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- PDB-5t5c: A Novel domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5c
タイトルA Novel domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to DNA-repair enzyme
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
  • Nuclease EXOG, mitochondrial
キーワードHYDROLASE/DNA / mitochondria / exonuclease / DNA-repair / complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Nuclease EXOG, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Szymanski, M.R. / Yin, W.Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to DNA-repair exonuclease.
著者: Szymanski, M.R. / Yu, W. / Gmyrek, A.M. / White, M.A. / Molineux, I.J. / Lee, J.C. / Yin, Y.W.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease EXOG, mitochondrial
B: Nuclease EXOG, mitochondrial
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5448
ポリマ－83,4966
非ポリマー492
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.499, 80.267, 139.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclease EXOG, mitochondrial / Endonuclease G-like 1 / Endo G-like 1


分子量: 36275.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 59-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOG, ENDOGL1, ENDOGL2, ENGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2731.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量: 2740.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% PEG 2K MME, 10mM MgCl2, 0.1M Na Acetate pH 4.6, 0.2M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 70495 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.39 / Net I/av σ(I): 31.569 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 505427
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.85-1.886.334570.8520.4330.78699.1
1.88-1.926.834580.870.4040.81299.70.983
1.92-1.957.134780.9160.3190.8661000.7870.85
1.95-1.997.234990.9460.2350.9161000.5850.632
1.99-2.047.434850.9560.2070.95599.90.5220.562
2.04-2.087.434680.970.1821.0121000.4570.493
2.08-2.147.434870.9750.1491.0451000.3770.406
2.14-2.197.435020.9780.131.0821000.3280.353
2.19-2.267.435090.980.1111.1271000.2790.301
2.26-2.337.434820.9880.0921.1521000.2330.251
2.33-2.417.435280.9880.0791.2231000.1990.215
2.41-2.517.434940.9930.0671.3071000.1690.182
2.51-2.637.335310.9940.0561.3631000.1420.152
2.63-2.767.335250.9940.0481.4841000.1220.132
2.76-2.947.335390.9960.0381.7221000.0950.103
2.94-3.167.335260.9980.0312.0081000.0790.085
3.16-3.487.135780.9980.0262.4991000.0660.071
3.48-3.997.135690.9980.0232.6981000.0570.062
3.99-5.026.936190.9990.0172.0471000.0410.045
5.02-506.737610.9990.0141.56298.80.0320.035

