PDB-5swc: The structure of the beta-carbonic anhydrase CcaA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5swc

タイトル

The structure of the beta-carbonic anhydrase CcaA

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / carboxysome / bacterial microcompartment / carbonic anhydrase / symmetry breaking / carbon fixation

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanate catabolic process / carbon utilization / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / McGurn, L. / White, S.A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: The structure, kinetics and interactions of the beta-carboxysomal beta-carbonic anhydrase, CcaA.
著者: McGurn, L.D. / Moazami-Goudarzi, M. / White, S.A. / Suwal, T. / Brar, B. / Tang, J.Q. / Espie, G.S. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2016年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5swc.cif.gz	775.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5swc.ent.gz	657.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5swc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5swc_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5swc_full_validation.pdf.gz	502.8 KB	表示
XML形式データ	5swc_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	5swc_validation.cif.gz	83.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/5swc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/5swc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ekjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gyg-1 6qlg-d 1gyg-2 4ay4-1 4q3l-1 4b4k-1 6qxa-2 1rxs-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase

B: Carbonic anhydrase

C: Carbonic anhydrase

D: Carbonic anhydrase

E: Carbonic anhydrase

F: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.950, 202.950, 70.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase 分子量: 26871.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: icfA, slr1347 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q54735, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1038 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.37 % / 解説: prismatic
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 7.1 mg/ml protein, 2.0 M Na formate, 0.1 M Na acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97888 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→48.816 Å / Num. obs: 317226 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.3 Å² / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 15.01
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / R_merge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EKJ

1ekj

解像度: 1.45→48.816 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 13.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1465	2464	0.97 %
R_work	0.1308	-	-
obs	0.1309	253058	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→48.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10260	0	74	1038	11372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.418	14665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.335	4029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1927

