PDB-5t07: Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK07...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t07

タイトル

Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK0725 from Escherichia coli in complex with Decanoyl-CoA

要素

Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta fold / hotdog fold / acyl-CoA / thioesterae / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

thiolester hydrolase activity / fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.717 Å

データ登録者

Watanabe, N. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative acyl-CoA thioesterase EC709/ECK0725 from Escherichia coli in complex with Decanoyl-CoA
著者: Watanabe, N. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t07.cif.gz	256.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t07.ent.gz	206.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t07_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t07_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5t07_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	5t07_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s5uS 5kl9 5t06 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2o5u-1 5kl9-d 4ikv-d 3ver-d 4k4w-1 3bwg-1 2xfl-1 5t06-d 5ehs-d 2gf6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95663

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

B: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

C: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

D: Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC

ヘテロ分子

64.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.923, 97.120, 97.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC / Acyl-CoA thioesterase 分子量: 15505.920 Da / 分子数: 4 / 変異: D18A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ybgC, Z0904, ECs0771 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A8Z5, UniProt: P0A8Z3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MFK / decanoyl-CoA / S-デカノイル補酵素A 分子量: 921.783 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₄N₇O₁₇P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Citrate, 10mM DecanoilcoA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.717→29.017 Å / Num. obs: 65557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/av σ(I): 32.857 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.72-1.75	5.6	0.678	0.813	1	100
1.75-1.78	5.6	0.582	0.86	1	100
1.78-1.82	5.6	0.473	0.9	1	100
1.82-1.85	5.6	0.396	0.922	1	100
1.85-1.89	5.6	0.338	0.939	1	100
1.89-1.94	5.6	0.273	0.959	1	100
1.94-1.99	5.6	0.227	0.972	1	100
1.99-2.04	5.6	0.192	0.977	1	100
2.04-2.1	5.6	0.163	0.984	1	100
2.1-2.17	5.6	0.14	0.987	1	100
2.17-2.24	5.6	0.122	0.989	1	100
2.24-2.33	5.6	0.104	0.992	1	100
2.33-2.44	5.6	0.096	0.992	1	99.9
2.44-2.57	5.6	0.091	0.992	1	99.9
2.57-2.73	5.5	0.082	0.993	1	99.9
2.73-2.94	5.5	0.077	0.994	1	100
2.94-3.24	5.4	0.065	0.995	1	100
3.24-3.7	5.4	0.055	0.996	1	100
3.7-4.66	5.2	0.05	0.996	1	99.9
4.66-30	4.9	0.051	0.996	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S5U

1s5u

解像度: 1.717→29.017 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	3376	5.16 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.1731	65481	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.82 Å² / B_iso mean: 34.9639 Å² / B_iso min: 13.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.717→29.017 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4224	0	177	531	4932
B_iso mean	-	-	50.98	44.62	-
残基数	-	-	-	-	520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4499
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	6115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.634	1822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7166-1.7411	0.2977	130	0.2555	2452	2582	95
1.7411-1.7671	0.2926	133	0.2306	2584	2717	100
1.7671-1.7947	0.264	112	0.212	2545	2657	100
1.7947-1.8241	0.2595	150	0.2082	2584	2734	100
1.8241-1.8556	0.2591	134	0.2015	2531	2665	100
1.8556-1.8893	0.2533	154	0.1971	2560	2714	100
1.8893-1.9256	0.2088	161	0.188	2535	2696	100
1.9256-1.9649	0.2241	130	0.1833	2578	2708	100
1.9649-2.0077	0.2247	146	0.1841	2575	2721	100
2.0077-2.0544	0.2051	149	0.1765	2564	2713	100
2.0544-2.1057	0.2016	144	0.171	2548	2692	100
2.1057-2.1626	0.2066	138	0.1735	2600	2738	100
2.1626-2.2262	0.2295	132	0.1726	2579	2711	100
2.2262-2.2981	0.1826	137	0.167	2592	2729	100
2.2981-2.3802	0.2157	133	0.1767	2596	2729	100
2.3802-2.4754	0.2301	138	0.1812	2589	2727	100
2.4754-2.588	0.2309	131	0.1858	2595	2726	100
2.588-2.7244	0.2301	140	0.177	2595	2735	100
2.7244-2.8949	0.2293	156	0.1822	2575	2731	100
2.8949-3.1182	0.2173	146	0.177	2613	2759	100
3.1182-3.4315	0.1863	154	0.1639	2615	2769	100
3.4315-3.9271	0.187	115	0.1441	2676	2791	100
3.9271-4.9437	0.1577	145	0.1334	2669	2814	100
4.9437-29.021	0.1897	168	0.1941	2755	2923	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.0673 Å / Origin y: -22.1641 Å / Origin z: 20.8432 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1775 Å²	0.0118 Å²	-0.0047 Å²	-	0.1819 Å²	0.0085 Å²	-	-	0.1632 Å²
L	0.9272 °²	0.0725 °²	-0.2228 °²	-	1.0695 °²	0.1734 °²	-	-	0.6357 °²
S	0.0085 Å °	-0.0884 Å °	0.0139 Å °	0.0663 Å °	-0.0071 Å °	-0.1084 Å °	-0.0111 Å °	0.0643 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	4 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	3 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 534

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