.1846	1.9604	1.774	0.0425	-0.3046	-0.042	0.1339	0.0731	-0.3512	0.1781	0.0725	-0.1156	0.0009	0.0402	-0.0713	0.0007	0.1987	0.105	124.54	52.5534	128.531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - A\|8}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|9 - A\|75}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|76 - A\|84}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|85 - A\|142}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|143 - A\|151}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|152 - A\|185}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|186 - A\|230}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|231 - A\|255}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|256 - A\|265}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|266 - A\|297}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|298 - A\|312}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|313 - A\|321}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|322 - A\|330}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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