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- PDB-5t1o: Solution-state NMR and SAXS structural ensemble of NPr (1-85) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1o
タイトルSolution-state NMR and SAXS structural ensemble of NPr (1-85) in complex with EIN-Ntr (170-424)
要素
  • Phosphocarrier protein NPr
  • Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP
キーワードTRANSFERASE / PTSNtr / phosphotransfer / bacterial / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / : / kinase activity / phosphorylation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain ...Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein NPr / Phosphocarrier protein NPr / Phosphoenolpyruvate-dependent phosphotransferase system
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Strickland, M. / Stanley, A.M. / Wang, G. / Schwieters, C.D. / Buchanan, S. / Peterkofsky, A. / Tjandra, N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of the NPr:EIN(Ntr) Complex: Mechanism for Specificity in Paralogous Phosphotransferase Systems.
著者: Strickland, M. / Stanley, A.M. / Wang, G. / Botos, I. / Schwieters, C.D. / Buchanan, S.K. / Peterkofsky, A. / Tjandra, N.
履歴
登録2016年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support / pdbx_nmr_ensemble
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary
カテゴリ: pdbx_nmr_representative / pdbx_struct_assembly_auth_evidence
Item: _pdbx_nmr_representative.selection_criteria
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: exptl / pdbx_database_related / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.62019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.72023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.82024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocarrier protein NPr
B: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6352
ポリマ－37,6352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Size exclusion gel filtration was used to determine that this is a 1:1 protein interaction and both proteins are monomers. Small angle X-ray scattering confirmed this and was used as a restraint in the structure calculation

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要素

#1: タンパク質 Phosphocarrier protein NPr / Nitrogen-related HPr


分子量: 9254.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ptsO, Z4569, ECs4085 / プラスミド: Plasmid / 詳細 (発現宿主): pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: P0A9N2, UniProt: P0A9N0*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#2: タンパク質 Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP / Enzyme I-Ntr / Phosphotransferase system / enzyme I