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ism

3ism


解像度: 1.851→39.231 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Authors state that "The high RSRZ score is resulted from DNA-binding induced domain disorder. Please refer the publication for details."
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 6555 10.01 %
Rwork0.1856 58925 -
obs0.1886 65480 92.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 212.5 Å2 / Biso mean: 59.5935 Å2 / Biso min: 21.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→39.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4752 658 2 270 5682
Biso mean--31.94 45.54 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7877712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3293258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8511-1.87210.33121540.29321363151764
1.8721-1.89420.34011790.2911586176577
1.8942-1.91730.32641770.29581668184578
1.9173-1.94150.28761880.24391676186480
1.9415-1.96710.25831950.23191759195484
1.9671-1.9940.24621990.22681814201386
1.994-2.02250.26492060.22251865207189
2.0225-2.05270.26112180.21591899211789
2.0527-2.08480.25682070.20411852205989
2.0848-2.1190.24322210.19791905212691
2.119-2.15550.23852080.19141938214692
2.1555-2.19470.2232110.19551954216593
2.1947-2.23690.23212240.1891996222094
2.2369-2.28250.1992220.17941954217694
2.2825-2.33220.22192280.18712013224195
2.3322-2.38640.192250.19241983220895
2.3864-2.44610.21092260.17682044227096
2.4461-2.51220.23612250.1782013223896
2.5122-2.58610.19372280.1892085231397
2.5861-2.66960.23042300.18532071230198
2.6696-2.7650.22532330.19572078231198
2.765-2.87560.21722290.19392097232698
2.8756-3.00650.23722320.19652095232799
3.0065-3.16490.21732360.20162127236399
3.1649-3.36310.22122360.186321452381100
3.3631-3.62260.20272380.172921382376100
3.6226-3.98680.19332390.166421542393100
3.9868-4.5630.18172430.145421822425100
4.563-5.7460.17942450.162322092454100
5.746-39.23980.23822530.20552262251598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.97882.69960.01052.2513-0.28781.1374-0.17380.8308-0.0148-0.23450.2325-0.0357-0.0128-0.0104-0.03620.25320.02870.01670.38230.08860.258519.5026-4.1575-31.7595
23.29370.1309-0.96112.2647-0.33922.21110.11230.36630.5584-0.11690.0098-0.2564-0.43940.2656-0.10360.2942-0.03640.02290.31390.11680.350533.53737.4914-26.7302
34.2740.3885-0.46812.6328-0.13422.54550.06280.05420.0711-0.0297-0.1016-0.4946-0.22650.5064-0.01420.2104-0.0556-0.00820.34070.10610.352142.1656-0.2567-22.9112
42.668-0.39670.72533.454-4.10015.63660.1232-0.28280.20220.3568-0.1823-0.36330.01480.2712-0.01610.2898-0.0343-0.06130.28440.06150.183125.0038-10.1599-7.8092
53.39030.5659-0.24472.6275-0.27521.6575-0.01110.1099-0.6762-0.1335-0.0726-0.82640.07820.5710.0510.22220.0260.03790.41550.10210.530842.7245-11.0455-23.4692
66.13242.7199-2.69412.9981-2.38553.7508-0.09810.25031.42330.35890.38040.3141-1.05-0.0396-0.23670.8957-0.3318-0.30430.86350.2761.103154.415316.2044-15.3893
74.69261.4791-1.99532.0047-4.73922.69180.1638-0.4088-0.0201-1.1583-0.6328-1.5256-0.20620.39010.24311.5879-0.2795-0.08751.3388-0.02710.927662.510716.3974-22.7863
82.42650.1336-0.14941.87290.00171.58580.02960.4575-0.4326-0.10130.020.05970.2522-0.0304-0.04840.2460.0149-0.02360.3067-0.00470.240315.1375-21.8604-26.6356
91.71710.05210.19791.6096-0.25921.3650.08220.1216-0.14440.05430.05820.25150.1297-0.2343-0.11760.2138-0.00630.02130.31040.0890.21235.0481-16.3696-20.096
103.0720.26010.78982.6309-0.47932.0838-0.026-0.04910.39840.19890.11320.5299-0.3133-0.2809-0.06550.2670.05830.0480.34380.10550.3611-0.4452-6.0785-19.9599
116.53031.77552.16492.3789-0.43575.8487-0.10540.5729-0.49840.18430.43220.36250.8854-0.3408-0.30170.572-0.07290.10740.60050.03670.4123-10.1909-33.9435-8.3091
128.1918-0.65660.53716.89791.30835.54290.5591.27730.1188-1.36650.03541.13010.5937-0.7838-0.14340.8862-0.2639-0.04640.83990.01590.5966-17.0589-38.25-12.1243
132.332-0.81870.47226.65954.25833.77540.4396-0.43271.12340.5568-0.5016-0.1015-1.211-0.5407-0.06160.83-0.09240.03770.5362-0.03430.698436.485618.4576-14.2842
144.3292-3.97773.63193.7063-3.27213.3363-0.3674-0.69141.63720.1285-0.3298-0.909-1.17510.19430.76971.3114-0.0694-0.19910.722-0.02710.887537.56621.2567-15.169
150.83181.321-1.52815.6251-0.02024.47170.3669-0.5779-1.48950.4826-0.0380.25320.870.5395-0.18930.5984-0.0452-0.09550.52380.27130.75867.4221-36.6482-11.3951
164.7906-2.1928-5.12211.79481.7877.3395-1.1905-0.0305-2.17871.16410.37970.11762.1462-0.20010.77870.9832-0.07350.02870.52720.12541.16116.1315-39.502-12.1052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 61 through 89 )A61 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 158 )A90 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 199 )A159 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 219 )A200 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 303 )A220 - 303
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 304 through 335 )A304 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 336 through 356 )A336 - 356
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 61 through 136 )B61 - 136
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 137 through 244 )B137 - 244
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 245 through 303 )B245 - 303
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 304 through 335 )B304 - 335
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 336 through 356 )B336 - 356
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 8 )C1 - 8
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 3 through 10 )D3 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1 through 8 )E1 - 8
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 3 through 10 )F3 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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