PDB-5t5m: TUNGSTEN-CONTAINING FORMYLMETHANOFURAN DEHYDROGENASE FROM METHANO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t5m

タイトル

TUNGSTEN-CONTAINING FORMYLMETHANOFURAN DEHYDROGENASE FROM METHANOTHERMOBACTER WOLFEII, TRIGONAL FORM AT 2.5 A.

要素

(Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit ...) x 5
Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CO2 fixation / metallohydrolase / formate dehydrogenase / tungstopterin / methanogenesis / green house gas / methanothermobacter wolfeii / iron sulfur cluster / ferredoxin / beta helicoidal / channel / formate / CO2 / methanofuran / formylmethanofuran / nanomachine / binuclear center / tungsten / gate / coupling / enzyme / anaerobic / carboxylysine

機能・相同性

機能・相同性情報

formylmethanofuran dehydrogenase / formylmethanofuran dehydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / methanogenesis / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / molybdopterin cofactor binding / transition metal ion binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter wolfeii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

ドイツ,

日本, 2件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The methanogenic CO2 reducing-and-fixing enzyme is bifunctional and contains 46 [4Fe-4S] clusters.
著者: Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2016年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t5m.cif.gz	730.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t5m.ent.gz	602.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/5t5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/5t5m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5t5iSC 5t61C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t5i-d 8706 0588 3k72-d 6pa7-d 6wub-d 2467 4qyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (11) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (11)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
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脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (2)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (5)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA

B: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdB

C: Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C

D: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD

F: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF

G: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG

ヘテロ分子

208 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA

B: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdB

C: Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C

D: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD

F: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF

G: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG

ヘテロ分子

A: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA

B: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdB

C: Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C

D: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD

F: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF

G: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
415 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.543, 105.543, 340.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

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Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit ... , 5種, 5分子 ABDFG

#1: タンパク質	Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA 分子量: 62806.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FwdA contains a carboxylysine at the position 178 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) 参照: UniProt: O74030*PLUS, formylmethanofuran dehydrogenase
#2: タンパク質	Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdB 分子量: 48411.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) 参照: UniProt: O74032*PLUS, formylmethanofuran dehydrogenase
#4: タンパク質	Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD 分子量: 14408.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) 参照: UniProt: O74029*PLUS, formylmethanofuran dehydrogenase
#5: タンパク質	Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF 分子量: 38618.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) / 参照: UniProt: O74028*PLUS
#6: タンパク質	Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG 分子量: 8564.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) / 参照: UniProt: Q1MVD4*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質	Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C / Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase II subunit C 分子量: 28613.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) 参照: UniProt: O74031*PLUS, formylmethanofuran dehydrogenase

-
非ポリマー , 9種, 284分子

#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#11: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#12: 化合物	ChemComp-W / TUNGSTEN ION 分子量: 183.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#13: 化合物	ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE 分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₃P₂S₂
#14: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 % / 解説: Large brown hexagons of 500 - 800 um cube
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tricine/NaOH, pH 8.0, 30% (v/v) pentaerythritol propoxylate 426 (5/4 PO/OH), and 400 mM KCl. The crystallized sample has to be perfectly anoxic and extremely fresh (crystallization ...詳細: 100 mM Tricine/NaOH, pH 8.0, 30% (v/v) pentaerythritol propoxylate 426 (5/4 PO/OH), and 400 mM KCl. The crystallized sample has to be perfectly anoxic and extremely fresh (crystallization after 3 days of purification) without any freezing step. The optimal protein concentration is 30 mg/ml. Drops are made by mixing 1 ul of protein and 1 ul of precipitant. Crystals appeared usually after 7-10 days anoxically. PH範囲: 7.5-8.5 / Temp details: Only one temperature has been tested

結晶

マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 % / 解説: Large brown hexagons of 500 - 800 um cube

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tricine/NaOH, pH 8.0, 30% (v/v) pentaerythritol propoxylate 426 (5/4 PO/OH), and 400 mM KCl. The crystallized sample has to be perfectly anoxic and extremely fresh (crystallization ...
PH範囲: 7.5-8.5 / Temp details: Only one temperature has been tested

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.65 Å / Num. obs: 77304 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.799 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB : 5T5I

5t5i

解像度: 2.5→48.218 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.77
詳細: After molecular replacement by MOLREP the model was first refined by rigid body using REFMAC, then using the restrained refinement of REFMAC. The last refinement cycles were done by PHENIX.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1817	3638	4.71 %	Random selection
R_work	0.1576	-	-	-
obs	0.1587	77174	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13936	0	208	260	14404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.671	19741
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.598	8738
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.135	2210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5329	0.2776	129	0.2525	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5329-2.5676	0.2632	147	0.2475	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5676-2.6043	0.2751	130	0.2409	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6043-2.6432	0.2853	149	0.2337	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6432-2.6845	0.2799	128	0.232	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6845-2.7285	0.27	133	0.2323	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7285-2.7755	0.2544	138	0.2268	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7755-2.826	0.2761	143	0.2415	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.826-2.8803	0.2907	138	0.235	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8803-2.9391	0.2631	152	0.2108	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9391-3.003	0.2155	109	0.2063	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.003-3.0729	0.208	135	0.1989	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0729-3.1497	0.26	148	0.1909	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2349	0.2325	142	0.1995	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2349-3.33	0.206	135	0.1857	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.4375	0.2129	121	0.186	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4375-3.5603	0.1739	117	0.1673	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5603-3.7028	0.1774	132	0.1584	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7028-3.8712	0.1866	164	0.1497	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8712-4.0752	0.1647	132	0.1339	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0752-4.3304	0.1346	137	0.1182	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3304-4.6645	0.1372	154	0.1087	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6645-5.1335	0.1494	142	0.1112	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1335-5.8752	0.1471	168	0.1236	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8752-7.3978	0.1515	169	0.14	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3978-48.227	0.1578	146	0.1481	3101	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9116	-0.3534	-0.3859	1.1996	0.2184	0.8044	-0.0233	0.1769	-0.2416	-0.1274	0.0067	-0.3829	0.0904	0.538	0.0169	0.522	0.0112	0.1614	0.9539	-0.1346	0.8096	-11.1868	22.8642	-35.2627
2	1.0317	-0.084	0.5337	0.991	-0.0519	1.2935	0.0636	0.4481	-0.0659	-0.3257	0.0189	-0.2056	-0.015	0.409	-0.0871	0.5632	-0.0245	0.1451	0.65	-0.099	0.5158	-34.2989	30.4093	-39.6463
3	1.1213	-0.3148	0.4522	1.3045	-0.5711	1.1379	0.0978	0.4195	-0.2496	-0.4396	0.037	-0.0385	0.1303	0.3282	-0.0845	0.6248	0.0018	0.0645	0.6616	-0.1715	0.5788	-40.2719	17.538	-43.9892
4	1.1467	-0.2443	-0.0646	1.2172	-0.0963	0.8921	0.0731	0.1533	-0.3374	-0.1601	0.0486	-0.1622	0.2218	0.3113	-0.1295	0.4589	0.0559	0.0246	0.5111	-0.1162	0.5782	-32.1304	13.5794	-27.0248
5	1.1289	0.3311	-0.7006	1.2415	-0.3342	1.3462	0.0407	0.2315	-0.1073	-0.1526	-0.0041	-0.5818	-0.1009	0.6005	-0.0949	0.5639	0.0239	0.153	0.9268	-0.2081	0.7676	-12.5168	20.7904	-36.8084
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精密化 TLSグループ

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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 262 through 325 )
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 345 through 375 )
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 241 through 270 )
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 11 through 19 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 20 through 30 )
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 59 through 74 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 75 through 109 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 110 through 116 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 117 through 126 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 2 through 35 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 36 through 85 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 86 through 119 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 120 through 208 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 209 through 243 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 244 through 285 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 286 through 307 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 308 through 349 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 2 through 28 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 29 through 45 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 46 through 55 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 56 through 70 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 71 through 81 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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