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- PDB-5v3b: Human A20 OTU domain (WT) with acetamidylated C103 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v3b
タイトルHuman A20 OTU domain (WT) with acetamidylated C103
要素Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
キーワードHYDROLASE / LIGASE / OTU domain / acetamidylation / ubiquitin editing
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vascular wound healing / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of B cell activation / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of chronic inflammatory response ...regulation of vascular wound healing / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of B cell activation / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of chronic inflammatory response / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / protein K11-linked deubiquitination / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / B-1 B cell homeostasis / protein K48-linked deubiquitination / regulation of defense response to virus by host / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / regulation of germinal center formation / positive regulation of hepatocyte proliferation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bone resorption / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of interleukin-2 production / K63-linked deubiquitinase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to muramyl dipeptide / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein deubiquitination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton organization / negative regulation of protein ubiquitination / negative regulation of innate immune response / ubiquitin binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Regulation of TNFR1 signaling / response to molecule of bacterial origin / NOD1/2 Signaling Pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / kinase binding / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Ovarian tumor domain proteases / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / lysosome / inflammatory response / apoptotic process / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D. / Grey, S.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Denisovan, modern human and mouse TNFAIP3 alleles tune A20 phosphorylation and immunity.
著者: Zammit, N.W. / Siggs, O.M. / Gray, P.E. / Horikawa, K. / Langley, D.B. / Walters, S.N. / Daley, S.R. / Loetsch, C. / Warren, J. / Yap, J.Y. / Cultrone, D. / Russell, A. / Malle, E.K. / ...著者: Zammit, N.W. / Siggs, O.M. / Gray, P.E. / Horikawa, K. / Langley, D.B. / Walters, S.N. / Daley, S.R. / Loetsch, C. / Warren, J. / Yap, J.Y. / Cultrone, D. / Russell, A. / Malle, E.K. / Villanueva, J.E. / Cowley, M.J. / Gayevskiy, V. / Dinger, M.E. / Brink, R. / Zahra, D. / Chaudhri, G. / Karupiah, G. / Whittle, B. / Roots, C. / Bertram, E. / Yamada, M. / Jeelall, Y. / Enders, A. / Clifton, B.E. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J. / Watson, S.R. / Jenne, C.N. / Lanier, L.L. / Wiltshire, T. / Spitzer, M.H. / Nolan, G.P. / Schmitz, F. / Aderem, A. / Porebski, B.T. / Buckle, A.M. / Abbott, D.W. / Ziegler, J.B. / Craig, M.E. / Benitez-Aguirre, P. / Teo, J. / Tangye, S.G. / King, C. / Wong, M. / Cox, M.P. / Phung, W. / Tang, J. / Sandoval, W. / Wertz, I.E. / Christ, D. / Goodnow, C.C. / Grey, S.T.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月21日ID: 4ZS5
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
C: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
D: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
E: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
F: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,9636
ポリマ－258,9636
非ポリマー00
水00
1
A: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
B: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3212
ポリマ－86,3212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area27920 Å2
手法PISA
2
C: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
D: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3212
ポリマ－86,3212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area27340 Å2
手法PISA
3
E: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
F: Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3212
ポリマ－86,3212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.719, 80.901, 153.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALTRPTRPAA5 - 3565 - 356
21VALVALTRPTRPBB5 - 3565 - 356
12VALVALGLNGLNAA5 - 3575 - 357
22VALVALGLNGLNCC5 - 3575 - 357
13VALVALGLNGLNAA5 - 3575 - 357
23VALVALGLNGLNDD5 - 3575 - 357
14GLNGLNTRPTRPAA4 - 3564 - 356
24GLNGLNTRPTRPEE4 - 3564 - 356
15LEULEUGLNGLNAA6 - 3576 - 357
25LEULEUGLNGLNFF6 - 3576 - 357
16VALVALTRPTRPBB5 - 3565 - 356
26VALVALTRPTRPCC5 - 3565 - 356
17VALVALTRPTRPBB5 - 3565 - 356
27VALVALTRPTRPDD5 - 3565 - 356
18VALVALTRPTRPBB5 - 3565 - 356
28VALVALTRPTRPEE5 - 3565 - 356
19LEULEUTRPTRPBB6 - 3566 - 356
29LEULEUTRPTRPFF6 - 3566 - 356
110VALVALGLUGLUCC5 - 3585 - 358
210VALVALGLUGLUDD5 - 3585 - 358
111VALVALTRPTRPCC5 - 3565 - 356
211VALVALTRPTRPEE5 - 3565 - 356
112LEULEUGLUGLUCC6 - 3586 - 358
212LEULEUGLUGLUFF6 - 3586 - 358
113VALVALTRPTRPDD5 - 3565 - 356
213VALVALTRPTRPEE5 - 3565 - 356
114LEULEUGLUGLUDD6 - 3586 - 358
214LEULEUGLUGLUFF6 - 3586 - 358
115LEULEUTRPTRPEE6 - 3566 - 356
215LEULEUTRPTRPFF6 - 3566 - 356

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3 / TNF alpha-induced protein 3 / OTU domain-containing protein 7C / Putative DNA-binding protein A20 / ...TNF alpha-induced protein 3 / OTU domain-containing protein 7C / Putative DNA-binding protein A20 / Zinc finger protein A20


分子量: 43160.531 Da / 分子数: 6 / 断片: OTU domain (UNP residues 1-366) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C103 has been alkylated by iodoacetamide to produce an acetamidylated adduct identified as YCM
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFAIP3, OTUD7C / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21580, ubiquitinyl hydrolase 1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % / 解説: Long rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM CaCl2, 100 mM MES (pH 6.0), 7.5% PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→34.56 Å / Num. obs: 46536 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
3-3.115.61.4771.50.7030.68799.1
11.62-34.564.80.0380.99894.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 3DKB

3dkb


解像度: 3→34.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 32.862 / SU ML: 0.534 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.493
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2817 2340 5 %RANDOM
Rwork0.2378 ---
obs0.24 44077 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.19 Å2 / Biso mean: 77.343 Å2 / Biso min: 38.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.76 Å20 Å2-3.9 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----6.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→34.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14207 0 0 0 14207
残基数----1905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01914560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.94419944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.076328755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15251873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45523.24571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.698151943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4291567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.22339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023105
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A177520.08
12B177520.08
21A176280.08
22C176280.08
31A174320.07
32D174320.07
41A178120.08
42E178120.08
51A175840.08
52F175840.08
61B175880.07
62C175880.07
71B175420.07
72D175420.07
81B177460.07
82E177460.07
91B172460.09
92F172460.09
101C172120.08
102D172120.08
111C175340.07
112E175340.07
121C170340.09
122F170340.09
131D173080.08
132E173080.08
141D167860.08
142F167860.08
151E171160.08
152F171160.08
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 159 -
Rwork0.363 3273 -
all-3432 -
obs--98.85 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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