PDB-5s64: Tubulin-Z28870646-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s64

タイトル

Tubulin-Z28870646-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s64.cif.gz	917.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s64.ent.gz	757.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s64	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5v-d 5s4v-d 6lsn-d 4zi7-d 6d88-d 5s60-d 5s5h-d 6fii-d 5s4y-d 4o4l-d 5s5g-d 5ca1-d 5xlz-d 7ce8-d 5s51-d 4o2a-d 5s4n-d 5s5p-d 6fjf-d 4i50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.620, 158.420, 179.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 115分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-TVP / (2S)-1-ACETYL-2-METHYL-1,2,3,4-TETRAHYDROQUINOLINE 分子量: 189.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→87.3 Å / Num. obs: 77880 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.799 % / B_iso Wilson estimate: 84.116 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 12.25 / Num. measured all: 529525 / Scaling rejects: 893

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.75-2.82	6.905	2.549	0.74	39143	5734	5669	0.404	2.757	98.9
2.82-2.9	7.073	1.825	1.06	38901	5554	5500	0.545	1.97	99
2.9-2.98	7.041	1.465	1.34	38073	5442	5407	0.629	1.582	99.4
2.98-3.07	6.991	0.978	1.97	36694	5281	5249	0.784	1.056	99.4
3.07-3.18	6.974	0.743	2.64	35464	5123	5085	0.845	0.803	99.3
3.18-3.29	6.887	0.56	3.47	34050	4969	4944	0.916	0.605	99.5
3.29-3.41	6.627	0.413	4.48	31487	4776	4751	0.952	0.449	99.5
3.41-3.55	6.474	0.297	5.99	29625	4592	4576	0.974	0.323	99.7
3.55-3.71	6.613	0.251	7.42	28667	4455	4335	0.978	0.273	97.3
3.71-3.89	7.106	0.167	10.61	30065	4243	4231	0.992	0.18	99.7
3.89-4.1	7.02	0.117	14.34	28255	4034	4025	0.995	0.126	99.8
4.1-4.35	6.918	0.089	18.15	26626	3855	3849	0.997	0.096	99.8
4.35-4.65	6.769	0.064	23.23	24254	3597	3583	0.998	0.069	99.6
4.65-5.02	6.316	0.057	24.84	21398	3391	3388	0.998	0.062	99.9
5.02-5.5	6.302	0.061	24.29	19632	3117	3115	0.998	0.066	99.9
5.5-6.15	6.952	0.059	26.64	19736	2839	2839	0.998	0.063	100
6.15-7.1	6.862	0.048	30.92	17231	2511	2511	0.999	0.052	100
7.1-8.7	6.465	0.032	42.74	13893	2152	2149	0.999	0.035	99.9
8.7-12.3	5.96	0.025	54.97	10073	1691	1690	0.999	0.027	99.9
12.3-87.3	6.36	0.022	62.77	6258	999	984	1	0.024	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.75→87.3 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2619	3904	5.01 %
R_work	0.2135	73958	-
obs	0.216	77862	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 265.37 Å² / B_iso mean: 101.0561 Å² / B_iso min: 48.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→87.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17468	0	230	98	17796
B_iso mean	-	-	85.98	76.6	-
残基数	-	-	-	-	2209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.75-2.78	0.4434	154	0.4101	2556	2710	99
2.78-2.82	0.4263	122	0.3724	2612	2734	99
2.82-2.86	0.3975	173	0.3665	2551	2724	99
2.86-2.9	0.3836	138	0.3537	2615	2753	99
2.9-2.94	0.4294	142	0.3618	2589	2731	99
2.94-2.98	0.3623	132	0.3447	2629	2761	99
2.98-3.03	0.3635	121	0.2964	2594	2715	99
3.03-3.08	0.3494	121	0.2999	2658	2779	100
3.08-3.13	0.355	158	0.2879	2574	2732	99
3.13-3.19	0.332	134	0.2874	2646	2780	99
3.19-3.25	0.3872	122	0.2793	2634	2756	100
3.25-3.31	0.3134	146	0.2557	2608	2754	99
3.31-3.39	0.327	143	0.2617	2633	2776	100
3.39-3.46	0.3047	149	0.2514	2605	2754	100
3.46-3.55	0.2952	123	0.2506	2636	2759	100
3.55-3.65	0.2825	133	0.2804	2609	2742	98
