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Yorodumi- PDB-5sd2: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5sd2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1236 (enantiomer) | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1236 (enantiomer) Authors: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5sd2.cif.gz | 87 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5sd2.ent.gz | 63.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5sd2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5sd2_validation.pdf.gz | 973.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5sd2_full_validation.pdf.gz | 974.1 KB | Display | |
Data in XML | 5sd2_validation.xml.gz | 10 KB | Display | |
Data in CIF | 5sd2_validation.cif.gz | 14 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd2 | HTTPS FTP |
-Group deposition
ID | G_1002223 (26 entries) |
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Title | DHFR structures, SSGCID |
Type | ground state |
Description | human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19832.365 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: MtDHFR Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase |
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#2: Chemical | ChemComp-NAP / |
#3: Chemical | ChemComp-HJI / ( |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 32 % / Mosaicity: 0.338 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MCSGR1 B12 (291353b12): 100nN Tris:HCl pH8.5, 200mM MgCl2, 20% (w/v) PEG8000, 10mg/mL protein conc., cryo 15% ethylene glycol, puck pwp0-13 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 10101 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.196 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.947 / Net I/σ(I): 9.38 / Num. measured all: 48685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→49.3 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.28 Å2 / Biso mean: 19.8186 Å2 / Biso min: 8.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→49.3 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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