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- PDB-5sup: Crystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sup
タイトルCrystal structure of the Sub2-Yra1 complex in association with RNA
要素
  • ATP-dependent RNA helicase SUB2
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA annealing protein YRA1
キーワードHYDROLASE/RNA / mRNA export / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA helicase inhibitor activity / transcription export complex / DNA/RNA hybrid binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / mRNA 3'-end processing / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / spliceosomal complex / transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA helicase inhibitor activity / transcription export complex / DNA/RNA hybrid binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / mRNA 3'-end processing / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / spliceosomal complex / transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yra1/Mlo3, RNA recognition motif / : / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Yra1/Mlo3, RNA recognition motif / : / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / RNA / RNA (> 10) / ATP-dependent RNA helicase SUB2 / RNA annealing protein YRA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ren, Y. / Schmiege, P. / Blobel, G.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical analyses of the DEAD-box ATPase Sub2 in association with THO or Yra1.
著者: Ren, Y. / Schmiege, P. / Blobel, G.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase SUB2
B: ATP-dependent RNA helicase SUB2
C: ATP-dependent RNA helicase SUB2
G: RNA annealing protein YRA1
H: RNA annealing protein YRA1
I: RNA annealing protein YRA1
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,62118
ポリマ－158,0699
非ポリマー1,5539
水48627
1
A: ATP-dependent RNA helicase SUB2
H: RNA annealing protein YRA1
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2076
ポリマ－52,6903
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent RNA helicase SUB2
G: RNA annealing protein YRA1
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2076
ポリマ－52,6903
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
3
C: ATP-dependent RNA helicase SUB2
I: RNA annealing protein YRA1
E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2076
ポリマ－52,6903
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.346, 99.346, 247.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 3種, 9分子 ABCGHIDEF

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase SUB2 / Suppressor of BRR1 protein 2


分子量: 44462.867 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 61-446 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUB2, YDL084W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07478, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド RNA annealing protein YRA1


分子量: 3679.246 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 200-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRA1, YDR381W, D9481.2, D9509.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12159
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 36分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 5.5), 20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 44413 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTJ

1xtj


解像度: 2.6→49.673 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 2235 5.03 %
Rwork0.2189 --
obs0.2213 44413 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9644 360 96 27 10127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07613971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1726285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.65660.421350.33622558X-RAY DIFFRACTION100
2.6566-2.71840.40571340.31012599X-RAY DIFFRACTION100
2.7184-2.78640.37921490.29512584X-RAY DIFFRACTION100
2.7864-2.86170.32221460.28272604X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-2.94590.3491310.28112581X-RAY DIFFRACTION100
2.9459-3.0410.33741320.27752621X-RAY DIFFRACTION100
3.041-3.14960.35141420.28192596X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.27570.32181460.27812622X-RAY DIFFRACTION100
3.2757-3.42480.26861230.24842650X-RAY DIFFRACTION100
3.4248-3.60530.28511380.23312612X-RAY DIFFRACTION100
3.6053-3.83110.26481480.21632626X-RAY DIFFRACTION100
3.8311-4.12670.27131250.19992664X-RAY DIFFRACTION100
4.1267-4.54180.23511320.17522660X-RAY DIFFRACTION100
4.5418-5.19840.18761590.16592655X-RAY DIFFRACTION100
5.1984-6.5470.26521580.19692689X-RAY DIFFRACTION100
6.547-49.6820.19031370.17612857X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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