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- PDB-5t2y: Crystal Structure of C. jejuni PglD in complex with 5-methyl-4-(m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t2y
タイトルCrystal Structure of C. jejuni PglD in complex with 5-methyl-4-(methylamino)-2-phenethylthieno[2,3-d]pyrimidine-6-carboxylic acid
要素UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Campylobacter jejuni bacterial acetyltransferase inhibitor complex / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase / protein N-linked glycosylation via asparagine / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / Rossmann fold - #20 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Rossmann fold ...Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / Rossmann fold - #20 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-753 / UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å
データ登録者De Schutter, J.W. / Imperiali, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM097241 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R03 MH096549 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Targeting Bacillosamine Biosynthesis in Bacterial Pathogens: Development of Inhibitors to a Bacterial Amino-Sugar Acetyltransferase from Campylobacter jejuni.
著者: De Schutter, J.W. / Morrison, J.P. / Morrison, M.J. / Ciulli, A. / Imperiali, B.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
B: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8679
ポリマ－42,7802
非ポリマー1,0877
水6,503361
1
A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,93915
ポリマ－64,1703
非ポリマー1,76912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

B: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

B: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,66312
ポリマ－64,1703
非ポリマー1,4939
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_875-y+3,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_685-x+y+1,-x+3,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.696, 106.696, 46.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase / Protein glycosylation D / UDP-4-amino-4 / 6-dideoxy-N-acetyl-alpha-D-glucosamine N-acetyltransferase


分子量: 21389.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: pglD, Cj1123c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0P9D1, UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-753 / 5-methyl-4-(methylamino)-2-(2-phenylethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine-6-carboxylic acid


分子量: 327.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG-3350 0.1M NaF 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 43477 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.94→21.198 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 1632 3.75 %
Rwork0.1537 --
obs0.1563 43477 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→21.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2885 0 72 361 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9584034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6761808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9407-1.99780.26961340.22793477X-RAY DIFFRACTION95
1.9978-2.06220.2341360.2123479X-RAY DIFFRACTION94
2.0622-2.13580.21380.1913442X-RAY DIFFRACTION94
2.1358-2.22120.21581350.18363500X-RAY DIFFRACTION95
2.2212-2.32210.19331280.18113489X-RAY DIFFRACTION95
2.3221-2.44420.18061380.17323470X-RAY DIFFRACTION95
2.4442-2.5970.20711350.17043496X-RAY DIFFRACTION94
2.597-2.79690.2171280.16863473X-RAY DIFFRACTION95
2.7969-3.07720.21781460.14483528X-RAY DIFFRACTION95
3.0772-3.51980.19541300.13843465X-RAY DIFFRACTION95
3.5198-4.42450.16681420.11993505X-RAY DIFFRACTION95
4.4245-18.48110.17391410.13723481X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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