PDB-5scv: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5scv

タイトル

Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-889

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-889
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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グループ登録

ID	G_1002223 (26エントリ) 5scm 5scn 5sco 5scp 5scq 5scr 5scs 5sct 5scu 5scv
タイトル	DHFR structures, SSGCID
タイプ	ground state
解説	human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands

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関連構造データ

類似構造データ	4xzd-1 4jet-9 4y1q-3 4jet-3 4y1q-8 1oh4-d 4jet-1 4jet-2 4y1q-5 4jes-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

42 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	30.260, 67.420, 75.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19832.365 Da / 分子数: 2 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-H4U / 6-ethyl-5-(4-{3-[3-(1H-tetrazol-5-yl)propyl]phenoxy}butoxy)pyrimidine-2,4-diamine 分子量: 412.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.04 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG1 F3 (267577f3): 20%PEG3350, 200mM Ammonium citrate dibasic pH5.0, 3.5mM EBSI5603, protein concentration 40.69mg/mL, cryo 20% EG, puck iri2-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来: Rotating Copper Anode / タイプ: FRE+ Superbright / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: Saturn 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 42503 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 21.442 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 27.81 / Num. measured all: 410403

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59		0.76	0.544	2.46	10445	3281	2815	0.63	85.8
1.59-1.63		0.878	0.533	3.55	17931	3071	2850	0.578	92.8
1.63-1.68		0.914	0.467	4.2	19669	3106	2850	0.503	91.8
1.68-1.73		0.944	0.392	5.16	19877	2919	2832	0.422	97
1.73-1.79		0.961	0.335	6.24	20227	2880	2767	0.36	96.1
1.79-1.85		0.981	0.235	8.82	20451	2768	2748	0.252	99.3
1.85-1.92		0.988	0.197	11.03	20658	2672	2663	0.21	99.7
1.92-2		0.994	0.143	15.45	21180	2595	2596	0.153	100
2-2.09		0.995	0.129	18.48	20646	2449	2444	0.137	99.8
2.09-2.19		0.997	0.101	23.85	21306	2388	2387	0.108	100
2.19-2.31		0.997	0.088	28.66	22445	2272	2266	0.093	99.7
2.31-2.45		0.998	0.077	34.08	23692	2121	2122	0.08	100
2.45-2.62		0.999	0.066	39.73	23895	2006	2004	0.069	99.9
2.62-2.83		0.999	0.058	45.75	24039	1886	1886	0.061	100
2.83-3.1		0.999	0.047	58.35	24105	1708	1707	0.048	99.9
3.1-3.47		1	0.038	77.98	27033	1574	1574	0.039	100
3.47-4		1	0.032	95.9	25303	1375	1375	0.033	100
4-4.9		1	0.027	107.79	21899	1182	1185	0.028	100
4.9-6.93		1	0.031	94.89	16738	915	912	0.032	99.7
	6.93	1	0.029	103.07	8864	524	520	0.03	99.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2196	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→37.389 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	2049	4.82 %
R_work	0.1602	40428	-
obs	0.1617	42477	97.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.08 Å² / B_iso mean: 19.8138 Å² / B_iso min: 6.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2597	0	158	320	3075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	3984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	501
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.179	1660

