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- PDB-5t5o: LECTIN FROM BAUHINIA FORFICATA IN COMPLEX WITH TN-PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5o
タイトルLECTIN FROM BAUHINIA FORFICATA IN COMPLEX WITH TN-PEPTIDE
要素
  • Lectin
  • TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LEGUME LECTIN / CONCANAVALIN A / GALNAC-SPECIFIC / LIGAND-FREE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Bauhinia forficata (マメ科)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural analysis and unique molecular recognition properties of a Bauhinia forficata lectin that inhibits cancer cell growth.
著者: Lubkowski, J. / Durbin, S.V. / Silva, M.C. / Farnsworth, D. / Gildersleeve, J.C. / Oliva, M.L. / Wlodawer, A.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lectin
a: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
B: Lectin
b: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
C: Lectin
c: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
D: Lectin
d: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
E: Lectin
e: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
F: Lectin
f: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
G: Lectin
g: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
H: Lectin
h: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
I: Lectin
i: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
J: Lectin
j: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,04850
ポリマ－276,03420
非ポリマー3,01430
水3,837213
1
A: Lectin
a: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lectin
b: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lectin
c: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lectin
d: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Lectin
e: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Lectin
f: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Lectin
g: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Lectin
h: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Lectin
i: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Lectin
j: TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9055
ポリマ－27,6032
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.081, 187.290, 258.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 229 / Label seq-ID: 1 - 229

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BC
3CE
4DG
5EI
6FK
7GM
8HO
9IQ
10JS

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.858173, -0.511906, 0.038617), (-0.512347, 0.849329, -0.127048), (0.032238, -0.128814, -0.991145)19.018761, 16.60815, 164.352081
3given(-0.338245, -0.923564, -0.180608), (0.929813, -0.298411, -0.215402), (0.145043, -0.240791, 0.959678)49.923611, -39.606529, 79.649757
4given(-0.195157, 0.933664, 0.300308), (0.937676, 0.267388, -0.221962), (-0.287537, 0.238274, -0.927657)0.37954, -52.674591, 92.906471
5given(-0.810043, 0.584067, 0.051919), (0.582996, 0.792733, 0.178015), (0.062815, 0.174468, -0.982657)57.623119, -29.389351, 118.396507
6given(0.370753, -0.91538, -0.156915), (0.913712, 0.32925, 0.238171), (-0.166352, -0.231678, 0.958464)-9.97941, -52.994259, 52.990452
7given(-0.234579, -0.920407, 0.312766), (-0.920509, 0.313739, 0.232875), (-0.312467, -0.233277, -0.92084)16.6576, -8.57273, 206.964523
8given(0.664118, 0.606612, -0.437), (-0.630216, 0.76869, 0.109288), (0.402213, 0.202824, 0.892798)19.07052, -20.277269, -39.73737
9given(-0.894315, 0.032114, 0.446284), (0.036642, 0.999327, 0.001517), (-0.445935, 0.01771, -0.89489)26.04808, -47.073471, 153.452393
10given(0.739136, -0.526861, -0.419637), (0.528946, 0.839747, -0.122646), (0.417006, -0.131313, 0.899368)26.114071, -55.295502, 18.63879
詳細DIMER AS DETERMINED BY ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION

-
要素

#1: タンパク質
Lectin / BfL


分子量: 27143.914 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia forficata (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P86993
#2: タンパク質・ペプチド
TN-peptide ACE-GLY-VAL-THR-SER-ALA


