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- PDB-5t0e: Crystal structure of H6 hemagglutinin G225D mutant from Taiwan (2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t0e
タイトルCrystal structure of H6 hemagglutinin G225D mutant from Taiwan (2013) H6N1 influenza virus in complex with LSTa
要素
  • Hemagglutinin
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza virus / hemagglutinin / HA / Taiwan (2013) H6N1 / Receptor specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin HA2 chain / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種H6N1 subtype (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.089 Å
データ登録者Wilson, I.A. / Tzarum, N. / Zhu, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI117675 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI114730 米国
引用ジャーナル: EMBO Mol Med / 年: 2017
タイトル: A single mutation in Taiwanese H6N1 influenza hemagglutinin switches binding to human-type receptors.
著者: de Vries, R.P. / Tzarum, N. / Peng, W. / Thompson, A.J. / Ambepitiya Wickramasinghe, I.N. / de la Pena, A.T.T. / van Breemen, M.J. / Bouwman, K.M. / Zhu, X. / McBride, R. / Yu, W. / Sanders, ...著者: de Vries, R.P. / Tzarum, N. / Peng, W. / Thompson, A.J. / Ambepitiya Wickramasinghe, I.N. / de la Pena, A.T.T. / van Breemen, M.J. / Bouwman, K.M. / Zhu, X. / McBride, R. / Yu, W. / Sanders, R.W. / Verheije, M.H. / Wilson, I.A. / Paulson, J.C.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,41911
ポリマ－174,0636
非ポリマー1,3565
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30490 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area60910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.108, 99.206, 133.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 37389.191 Da / 分子数: 3 / 変異: G225D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) H6N1 subtype (ウイルス) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0J9X268
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20631.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) H6N1 subtype (ウイルス) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0J9X267
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10mM NiCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 20% (w/v) MPEG 2000 and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.0888→50 Å / Num. obs: 113368 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T08

5t08


解像度: 2.089→49.444 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 5700 5.03 %
Rwork0.2137 --
obs0.2156 113339 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.089→49.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11910 0 88 479 12477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54216675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5264545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1461801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0888-2.11260.32371340.2682696X-RAY DIFFRACTION74
2.1126-2.13740.3222150.25823428X-RAY DIFFRACTION96
2.1374-2.16350.29832010.24773507X-RAY DIFFRACTION97
2.1635-2.19090.25671850.24293581X-RAY DIFFRACTION98
2.1909-2.21970.3121930.24013524X-RAY DIFFRACTION98
2.2197-2.25010.29111910.24743579X-RAY DIFFRACTION99
2.2501-2.28230.26911770.23853624X-RAY DIFFRACTION99
2.2823-2.31630.25411580.23233625X-RAY DIFFRACTION99
2.3163-2.35250.26551900.24313588X-RAY DIFFRACTION99
2.3525-2.39110.28381760.2333654X-RAY DIFFRACTION99
2.3911-2.43230.2852240.23553583X-RAY DIFFRACTION99
2.4323-2.47650.2852100.23453591X-RAY DIFFRACTION100
2.4765-2.52420.25712050.2283599X-RAY DIFFRACTION100
2.5242-2.57570.30291730.22783635X-RAY DIFFRACTION100
2.5757-2.63170.30391780.23413647X-RAY DIFFRACTION100
2.6317-2.69290.28921950.22833653X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.76020.2461900.22783624X-RAY DIFFRACTION100
2.7602-2.83490.29731940.22713643X-RAY DIFFRACTION100
2.8349-2.91830.29441940.2363647X-RAY DIFFRACTION100
2.9183-3.01250.261930.2273587X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.12010.25362070.21363630X-RAY DIFFRACTION100
3.1201-3.2450.27441860.21793631X-RAY DIFFRACTION100
3.245-3.39270.24131960.20393670X-RAY DIFFRACTION100
3.3927-3.57150.22381990.20213597X-RAY DIFFRACTION100
3.5715-3.79520.20361850.18283659X-RAY DIFFRACTION99
3.7952-4.08810.21671790.17763677X-RAY DIFFRACTION100
4.0881-4.49920.21711810.16843668X-RAY DIFFRACTION100
4.4992-5.14970.21880.16853676X-RAY DIFFRACTION100
5.1497-6.48580.25211940.22363677X-RAY DIFFRACTION100
6.4858-49.4580.27862090.26243739X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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