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.5018	0.2221	244	0.2122	24839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5018-1.562	0.1802	246	0.167	24964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.6331	0.1731	244	0.1466	24954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6331-1.7192	0.1646	252	0.1324	25032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7192-1.8269	0.1504	242	0.1243	24944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.9679	0.1445	244	0.1268	25040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.166	0.1346	246	0.1169	25069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.4794	0.1438	250	0.1183	25068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4794-3.1237	0.1546	247	0.1348	25187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1237-48.8432	0.1308	249	0.1262	25497	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2541	-0.1922	-0.9854	3.0519	1.4399	2.9875	-0.0627	-0.0944	-0.3559	0.2137	0.083	-0.0925	0.6291	0.2338	-0.0114	0.2044	-0.0081	-0.016	0.16	-0.0382	0.3279	53.568	47.8476	43.9066
2	1.6702	-0.7544	-0.6939	3.4139	0.4274	1.3123	0.0353	0.2546	-0.1567	-0.4466	0.0078	-0.4141	0.0377	0.057	-0.04	0.1572	-0.0326	0.0349	0.1705	-0.0619	0.1915	55.4444	62.1314	29.9976
3	1.078	1.0368	-0.1514	1.0419	-0.3284	1.3394	-0.0424	0.1407	-0.2078	-0.1193	0.0541	-0.0564	0.0699	0.0531	0.0041	0.126	-0.0036	-0.0109	0.1353	-0.0381	0.1958	43.0478	61.5346	37.6741
4	0.2963	0.1724	0.3136	0.9283	0.6498	0.4784	-0.0574	0.0195	-0.0143	-0.0944	0.0267	0.0359	-0.078	0.0455	0.0227	0.1221	-0.0066	-0.0001	0.0993	-0.0125	0.1349	45.9276	76.7515	44.7764
5	4.7963	1.1451	0.9401	2.742	0.6352	0.9625	-0.0986	0.4198	-0.0202	-0.2729	0.1107	-0.144	-0.101	0.1612	0.0196	0.1651	-0.0222	0.0164	0.1361	-0.0206	0.133	49.3676	75.9136	33.9078
6	4.7347	0.1733	1.1094	3.6421	0.5961	5.2386	-0.0376	-0.6647	0.1528	0.617	-0.0368	0.3426	-0.0539	-0.2995	0.063	0.1871	-0.0088	0.0519	0.1819	-0.0193	0.1779	33.4496	72.0428	56.3716
7	2.028	-1.4187	1.8313	2.9907	-1.6911	2.3793	-0.1106	-0.3201	0.1416	0.2057	0.1285	0.186	-0.194	-0.268	0.0135	0.1556	0.0104	0.035	0.145	-0.0471	0.206	33.9231	80.7373	52.8314
8	3.665	-0.4484	-0.4259	1.9774	0.0088	4.2048	-0.014	-0.2277	-0.0365	0.2292	0.0381	0.8881	0.0811	-0.5432	-0.0481	0.1345	-0.0159	0.0509	0.1887	-0.0281	0.3548	24.9415	74.5476	46.4945
9	2.9264	1.6697	0.6263	4.6752	-0.7273	3.0149	-0.1874	0.3136	-0.006	-0.4392	0.1259	-0.0695	-0.0146	0.1324	0.0352	0.1737	-0.0129	-0.0153	0.1153	-0.0184	0.1365	44.1051	84.6211	33.0348
10	0.3618	0.7135	0.3812	5.5582	-1.4023	2.5776	-0.0548	0.024	0.0165	-0.071	0.1134	0.3727	-0.0162	-0.1512	-0.0836	0.098	-0.011	-0.0331	0.1258	-0.0213	0.1866	31.5755	68.8614	34.9954
11	1.1072	2.2214	0.0415	6.9573	1.2186	0.5103	-0.1053	0.0454	0.3407	-0.565	0.0042	0.4934	-0.4129	0.0049	0.0818	0.2689	-0.0175	-0.0891	0.178	0.0053	0.2562	32.1364	81.5394	28.4863
12	3.7196	0.8652	-0.4048	6.6049	-2.4597	5.833	-0.0452	0.3577	-0.0723	-0.3851	0.0887	-0.2187	0.0247	0.153	-0.0382	0.1208	-0.0127	-0.0209	0.1452	-0.0559	0.1888	36.9557	60.0522	28.1473
13	2.9078	0.7719	1.4056	1.1969	0.6025	2.5176	0.2003	-0.2006	-0.2067	0.03	-0.0979	0.1915	0.253	-0.2972	-0.1576	0.1463	-0.0134	-0.0209	0.0956	0.0244	0.2234	36.5744	55.0465	47.4996
14	0.2394	-0.185	-0.4067	0.6969	-0.1493	1.4019	-0.0769	0.141	-0.2132	-0.0622	0.1265	-0.0147	0.1545	-0.0728	-0.0445	0.1294	-0.0125	-0.0051	0.1254	-0.0393	0.2074	49.3792	58.0497	41.8273
15	0.6139	0.3896	0.4746	0.761	0.1308	0.2915	-0.0169	0.0281	0.0013	0.0781	0.0228	-0.0189	-0.0003	-0.0476	0.0169	0.1222	-0.0036	0.0031	0.1005	-0.0188	0.1444	51.7867	72.0855	51.2954
16	2.7893	-0.3047	-0.5483	1.8807	0.2975	1.6751	-0.0013	-0.0908	-0.0676	0.1304	0.0486	0.068	0.0101	-0.0673	-0.0614	0.1195	-0.0131	-0.0051	0.1004	-0.0035	0.1443	47.0463	63.6127	56.6967
17	4.0693	-0.6685	0.1126	5.578	-0.4942	2.4909	-0.0892	0.4025	0.2735	-0.2956	0.0566	-0.4418	-0.3188	0.2671	0.0485	0.1564	-0.0529	0.019	0.1716	-0.0043	0.1535	64.2183	76.8404	39.805
18	2.5824	-1.3565	2.3902	2.4163	-0.5721	2.8732	-0.0932	0.1052	0.2593	-0.0068	0.0175	-0.3523	-0.1209	0.2145	0.1333	0.1226	-0.0398	0.0152	0.1369	-0.0277	0.1773	65.0299	77.8949	48.7548
19	4.9951	0.1576	0.2154	3.2392	-0.8377	3.2593	-0.0366	0.4632	-0.0949	-0.2742	0.1175	-0.649	0.0222	0.7834	0.0536	0.1335	-0.0259	0.0455	0.2605	-0.0745	0.2904	71.6135	67.2907	45.6765
20	2.4163	1.5506	-0.7988	2.82	-1.4706	1.9486	0.1027	-0.2011	-0.1339	0.2712	-0.0959	0.0189	0.0149	0.0128	0.0039	0.1573	-0.0178	-0.0031	0.1117	-0.0092	0.1532	53.8638	65.7326	63.759
21	0.7462	0.6368	1.4018	1.9205	-0.3553	7.3744	0.016	0.1811	-0.2961	-0.1479	0.0496	-0.1838	0.3276	0.5256	-0.0322	0.1134	0.0288	-0.0035	0.112	-0.0532	0.2423	62.0668	56.4002	47.9481
22	3.3964	0.6318	0.3111	4.0647	0.269	4.3489	0.1815	-0.4219	-0.182	0.5946	-0.0024	0.0548	0.0666	0.0983	-0.1298	0.2099	-0.0035	-0.011	0.2019	0.033	0.264	64.1078	57.1571	61.8518
23	8.7229	-0.961	0.209	4.2116	0.1733	2.8543	0.2334	-1.2872	0.803	0.9918	-0.0858	-0.5162	-0.3105	0.6678	-0.082	0.5023	-0.1251	-0.1116	0.5134	-0.1053	0.3656	73.5035	102.94	89.0294
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12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid -2:17)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 18:37)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 38:57)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 58:77)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 78:97)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 98:117)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 118:137)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 138:157)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 158:177)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 178:197)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 198:220)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid -2:17)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 18:37)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 38:57)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 58:77)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 78:97)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 98:117)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 118:137)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 138:157)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 158:177)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 178:205)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid -1:17)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 18:37)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 38:57)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 58:77)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 78:97)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 98:117)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 118:137)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 138:157)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 158:177)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 178:204)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain E and resid -2:17)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain E and resid 18:37)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain E and resid 38:57)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain E and resid 58:77)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain E and resid 78:97)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain E and resid 98:117)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain E and resid 118:137)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain E and resid 138:157)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain E and resid 158:177)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain E and resid 178:197)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain E and resid 198:220)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain F and resid -8:0)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain F and resid 1:17)
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57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain F and resid 38:57)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain F and resid 58:77)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain F and resid 78:97)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain F and resid 98:117)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain F and resid 118:137)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain F and resid 138:157)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain F and resid 158:177)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain F and resid 178:204)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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