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.586	0.2726	118	0.2411	2375	2493	85
1.586-1.6257	0.2512	136	0.212	2523	2659	93
1.6257-1.6696	0.2857	129	0.2011	2546	2675	92
1.6696-1.7188	0.2246	111	0.2001	2668	2779	96
1.7188-1.7742	0.2647	141	0.1919	2649	2790	96
1.7742-1.8377	0.2293	153	0.179	2667	2820	99
1.8377-1.9112	0.2164	127	0.173	2787	2914	99
1.9112-1.9982	0.1981	146	0.1581	2747	2893	100
1.9982-2.1035	0.1931	137	0.162	2772	2909	100
2.1035-2.2353	0.1818	140	0.156	2743	2883	100
2.2353-2.4079	0.2089	148	0.1615	2762	2910	100
2.4079-2.6501	0.2154	153	0.1666	2763	2916	100
2.6501-3.0335	0.1712	119	0.1612	2814	2933	100
3.0335-3.8213	0.1739	130	0.1379	2797	2927	100
3.8213-37.4001	0.1455	161	0.1344	2815	2976	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6904	-0.3794	-0.0579	2.1199	0.2397	2.3845	0.0673	0.1949	-0.2723	-0.209	-0.0235	0.0316	0.5314	0.0796	-0.0374	0.1577	0.0195	-0.001	0.1217	-0.0341	0.1388	-1.6118	-14.6037	26.0021
2	1.2842	-0.382	0.4858	0.5872	-0.4574	2.0728	-0.0194	0.1435	0.0565	-0.0202	-0.026	-0.0661	-0.1167	0.1293	0.0342	0.0515	-0.0169	0.0106	0.0958	-0.0041	0.1203	0.2749	0.4993	23.9763
3	1.772	-0.0056	1.089	0.7889	0.0393	1.7291	0.0441	-0.0827	-0.1507	0.0689	0.0157	0.0063	0.0402	-0.043	-0.0611	0.0606	0.0059	0.0202	0.0803	0.0012	0.1114	-0.9385	-9.9357	35.363
4	2.0064	1.7717	2.3283	4.0684	4.2541	6.1832	0.0551	-0.0714	0.2325	0.1747	-0.0976	-0.001	-0.0457	-0.0374	0.0672	0.0887	-0.0125	0.0143	0.0886	-0.0041	0.1245	10.1362	-23.8887	14.7189
5	3.1943	0.0192	0.3695	0.5478	0.2468	2.086	0.1442	0.2768	-0.2149	0.0056	0.0141	-0.0929	0.3195	0.2854	-0.1103	0.1211	0.0279	-0.0027	0.1377	-0.0011	0.1067	11.8571	-34.9274	1.4114
6	3.9435	0.7113	-0.1509	5.7536	1.0619	3.9233	0.0423	0.1411	0.0305	-0.0607	0.0173	0.2057	0.5748	0.2023	0.0098	0.1575	0.0061	-0.0288	0.1365	0.0067	0.0587	12.9366	-38.1267	14.6094
7	5.3027	1.3741	-0.6107	2.6259	-0.5834	2.0819	0.0002	0.141	-0.3424	-0.3219	0.0058	-0.2533	0.6938	0.2327	0.0126	0.2674	0.0546	0.0111	0.1722	0.0143	0.1339	15.4121	-42.239	17.6841
8	3.2746	3.118	-0.4685	3.0112	-0.6982	1.6327	0.0136	-0.1081	0.326	0.1528	0.1828	0.4916	-0.1243	-0.0728	-0.1898	0.17	-0.0022	-0.0202	0.1566	0.0315	0.177	9.8437	-33.0959	24.7332
9	3.1392	0.0589	-0.8967	6.6427	0.4546	4.9355	0.1268	-0.2381	0.0841	0.0852	-0.0147	0.0321	-0.089	-0.3195	-0.0559	0.0688	-0.0016	-0.0043	0.1202	0.0258	0.0611	5.8273	-30.6526	15.184
10	2.8201	-0.7296	-1.0325	6.628	5.6875	7.5849	0.0153	-0.0389	0.1791	-0.0696	-0.0048	0.0147	-0.3437	-0.1028	0.026	0.0514	-0.0022	0.0032	0.0716	-0.002	0.1005	7.9156	-24.9048	5.8043
11	2.8504	0.1598	-0.8601	0.1106	-0.5463	4.052	0.0276	-0.0011	0.1321	-0.2003	0.0567	0.0592	0.0154	-0.3865	-0.0599	0.0883	-0.0008	-0.0125	0.1249	0.0111	0.1277	-0.4742	-30.0027	2.2858
12	2.6329	-4.8921	-1.774	9.3345	4.2966	7.2398	0.1519	0.1554	0.0828	-0.1024	-0.0055	-0.1799	-0.337	0.2101	-0.1005	0.104	0.0023	0.0225	0.158	0.0048	0.1029	12.5044	-27.5141	-9.8997
13	6.5644	-3.287	-5.1754	3.3626	3.9419	5.528	0.0564	-0.1662	0.4316	0.0067	0.0446	0.0648	-0.4874	-0.0339	-0.1177	0.2017	0.0299	0.0194	0.1135	0.0086	0.1647	6.6836	-21.0665	4.4717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -7 through 9 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 89 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 159 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -6 through 9 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 35 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 36 through 49 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 50 through 76 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 77 through 89 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 90 through 106 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 107 through 115 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 116 through 139 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 140 through 150 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 151 through 159 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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