分子量: 28380.070 Da / 分子数: 1 / Mutation: H356Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This molecule was mutated at position 356 from histidine to glutamine. In E. coli, when the native histidine is present, the sample can be phosphorylated. It was mutated to provide a ...詳細: This molecule was mutated at position 356 from histidine to glutamine. In E. coli, when the native histidine is present, the sample can be phosphorylated. It was mutated to provide a homogeneous sample. Additionally, it comprises residues 170-424 of the larger Enzyme I-Ntr molecule. Residue 169 is mutated to glycine due to TEV protease cleavage.
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ptsP, ygdF, ygdO, b2829, JW2797 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: P37177, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CO)CACB TROSY
121isotropic13D HN(CA)CO TROSY
131isotropic13D HN(CA)CB TROSY
171isotropic13D HNCO TROSY
181isotropic13D HNCA TROSY
141isotropic23D 1H-15N NOESY TROSY
195isotropic23D HNCA TROSY
1102isotropic23D 1H-15N NOESY TROSY
1112isotropic13D HN(CO)CACB TROSY
1122isotropic13D HN(CA)CB TROSY
1132isotropic13D HNCA TROSY
1146isotropic13D HN(CA)CB
1151isotropic3ARTSY
1162isotropic3ARTSY
1173anisotropic3ARTSY
1184anisotropic3ARTSY
1198anisotropic22D 1H-15N HSQC TROSY
1209isotropic22D 1H-15N HSQC TROSY
12110anisotropic22D 1H-15N HSQC TROSY
12211isotropic22D 1H-15N HSQC TROSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1200 uM [U-13C; U-15N; U-2H] EIN-Ntr, 240 uM [U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OEINnprIso93% H2O/7% D2O
solution2240 uM [U-2H] EIN-Ntr, 200 uM [U-13C; U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2ONPReinIso93% H2O/7% D2O
filamentous virus3200 uM [U-13C; U-15N; U-2H] EIN-Ntr, 240 uM [U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 10 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2OEINnprAniso93% H2O/7% D2O
filamentous virus4240 uM [U-2H] EIN-Ntr, 200 uM [U-13C; U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 10 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2ONPReinAniso93% H2O/7% D2OPf1 filamentous phage
solution5200 uM [U-13C; U-15N; U-2H] EIN-Ntr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OEINfree93% H2O/7% D2O
solution6200 uM [U-13C; U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM na EDTA, 93% H2O/7% D2ONPRfree93% H2O/7% D2O
solution7100 uM [U-13C; U-15N; U-2H] EIN-Ntr, 100 uM [U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OSAXS93% H2O/7% D2O
solution8200 uM [U-15N; U-2H] EIN-Ntr, 240 uM [U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OEINnprYb93% H2O/7% D2ONPr was mutated (E45C) to incorporate a covalently bound ytterbium M8-DOTA-SPy tag for the measurement of pseudocontact shifts.
solution9200 uM [U-15N; U-2H] EIN-Ntr, 240 uM [U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OEINnprLu93% H2O/7% D2ONPr was mutated (E45C) to incorporate a covalently bound lanthanide M8-DOTA-SPy tag for the measurement of pseudocontact shifts.
solution10240 uM [U-2H] EIN-Ntr, 200 uM [U-2H; U-15N] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2ONPReinYb93% H2O/7% D2ONPr was mutated (E45C) to incorporate a covalently bound ytterbium M8-DOTA-SPy tag for the measurement of pseudocontact shifts.
solution11240 uM [U-2H] EIN-Ntr, 200 uM [U-2H; U-15N] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2ONPReinLu93% H2O/7% D2ONPr was mutated (E45C) to incorporate a covalently bound lanthanide M8-DOTA-SPy tag for the measurement of pseudocontact shifts.
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMEIN-Ntr[U-13C; U-15N; U-2H]1
240 uMNPr[U-2H]1
10 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.5 mMEDTAnatural abundance1
240 uMEIN-Ntr[U-2H]2
200 uMNPr[U-13C; U-15N; U-2H]2
10 mMTRISnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
200 uMEIN-Ntr[U-13C; U-15N; U-2H]3
240 uMNPr[U-2H]3
10 mMTRISnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
0.5 mMEDTAnatural abundance3
10 mg/mLPf1 phagenatural abundance3
240 uMEIN-Ntr[U-2H]4
200 uMNPr[U-13C; U-15N; U-2H]4
10 mMTRISnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
0.5 mMEDTAnatural abundance4
10 mg/mLPf1 phagenatural abundance4
200 uMEIN-Ntr[U-13C; U-15N; U-2H]5
10 mMTRISnatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
0.5 mMEDTAnatural abundance5
200 uMNPr[U-13C; U-15N; U-2H]6
10 mMTRISnatural abundance6
100 mMsodium chloridenatural abundance6
0.5 mMEDTAna6
100 uMEIN-Ntr[U-13C; U-15N; U-2H]7
100 uMNPr[U-2H]7
10 mMTRISnatural abundance7
100 mMsodium chloridenatural abundance7
0.5 mMEDTAnatural abundance7
200 uMEIN-Ntr[U-15N; U-2H]8
240 uMNPr[U-2H]8
10 mMTRISnatural abundance8
100 mMsodium chloridenatural abundance8
0.5 mMEDTAnatural abundance8
200 uMEIN-Ntr[U-15N; U-2H]9
240 uMNPr[U-2H]9
10 mMTRISnatural abundance9
100 mMsodium chloridenatural abundance9
0.5 mMEDTAnatural abundance9
240 uMEIN-Ntr[U-2H]10
200 uMNPr[U-2H; U-15N]10
10 mMTRISnatural abundance10
100 mMsodium chloridenatural abundance10
0.5 mMEDTAnatural abundance10
240 uMEIN-Ntr[U-2H]11
200 uMNPr[U-2H; U-15N]11
10 mMTRISnatural abundance11
100 mMsodium chloridenatural abundance11
0.5 mMEDTAnatural abundance11
試料状態イオン強度: 108 mM / Label: Conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002Cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003Cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.37.7SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA AND CLORE精密化
ANALYSIS2.4.2構造決定
TopSpin3構造決定
Gaussian9構造決定
NMRPipe8.2構造決定
TALOS-N4.12構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: DOCKING WAS FIRST CARRIED OUT BETWEEN THE TWO PROTEINS USING RIGID BODY SIMULATED ANNEALING (USING THE FREE FORM STRUCTURES - 5T1N AND 5T12). THE TOP TWENTY STRUCTURES WERE THEN TAKEN THROUGH ...詳細: DOCKING WAS FIRST CARRIED OUT BETWEEN THE TWO PROTEINS USING RIGID BODY SIMULATED ANNEALING (USING THE FREE FORM STRUCTURES - 5T1N AND 5T12). THE TOP TWENTY STRUCTURES WERE THEN TAKEN THROUGH FOR THE REFINEMENT STEP. TORSION ANGLE DYNAMICS REFINEMENT. IN THE REFINEMENT STEP ALL RESIDUES IN NPR (AS WELL AS THE PCS TAG) EXCEPT FOR RESIDUES 14-18 WERE RIGID. EIN WAS FLEXIBLE. NCS RESTRAINTS WERE USED TO GUIDE DOMAIN ORIENTATION OF EIN AND TO AID IN THE CONVERGENCE OF THE COMPLEX STRUCTURE.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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