[日本語] English
万見
- PDB-5t5n: Calcium-activated chloride channel bestrophin-1 (BEST1), triple m... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5n
タイトルCalcium-activated chloride channel bestrophin-1 (BEST1), triple mutant: I76A, F80A, F84A; in complex with an Fab antibody fragment, chloride, and calcium
要素
  • (Fab antibody fragment, ...) x 2
  • bestrophin-1 (BEST1)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / anion / chloride / calcium-activated / eukaryotic membrane protein / CaCC
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / chloride channel activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bestrophin-1 / Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Long, S.B. / Vaisey, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM110396 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Distinct regions that control ion selectivity and calcium-dependent activation in the bestrophin ion channel.
著者: Vaisey, G. / Miller, A.N. / Long, S.B.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: bestrophin-1 (BEST1)
B: bestrophin-1 (BEST1)
C: bestrophin-1 (BEST1)
D: bestrophin-1 (BEST1)
E: bestrophin-1 (BEST1)
F: Fab antibody fragment, light chain (10D10)
G: Fab antibody fragment, heavy chain (10D10)
H: Fab antibody fragment, light chain (10D10)
I: Fab antibody fragment, heavy chain (10D10)
J: Fab antibody fragment, light chain (10D10)
K: Fab antibody fragment, heavy chain (10D10)
L: Fab antibody fragment, light chain (10D10)
M: Fab antibody fragment, heavy chain (10D10)
N: Fab antibody fragment, light chain (10D10)
O: Fab antibody fragment, heavy chain (10D10)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,38045
ポリマ－471,99215
非ポリマー1,38830
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area86390 Å2
ΔGint-726 kcal/mol
Surface area140770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.243, 243.878, 172.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
bestrophin-1 (BEST1)


分子量: 47420.070 Da / 分子数: 5 / 変異: I76A, F80A, F84A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: E1C3A0

-
抗体 , 2種, 10分子 FHJLNGIKMO

#2: 抗体
Fab antibody fragment, light chain (10D10)


分子量: 23339.707 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma
#3: 抗体
Fab antibody fragment, heavy chain (10D10)


分子量: 23638.525 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma

-
非ポリマー , 5種, 40分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 6% Peg 4000 50 mM sodium acetate pH 4.0 20% glycerol 75 mM NaCl 75 mM KCl 10 mM Tris-HCl pH 7.5 0.5 mM Cymal-6-NG (Anatrace)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→38 Å / Num. obs: 145877 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.604 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
CNS1.3精密化
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 4RDQ

4rdq


解像度: 3.1→37.952 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 31.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 7264 5 %From PDB ID 4RDQ
Rwork0.2176 ---
obs-145754 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→37.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30640 0 55 10 30705
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.211 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 765 5.27 %
Rwork0.3344 13735 -
obs--99.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る