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- PDB-5sd2: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sd2
タイトルCrystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1236 (enantiomer)
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJI / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1236 (enantiomer)
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0484
ポリマ－19,8321
非ポリマー1,2163
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.350, 67.340, 72.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-HJI / (2R)-2-[(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)methyl]-3,3-difluoropropanoic acid


分子量: 410.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24F2N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % / Mosaicity: 0.338 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MCSGR1 B12 (291353b12): 100nN Tris:HCl pH8.5, 200mM MgCl2, 20% (w/v) PEG8000, 10mg/mL protein conc., cryo 15% ethylene glycol, puck pwp0-13

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 10101 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.196 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 9.38 / Num. measured all: 48685
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.050.5812.7534127417360.7780.65799.3
2.05-2.110.4893.435747327240.8350.54798.9
2.11-2.170.4044.1534346886880.8720.453100
2.17-2.240.3634.4933026936920.8890.40999.9
2.24-2.310.3364.830556446380.9210.37899.1
2.31-2.390.2995.3730936456430.9290.33899.7
2.39-2.480.2596.0230896246160.9510.2998.7
2.48-2.580.2077.3729885955940.970.23299.8
2.58-2.70.1738.2227575845750.9740.19598.5
2.7-2.830.1599.1626385475470.9760.179100
2.83-2.980.13810.3924805275160.9850.15597.9
2.98-3.160.10912.2824834964960.9890.122100
3.16-3.380.09214.3122824784670.9930.10397.7
3.38-3.650.07616.8620614474390.9920.08598.2
3.65-40.06619.0919164044000.9960.07499
4-4.470.05920.8918083783670.9950.06697.1
4.47-5.160.0620.4414983403280.9940.06896.5
5.16-6.320.06318.2112682852750.9950.07196.5
6.32-8.940.06219.8410442362270.9960.0796.2
8.940.05822.045031441330.9920.06792.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_3874精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→49.3 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 923 9.14 %
Rwork0.1504 9178 -
obs0.157 10101 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.28 Å2 / Biso mean: 19.8186 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1315 0 81 132 1528
Biso mean--18.33 25.2 -
残基数----171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.110.25581370.17821296143399
2.11-2.240.23141440.163312731417100
2.24-2.410.25061400.163612831423100
2.41-2.650.26611160.16751316143299
2.65-3.040.22441080.15841316142499
3.04-3.820.19061430.13381318146198
3.83-49.30.21371350.13661376151197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4449-0.0470.06270.90670.12941.54780.01480.10410.19720.0142-0.1557-0.3148-0.68120.42780.140.2239-0.02010.00310.18340.03250.207815.026315.83016.6205
20.6875-0.3836-0.11162.2060.30952.04270.0889-0.0729-0.07470.112-0.06740.10240.1235-0.1047-0.01670.0933-0.0323-0.00830.12550.01150.14227.56961.08413.3066
32.1121-0.9473-0.10066.9655-1.54251.86740.04620.05280.0608-0.2504-0.0394-0.52310.05230.11830.00970.17870.0290.01850.1853-0.02110.170316.2946-2.50380.3331
43.08550.9366-1.46652.9398-0.76344.77210.1101-0.0139-0.0405-0.12670.0164-0.0269-0.0937-0.01-0.1350.0899-0.0043-0.03130.0778-0.01720.096716.75958.650411.3933
51.9818-0.7726-1.36672.8505-0.42572.94860.094-0.2334-0.08070.145-0.1189-0.23740.05050.24220.05790.163-0.036-0.09490.17530.00670.176719.5588.391322.7211
65.85161.4148-3.20782.0646-1.25332.92830.0520.00630.1388-0.00510.09060.10550.0341-0.1042-0.11220.1167-0.0156-0.01490.11390.00310.08298.399914.365123.1799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -11 through 9 )A-11 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 60 )A10 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 89 )A61 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 90 through 115 )A90 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 139 )A116 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 159 )A140 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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