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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t43 | ||||||
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タイトル | NMR Structure of Apo-form Human Tear Lipocalin | ||||||
要素 | Lipocalin-1 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transport of fatty acids / response to stimulus / chloride ion binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / sensory perception of taste / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Vogel, H.J. / Liu, Z. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NMR Structure of Apo-form Human Tear Lipocalin 著者: Vogel, H.J. / Liu, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5t43.cif.gz | 942 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5t43.ent.gz | 788.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5t43.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5t43_validation.pdf.gz | 409 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5t43_full_validation.pdf.gz | 604 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5t43_validation.xml.gz | 75.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5t43_validation.cif.gz | 97.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/5t43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/5t43 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17453.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN1, VEGP 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P31025 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lipocalin, 90 % H2O, 10 % D2O, 50 mM sodium phosphate, 0.04 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O Label: 15N/13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 50 mM NaPi, pH 7.4 / イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |