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- PDB-5t1x: Crystal Structure of Native Tarin Lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1x
タイトルCrystal Structure of Native Tarin Lectin
要素(Lectin) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Tarin / GNA-related Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / D-mannose binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Mannose-specific lectin 2 / Mannose-specific lectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Colocasia esculenta (サトイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pereira, P.R. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
資金援助 ブラジル, 米国, 3件
組織認可番号国
Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico142475/ 2008-4 ブラジル
Fulbright ProgramBEX 3421/10-4 ブラジル
Michigan Economic Development Corporation and the Michigan Technology Tri-Corridor085P1000817 米国
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2017
タイトル: High-resolution crystal structures of Colocasia esculenta tarin lectin.
著者: Pereira, P.R. / Meagher, J.L. / Winter, H.C. / Goldstein, I.J. / Paschoalin, V.M. / Silva, J.T. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
C: Lectin
D: Lectin
E: Lectin
F: Lectin
G: Lectin
H: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,27617
ポリマ－97,4538
非ポリマー8239
水12,881715
1
A: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4253
ポリマ－24,3632
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
2
C: Lectin
D: Lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3632
ポリマ－24,3632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
3
E: Lectin
F: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9128
ポリマ－24,3632
非ポリマー5496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
4
G: Lectin
H: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5754
ポリマ－24,3632
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.700, 82.710, 122.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Lectin


分子量: 12053.487 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-133 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / 参照: UniProt: A5HMM7
#2: タンパク質
Lectin


分子量: 12309.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / 参照: UniProt: Q39487*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 724分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 25-35% Peg 3350, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 104443 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Rejects: 0 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.1精密化
BALBES位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLP

1dlp


解像度: 1.7→17.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.095 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 5214 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 104362 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.18 Å2 / Biso mean: 21.01 Å2 / Biso min: 4.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2362 Å20 Å2-0.039 Å2
2---0.2108 Å20 Å2
3---0.4471 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→17.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6772 0 49 715 7536
Biso mean--34.78 31.59 -
残基数----872
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3162SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1040HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7029HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion861SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8339SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7029HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9553HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.45
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 388 5.09 %
Rwork0.196 7229 -
all-7617 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6090.0060.040.89810.68892.3006-0.0622-0.0368-0.07520.2567-0.04040.06250.5641-0.13970.10250.0637-0.01540.0484-0.10810.007-0.045853.7971-9.628222.3062
20.3431-0.0844-0.21570.3744-0.14120.6217-0.0325-0.0074-0.00960.01880.0033-0.00420.0198-0.01570.0292-0.0373-0.0118-0.002-0.0241-0.00430.02456.93329.198710.0648
30.97770.3048-0.21460.4659-0.2711.5801-0.0904-0.0643-0.10320.0255-0.0186-0.11560.24350.34660.1089-0.02970.08180.0141-0.00970.0303-0.046166.4509-1.659340.1328
40.49210.0122-0.42040.6369-0.2180.8637-0.04-0.0482-0.03890.04710.02770.01060.08050.01360.0123-0.0010.02820.0024-0.00330.0085-0.052548.14334.061852.1218
50.68920.1454-0.20280.5682-0.2961.90220.0382-0.06060.04930.156-0.00010.0017-0.40290.1201-0.03810.0283-0.0125-0.0145-0.0863-0.0059-0.042441.345841.667822.7031
60.27930.04710.11740.46620.14490.5535-0.0275-0.00660.01250.02160.00230.0167-0.0076-0.00730.0252-0.0403-0.0057-0.0019-0.01930.00250.026738.147222.802610.2853
70.87480.09920.0930.45390.17931.219-0.0428-0.04030.0504-0.0016-0.02740.1272-0.1733-0.26630.0702-0.03290.0522-0.0136-0.0055-0.0123-0.029928.0933.718740.1266
80.2419-0.34360.32070.74880.15410.6899-0.052-0.0859-0.00150.07710.0727-0.019-0.0562-0.001-0.0207-0.01950.0173-0.00570.00690.0037-0.049146.239327.423852.4172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 109}A1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2{B|1 - 110}B1 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3{C|1 - 109}C1 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4{D|1 - 109}D1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5{E|1 - 108}E1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6{F|1 - 110}F1 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7{G|1 - 109}G1 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8{H|1 - 108}H1 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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