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- PDB-5t35: The PROTAC MZ1 in complex with the second bromodomain of Brd4 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t35
タイトルThe PROTAC MZ1 in complex with the second bromodomain of Brd4 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • (Transcription elongation factor B polypeptide ...) x 2
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTAC complex / targeted degradation / chromatin reader / ubiquitin ligase / bifunctional ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone H4 reader activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / condensed nuclear chromosome / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / transcription coregulator activity / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / chromosome / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-759 / Bromodomain-containing protein 4 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gadd, M.S. / Zengerle, M. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of PROTAC cooperative recognition for selective protein degradation.
著者: Gadd, M.S. / Testa, A. / Lucas, X. / Chan, K.H. / Chen, W. / Lamont, D.J. / Zengerle, M. / Ciulli, A.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1
D: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Bromodomain-containing protein 4
F: Transcription elongation factor B polypeptide 2
G: Transcription elongation factor B polypeptide 1
H: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,98110
ポリマ－112,9718
非ポリマー2,0092
水1,54986
1
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1
D: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4905
ポリマ－56,4864
非ポリマー1,0051
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Bromodomain-containing protein 4
F: Transcription elongation factor B polypeptide 2
G: Transcription elongation factor B polypeptide 1
H: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4905
ポリマ－56,4864
非ポリマー1,0051
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.306, 102.306, 144.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASPASPAA349 - 45919 - 129
21LYSLYSASPASPEE349 - 45919 - 129
12METMETLYSLYSBB1 - 1041 - 104
22METMETLYSLYSFF1 - 1041 - 104
13METMETCYSCYSCC16 - 1121 - 97
23METMETCYSCYSGG16 - 1121 - 97
14PROPROILEILEDD61 - 20610 - 155
24PROPROILEILEHH61 - 20610 - 155

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AEDH

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15060.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#4: タンパク質 Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
Transcription elongation factor B polypeptide ... , 2種, 4分子 BFCG

#2: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

-
非ポリマー , 2種, 88分子

#5: 化合物 ChemComp-759 / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 1004.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H62ClN9O8S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.14 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 8000, Sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.21 Å / Num. obs: 46323 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 47.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.793.70.662.10.571199.3
10.46-48.214.10.021197.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.58 Å48.21 Å
Translation7.58 Å48.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VCB and 2OUO

1vcb

2ouo


解像度: 2.7→48.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 23.438 / SU ML: 0.239 / SU R Cruickshank DPI: 0.4036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.26
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 2135 4.6 %RANDOM
Rwork0.2055 ---
obs0.2067 44157 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.62 Å2 / Biso mean: 62.348 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7185 0 138 86 7409
Biso mean--42.5 39.72 -
残基数----901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.99410196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843.00516394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2515893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01923.559340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.315151258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2511555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3755.1293602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3595.1273595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6198.6214482
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A61950.05
12E61950.05
21B58640.05
22F58640.05
31C49020.03
32G49020.03
41D86590.04
42H86590.04
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 143 -
Rwork0.323 3322 -
all-3465 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2378-1.892-0.24634.4085-0.04350.5188-0.074-0.1486-0.1640.1334-0.10330.43050.2372-0.00820.17720.29560.08580.07130.1019-0.0520.12124.6187-46.8493-11.7242
21.16030.4591-2.09810.8675-0.65073.92930.1370.12670.1073-0.03340.01690.0324-0.1594-0.2922-0.15390.17240.03010.0350.1774-0.0440.0342-12.88064.897916.4673
31.9232-0.1653-0.69181.06291.05843.0380.3104-0.21340.2532-0.05650.0053-0.1015-0.40710.0893-0.31580.20460.00810.08740.0568-0.02230.05621.77649.95747.4619
41.9998-0.0426-0.12481.8244-0.1742.01120.07580.2135-0.0878-0.2164-0.0458-0.11230.10190.2079-0.03010.1280.05760.01270.0998-0.00830.012419.0132-15.7009-6.8523
53.1996-1.48872.88132.9906-0.56194.88730.12970.10150.2836-0.5116-0.0808-0.2427-0.23080.1396-0.04890.23960.07340.13120.04270.04170.10665.87898.4117-11.5911
63.8514-1.599-0.10281.99440.2340.9712-0.1361-0.0089-0.0813-0.1460.00930.1268-0.0565-0.1490.12680.320.07980.00180.069-0.04040.0531-17.290832.8274-28.86
72.0961-0.02761.14212.91791.99233.62170.03510.2814-0.1985-0.09640.289-0.54540.60551.0012-0.32410.27990.31630.05490.6152-0.12710.184936.6471-2.1694-56.6466
82.85580.4569-1.2833.41470.36843.3875-0.1784-0.0630.50210.02370.5093-1.08720.08641.1991-0.3310.06440.0623-0.08910.7423-0.24230.542441.092312.3801-46.7974
91.7077-0.7233-0.17992.15791.15743.5060.0225-0.22450.28720.29830.2545-0.171-0.24510.4528-0.2770.2197-0.0055-0.00870.1184-0.08130.080214.652827.5178-32.6108
100.1830.56550.24563.53022.7152.497-0.021-0.264-0.11280.38680.3916-0.63450.39250.9434-0.37060.36650.3723-0.3551.3395-0.22020.59738.977614.8548-27.3493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A349 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D63 - 152
5X-RAY DIFFRACTION4D193 - 204
6X-RAY DIFFRACTION5D155 - 190
7X-RAY DIFFRACTION6E349 - 459
8X-RAY DIFFRACTION7F1 - 104
9X-RAY DIFFRACTION8G16 - 112
10X-RAY DIFFRACTION9H63 - 152
11X-RAY DIFFRACTION9H193 - 204
12X-RAY DIFFRACTION10H155 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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