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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t5h | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Trypanosoma cruzi / ribosomal subunit / assmebly / multiply fragmented rRNAs / 2.5 angstrom cryo-EM structure | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / nucleosome / nucleosome assembly / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / nucleosome / nucleosome assembly / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Liu, Z. / Gutierrez-Vargas, C. / Wei, J. / Grassucci, R.A. / Ramesh, M. / Espina, N. / Sun, M. / Tutuncuoglu, B. / Madison-Antenucci, S. / Woolford Jr., J.L. ...Liu, Z. / Gutierrez-Vargas, C. / Wei, J. / Grassucci, R.A. / Ramesh, M. / Espina, N. / Sun, M. / Tutuncuoglu, B. / Madison-Antenucci, S. / Woolford Jr., J.L. / Tong, L. / Frank, J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit. 著者: Zheng Liu / Cristina Gutierrez-Vargas / Jia Wei / Robert A Grassucci / Madhumitha Ramesh / Noel Espina / Ming Sun / Beril Tutuncuoglu / Susan Madison-Antenucci / John L Woolford / Liang Tong / Joachim Frank / ![]() 要旨: Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA ...Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA expansion segments, and r-protein variations compared with other eukaryotic ribosomes. To investigate the architecture of the trypanosomatid ribosomes, we determined the 2.5-Å structure of the Trypanosoma cruzi ribosome large subunit by single-particle cryo-EM. Examination of this structure and comparative analysis of the yeast ribosomal assembly pathway allowed us to develop a stepwise assembly model for the eight pieces of the large subunit rRNAs and a number of ancillary "glue" proteins. This model can be applied to the characterization of Trypanosoma brucei and Leishmania spp. ribosomes as well. Together with other details, our atomic-level structure may provide a foundation for structure-based design of antitrypanosome drugs. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA LARGE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 414400.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 303899.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 6種, 6分子 CDEFGH
#3: RNA鎖 | 分子量: 54425.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 38047.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: RNA鎖 | 分子量: 46982.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: RNA鎖 | 分子量: 14572.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: RNA鎖 | 分子量: 39608.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: RNA鎖 | 分子量: 29374.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ILNORSVWXZbcegijkortuvw
-タンパク質 , 2種, 2分子 Ph
#13: タンパク質 | 分子量: 17483.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#31: タンパク質 | 分子量: 19483.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 13種, 13分子 QTUYadflmnpqx
#14: タンパク質 | 分子量: 24154.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#17: タンパク質 | 分子量: 18187.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 16584.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 7363.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 15419.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 7378.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 45359.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 15513.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 10819.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 9734.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 6840.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質・ペプチド | 分子量: 6436.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 25701.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 191分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#47: 化合物 | ChemComp-MG / #48: 化合物 | #49: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#46 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantfoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 27 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 235000 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | B value: 56 / 空間: REAL |