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- PDB-5sws: Crystal Structure of NP2-B17 TCR-H2Db-NP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sws
タイトルCrystal Structure of NP2-B17 TCR-H2Db-NP complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • NP1-B17 TCR alpha chain
  • NP1-B17 TCR beta chain
  • influenza NP366 epitope
キーワードIMMUNE SYSTEM / H2Db / influenza / NP366 / reversed docking / naive T cell / NP1-B17 TCR / TCR / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / viral penetration into host nucleus / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / host cell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Gras, S. / Del Campo, C.M. / Farenc, C. / Josephs, T.M. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Reversed T Cell Receptor Docking on a Major Histocompatibility Class I Complex Limits Involvement in the Immune Response.
著者: Gras, S. / Chadderton, J. / Del Campo, C.M. / Farenc, C. / Wiede, F. / Josephs, T.M. / Sng, X.Y. / Mirams, M. / Watson, K.A. / Tiganis, T. / Quinn, K.M. / Rossjohn, J. / La Gruta, N.L.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: influenza NP366 epitope
D: NP1-B17 TCR alpha chain
E: NP1-B17 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9505
ポリマ－95,9505
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area39900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.017, 126.942, 80.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32470.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質 NP1-B17 TCR alpha chain


分子量: 23172.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質 NP1-B17 TCR beta chain


分子量: 27621.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 140分子 C

#3: タンパク質・ペプチド influenza NP366 epitope


分子量: 1026.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9Q0U8*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 % / Mosaicity: 0.08 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 17% 3350, 0.2 KNaTartrate, 0.1 BTP 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→49.1 Å / Num. all: 21354 / Num. obs: 21354 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 64.49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 90916
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.86-3.014.20.5791301730880.7730.0220.0430.0292.397.2
9.04-49.13.90.02926966920.9980.0350.0730.05338.697.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HUU, 1KGC

4huu

1kgc


解像度: 2.86→30.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8685 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.428
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2737 1102 5.18 %RANDOM
Rwork0.2307 ---
obs0.2329 21281 99.06 %-
原子変位パラメータBiso max: 139.53 Å2 / Biso mean: 47.82 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0562 Å20 Å2-7.273 Å2
2--11.5034 Å20 Å2
3----11.4472 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.474 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→30.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6591 0 0 143 6734
Biso mean---28.08 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2319SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes973HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6808HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion851SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6975SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6808HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9248HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.3
LS精密化 シェル解像度: 2.86→3 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3416 132 4.69 %
Rwork0.2643 2681 -
all0.2678 2813 -
obs--99.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3987-0.00170.25362.512-0.80670.3762-0.00770.0143-0.01230.0129-0.0016-0.08550.00980.00770.0093-0.09610.06910.0712-0.0376-0.03680.0445107.996932.9699-17.5433
21.32440.6249-0.73280.7672-0.40190.28950.0067-0.0065-0.01660.01250.00760.02320.0178-0.0472-0.0143-0.0279-0.00930.0320.01530.0290.042393.403821.1548-9.7616
30.73750.3456-0.20971.565-0.1579-0.17550.02350.0238-0.01930.00420.00920.0001-0.09560.0018-0.0327-0.0590.0784-0.00720.0007-0.09320.044377.515388.9953-23.6397
40.4888-0.3775-0.11743.2796-0.2470.01130.02630.0071-0.0081-0.0083-0.0222-0.0264-0.0310.0254-0.0041-0.00050.00860.001-0.05640.0151-0.005797.103488.6546-26.0407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }D1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|* }E3 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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