分子量: 459.495 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 5-8 MG/ML IN 0.05 M HEPES BUFFER (pH 7.5) AND 0.15 M NACL, PRECIPITANT: 24% (W/W) PEG1500, 0.2 M L-PROLINE, 0.1 M HEPES (pH 7.5), DROPLETS RATIO: 1:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 85387 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.904 / Net I/av σ(I): 14.45 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 489032
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.75-2.85.20.8640.814188.8
2.8-2.855.40.8570.848192.4
2.85-2.95.50.7380.884194.5
2.9-2.965.60.6140.911196.9
2.96-3.035.70.5550.924198.3
3.03-3.15.80.470.94199.5
3.1-3.175.80.3820.964199.8
3.17-3.265.80.3250.971199.9
3.26-3.365.90.2630.98199.8
3.36-3.465.90.2160.984199.9
3.46-3.595.90.1860.989199.9
3.59-3.735.90.1450.991199.9
3.73-3.95.80.1260.993199.9
3.9-4.115.80.1050.994199.9
4.11-4.365.80.0890.9951100
4.36-4.75.80.0710.994199.9
4.7-5.175.80.0630.9961100
5.17-5.925.80.060.9961100
5.92-7.465.70.0520.9961100
7.46-505.40.040.996199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.75→49.384 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 27.98 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 3493 4.9 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
obs0.2028 67604 79.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.13 Å2 / Biso mean: 58.07 Å2 / Biso min: 10.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å2-0 Å2
3----3.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18430 0 160 213 18803
Biso mean--52.02 39.17 -
残基数----2350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01919100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0217090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8541.92826070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.239339190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.76352320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24523.172930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.723152690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.40815120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.22880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02122020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.024850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2640.6439360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2640.6439359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.4790.96311660
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3478 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A2.18
2B2.66
3C1.5
4D1.59
5E1.74
6F2
7G1.91
8H2.43
9I1.64
10J1.81
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 101 -
Rwork0.322 2338 -
all-2439 -
obs--38.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6962-0.0843-0.58651.3136-0.41232.5684-0.09350.1933-0.0578-0.07750.08760.03660.0384-0.17010.00590.0141-0.06420.01270.53410.03230.4809-3.5332-4.272385.5201
22.85020.4241-0.5781.68730.24313.01940.004-0.02240.0697-0.03960.0155-0.0315-0.17920.0559-0.01950.0176-0.05130.03120.5059-0.0030.486327.51383.966279.9199
30.95710.48880.40292.630.74843.3090.08690.11560.18470.003-0.2338-0.0703-0.66340.14990.14690.6747-0.1034-0.06620.39930.03940.543851.777637.41467.6695
41.7399-0.08630.39582.61410.93253.4141-0.0210.0461-0.12520.365-0.0609-0.1275-0.00270.18740.0820.174-0.0506-0.08780.3773-0.01170.519148.27777.5293-5.0597
51.8405-0.7419-0.55631.7670.40873.2514-0.0108-0.0934-0.14390.2276-0.0121-0.12210.86740.4140.02290.59670.1318-0.00740.7494-0.0110.534762.1253-21.542933.5976
62.1073-0.4922-0.77182.18310.21553.80880.04880.23390.0694-0.2739-0.0317-0.0033-0.0373-0.0976-0.01710.1388-0.08470.0250.58270.02440.4941.49922.609641.7652
70.94330.3881-0.4072.6163-1.32631.9191-0.0743-0.17570.20730.34980.0038-0.0477-0.8250.09080.07050.99770.0164-0.15590.5771-0.07710.613738.728748.2621106.5142
81.92180.3665-0.38531.98-1.14693.5173-0.0418-0.0926-0.0080.15750.11340.237-0.5624-0.6451-0.07160.4280.204-0.04050.74750.00350.575425.274723.9886123.4466
91.8346-0.3165-1.07571.59170.68992.8065-0.0732-0.15170.10930.18790.0243-0.2196-0.78950.6580.04890.9597-0.3105-0.18630.61140.0070.591258.319340.613947.6613
101.1598-0.6722-1.15251.65280.44833.5281-0.03470.17320.1491-0.2092-0.00810.1871-0.75-0.33690.04281.11440.0132-0.20670.5467-0.00740.632932.964549.68466.321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 229
2X-RAY DIFFRACTION1a100 - 105
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 229
4X-RAY DIFFRACTION2b100 - 105
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 229
6X-RAY DIFFRACTION3c100 - 105
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 229
8X-RAY DIFFRACTION4d100 - 105
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 229
10X-RAY DIFFRACTION5e100 - 105
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 229
12X-RAY DIFFRACTION6f100 - 105
13X-RAY DIFFRACTION7G1 - 229
14X-RAY DIFFRACTION7g100 - 105
15X-RAY DIFFRACTION8H1 - 229
16X-RAY DIFFRACTION8h100 - 105
17X-RAY DIFFRACTION9I1 - 229
18X-RAY DIFFRACTION9i100 - 105
19X-RAY DIFFRACTION10J1 - 229
20X-RAY DIFFRACTION10j100 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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