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- PDB-5t4z: STRUCTURE OF THE ANTI-HIV ANTIBODY DH501 THAT BINDS GP120 V3 GLYC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t4z
タイトルSTRUCTURE OF THE ANTI-HIV ANTIBODY DH501 THAT BINDS GP120 V3 GLYCAN AND THE BASE OF V3 WITH FREE MAN9 GLYCAN
要素
  • antibody DH501 Fab heavy chain
  • antibody DH501 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 antibody gp120
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.991 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Vaccine Elicitation of High Mannose-Dependent Neutralizing Antibodies against the V3-Glycan Broadly Neutralizing Epitope in Nonhuman Primates.
著者: Saunders, K.O. / Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Bonsignori, M. / Meyerhoff, R.R. / Parks, R. / Walkowicz, W.E. / Aussedat, B. / Wu, N.R. / Cai, F. / Vohra, Y. / Park, P.K. / Eaton, A. / Go, E.P. ...著者: Saunders, K.O. / Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Bonsignori, M. / Meyerhoff, R.R. / Parks, R. / Walkowicz, W.E. / Aussedat, B. / Wu, N.R. / Cai, F. / Vohra, Y. / Park, P.K. / Eaton, A. / Go, E.P. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Barouch, D.H. / Zhang, R. / Von Holle, T. / Overman, R.G. / Anasti, K. / Sanders, R.W. / Moody, M.A. / Kepler, T.B. / Korber, B. / Desaire, H. / Santra, S. / Letvin, N.L. / Nabel, G.J. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Liao, H.X. / Alam, S.M. / Danishefsky, S.J. / Haynes, B.F.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody DH501 Fab heavy chain
L: antibody DH501 Fab light chain
A: antibody DH501 Fab heavy chain
B: antibody DH501 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5837
ポリマ－94,9984
非ポリマー5853
水6,359353
1
H: antibody DH501 Fab heavy chain
L: antibody DH501 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0845
ポリマ－47,4992
非ポリマー5853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
A: antibody DH501 Fab heavy chain
B: antibody DH501 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4992
ポリマ－47,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.757, 115.997, 76.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 antibody DH501 Fab heavy chain


分子量: 24641.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody DH501 Fab light chain


分子量: 22857.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→34.49 Å / Num. obs: 58802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IIE

5iie


解像度: 1.991→34.485 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 1997 3.4 %
Rwork0.1872 --
obs0.189 58683 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.991→34.485 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6510 0 36 354 6900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1869164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0872395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.991-2.04080.31431330.23873790X-RAY DIFFRACTION94
2.0408-2.0960.37931420.30034034X-RAY DIFFRACTION99
2.096-2.15770.32921430.24664058X-RAY DIFFRACTION100
2.1577-2.22730.31011430.24994029X-RAY DIFFRACTION100
2.2273-2.30690.36021410.29973998X-RAY DIFFRACTION98
2.3069-2.39920.26231450.23254106X-RAY DIFFRACTION100
2.3992-2.50840.26811420.22364049X-RAY DIFFRACTION100
2.5084-2.64060.31091430.23184076X-RAY DIFFRACTION100
2.6406-2.8060.32561420.23334050X-RAY DIFFRACTION100
2.806-3.02250.27751450.22044091X-RAY DIFFRACTION100
3.0225-3.32650.27191440.20314099X-RAY DIFFRACTION100
3.3265-3.80730.23631440.17714066X-RAY DIFFRACTION100
3.8073-4.79470.16641440.12764093X-RAY DIFFRACTION100
4.7947-34.49050.15141460.12884147X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.428-0.74340.03733.5652-1.19822.3936-0.0505-0.2593-0.05070.3616-0.1292-0.187-0.12910.17860.1620.2131-0.0265-0.01780.27660.05350.222963.115129.1068-3.4726
22.9264-2.2569-1.84353.39220.80513.94740.00080.2366-0.2863-0.27810.08080.40160.3961-0.3736-0.06180.2603-0.1282-0.06430.41190.11320.448278.50819.8157-29.1907
33.14520.1720.19844.70740.86682.31210.0310.0024-0.11350.60390.0013-0.53930.16420.4858-0.02780.33960.0097-0.09030.42570.0730.268574.566213.75255.3128
43.5362-0.121-0.46296.7031-2.59446.999-0.1606-0.0603-0.1854-0.18160.1913-0.47040.82630.031-0.00330.27440.0010.00090.2226-0.0430.307994.734517.1471-27.9041
50.74630.3883-0.47361.572-0.58442.9691-0.05560.202-0.0433-0.2152-0.01380.038-0.2291-0.27610.06340.23940.0374-0.02760.2572-0.03790.245446.024-12.454716.7295
61.7640.1252-0.37773.03181.91796.19830.0539-0.16220.11240.3145-0.22560.4126-0.1032-0.78460.16920.23780.030.03760.3329-0.01370.328131.5347-15.180650.5708
73.1236-0.1715-1.47934.16811.69294.68790.0387-0.15310.20850.13770.0447-0.1807-0.35640.1305-0.08240.25840.0054-0.04050.17710.0170.210757.34643.881823.8342
82.56520.32960.33256.2975-0.96115.3407-0.0991-0.0513-0.17260.06080.1717-0.93790.09880.3621-0.05990.2516-0.003-0.00330.2658-0.05380.414247.4308-14.675852.955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:107)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 108:212)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 3:107)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 108:208)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain H and resid 1:126)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain H and resid 130:218)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain L and resid 3:107)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain L and resid 108:211)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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