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- PDB-5t09: The structure of the type III effector HopBA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t09
タイトルThe structure of the type III effector HopBA1
要素Type III secretion system effector HopBA1
キーワードTOXIN / alpha-beta fold / parallel beta core / EreA/ChaN-like
機能・相同性: / Type III effector protein HopBA1 / : / Type III effector HopBA1
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. aptata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.013 Å
データ登録者Cherkis, K. / Machius, M. / Nishimura, M.T. / Dangl, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE FG02 95ER20187 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1257373 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: TIR-only protein RBA1 recognizes a pathogen effector to regulate cell death in Arabidopsis.
著者: Nishimura, M.T. / Anderson, R.G. / Cherkis, K.A. / Law, T.F. / Liu, Q.L. / Machius, M. / Nimchuk, Z.L. / Yang, L. / Chung, E.H. / El Kasmi, F. / Hyunh, M. / Osborne Nishimura, E. / Sondek, J.E. / Dangl, J.L.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion system effector HopBA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8596
ポリマ－25,6781
非ポリマー1815
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.865, 64.865, 96.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Type III secretion system effector HopBA1


分子量: 25678.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. aptata (バクテリア)
遺伝子: ALO85_00915 / 詳細 (発現宿主): N-terminal GST LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: A0A0Q0CD50
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % / 解説: 120um in length
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 6uL hanging vapor diffusion drops over 0.5M K2SO4, 0.1M HEPES pH 7.0, and 30% v/v PEG 400. Protein concentration 10.7 ug/mL. 1:1 ratio protein:mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→32.13 Å / Num. obs: 16048 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 49.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-20002.0.0データ削減
HKL-20002.0.0データスケーリング
CRANK1.3.0位相決定
精密化解像度: 2.013→32.127 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 800 5 %
Rwork0.1999 --
obs0.2016 16016 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.013→32.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1637 0 5 26 1668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5052259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9371001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0135-2.13960.27451220.25942474X-RAY DIFFRACTION99
2.1396-2.30480.26531440.23942484X-RAY DIFFRACTION100
2.3048-2.53660.27161430.22772491X-RAY DIFFRACTION100
2.5366-2.90350.27221400.2262536X-RAY DIFFRACTION100
2.9035-3.65730.25621290.22392550X-RAY DIFFRACTION100
3.6573-32.13070.19211220.16912681X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2707-0.0631.35184.63030.08022.1818-0.34360.67031.2927-0.49880.1087-0.3806-0.52570.31330.15030.3703-0.0641-0.02790.51550.14430.481714.334738.560524.372
28.31161.2317.24396.6559-1.93557.71510.08922.3483-1.6136-1.58780.312-0.95680.73781.3824-0.64060.52560.0530.08410.6719-0.18380.677912.575517.063921.91
37.0808-4.1305-0.15523.84452.67587.2881-0.01850.0001-1.53520.34450.34540.58221.335-0.73550.13310.2718-0.1159-0.03410.476-0.02010.5191.813321.288327.0474
46.1794-0.3210.53882.67020.99450.4304-0.0040.304-0.109-0.26930.0140.09960.3922-0.03270.06460.332-0.04220.05710.5107-0.04370.41547.702925.531428.8873
56.4563-0.32450.77725.52862.1273.0092-0.07710.1569-0.3880.1111-0.1782-0.03410.0202-0.51080.20890.18730.0429-0.0750.38470.00680.332415.062927.502540.2953
65.1124-1.35391.09244.2014-0.70022.9165-0.7062-0.14941.67310.22870.1805-0.724-0.81680.257-0.05850.41520.0088-0.12240.4419-0.03380.657213.339841.247632.9369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 116 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 117 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 180 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 181 through 239 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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