3.65-3.75	0.3198	133	0.2825	2595	2728	98
3.75-3.88	0.2417	137	0.2097	2663	2800	100
3.88-4.01	0.2648	136	0.2029	2628	2764	100
4.01-4.18	0.2452	160	0.1896	2644	2804	100
4.18-4.37	0.2344	143	0.1916	2653	2796	100
4.37-4.6	0.2139	138	0.1726	2651	2789	100
4.6-4.88	0.1893	129	0.1627	2675	2804	100
4.88-5.26	0.2479	140	0.1761	2691	2831	100
5.26-5.79	0.2598	146	0.1922	2707	2853	100
5.79-6.63	0.2489	159	0.1959	2679	2838	100
6.63-8.35	0.2258	134	0.1744	2761	2895	100
8.35-87.3	0.2013	138	0.1669	2862	3000	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2372	-0.9858	0.0962	7.1995	0.793	3.5161	-0.0056	0.2312	0.3466	-0.6902	0.3418	-0.7012	-0.6792	0.1649	-0.3409	0.782	-0.1657	0.1875	0.7934	-0.1769	0.7771	31.9827	89.907	50.4663
2	2.6382	-0.2706	-2.4758	8.5642	-1.8265	3.8747	0.2663	-0.8322	-0.1823	1.0836	-0.2423	-0.111	0.3653	0.7496	0.0797	0.5788	0.0039	-0.0617	0.6963	-0.2721	0.6377	29.9205	74.5033	58.7843
3	3.199	-0.0581	0.9104	7.1951	0.7124	7.0551	0.0593	-0.1857	0.3277	0.4661	0.0741	0.3986	-0.5025	-0.3389	-0.1401	0.5583	0.0458	0.122	0.6464	-0.1218	0.6097	17.0178	84.948	66.6264
4	0.9577	-0.8852	-0.0022	8.0147	1.9169	2.2452	-0.2422	-0.19	0.166	1.6296	0.4353	0.2141	0.1847	0.0022	-0.1941	0.9811	0.0551	0.1295	0.9835	-0.1733	0.7444	19.0161	83.676	73.1057
5	3.1386	0.4756	0.198	8.9226	5.8532	8.7689	-0.2389	-0.3923	-0.0508	0.8171	0.7901	-0.4519	0.7314	1.8261	-0.5035	0.738	0.1398	-0.1561	0.8932	-0.1766	0.9281	32.3466	62.4607	61.4624
6	8.8019	-2.3574	-1.1565	5.5195	-0.4563	3.9684	0.2124	0.3397	1.004	-0.6373	-0.1106	0.193	-1.0678	-0.2716	-0.0575	0.7296	-0.0138	0.0142	0.6195	-0.0454	0.668	15.8225	70.1929	18.9046
7	2.7661	0.6224	0.3661	3.5605	1.6219	4.0884	0.1071	-0.0054	0.137	-0.1831	-0.0483	-0.1734	-0.2872	0.1253	-0.0483	0.5115	0.0088	0.0405	0.663	-0.1168	0.5702	19.9736	56.304	25.0916
8	6.2073	-3.7533	1.3664	5.3209	-1.1141	3.6896	-0.0842	-0.3528	0.1354	0.4681	-0.0336	0.5446	-0.1433	-1.232	0.1116	0.7612	0.0414	0.0807	1.0768	-0.2474	0.751	5.5397	60.4971	42.1549
9	1.0831	-2.5428	-1.6945	6.0773	3.0145	5.659	-0.27	-0.2988	-0.0506	1.1672	0.1318	-0.0477	0.7865	0.5306	0.1362	0.6539	-0.1428	-0.0361	0.7484	-0.0943	0.718	20.8108	41.5291	31.2772
10	2.9032	-1.3682	-0.5162	4.7374	0.4472	2.8875	0.1101	0.3039	0.1762	-0.4875	-0.0336	-0.1714	-0.2984	0.1969	-0.0629	0.5189	-0.1305	0.085	0.6587	-0.0577	0.571	20.1781	33.0896	-11.9967
11	1.5675	-0.7352	0.3465	3.147	1.3027	3.4214	-0.0042	-0.0546	0.1193	0.0794	-0.1155	0.1462	0.0046	-0.4534	0.124	0.4459	-0.1356	0.113	0.6714	-0.0968	0.5932	7.692	26.1741	3.1481
12	7.7022	-3.5349	0.6555	3.3609	-2.2476	3.4029	-0.0132	0.815	0.4224	-0.8078	0.1144	-0.2056	-0.0694	-0.566	-0.0994	0.9594	-0.1722	0.0933	1.0986	-0.0823	0.7041	17.3267	9.7158	-44.0002
13	2.2991	-0.0285	-0.4864	2.0869	-0.4597	3.3907	-0.1512	0.6758	-0.3256	-0.5694	0.1608	-0.3559	0.3455	0.0566	-0.0079	0.8663	-0.093	0.165	0.9619	-0.2554	0.7277	22.8247	-2.2457	-34.1801
14	2.8505	-2.6643	-2.6766	6.9914	2.1444	2.5458	0.3199	0.2617	-0.4585	-0.9946	-0.165	0.5758	0.0776	-0.2744	-0.1813	1.0175	-0.2663	-0.0881	1.2713	-0.2962	0.8643	0.5323	-5.7835	-25.8378
15	3.8903	-0.9924	1.0923	2.1825	-1.5689	3.4716	-0.2091	0.0697	-0.4626	-0.1741	0.2823	0.2648	0.2997	-0.592	-0.0608	0.9287	-0.15	0.1126	0.7977	-0.1781	0.7068	8.6123	-1.7043	-20.8668
16	8.713	-0.3237	-6.8429	3.1836	-1.1168	5.9679	-0.4508	-0.089	-0.6404	0.3999	0.0523	-0.1112	1.093	0.1326	0.3311	1.0849	0.0981	-0.0518	0.8557	-0.2746	0.9547	30.3701	-17.2079	-24.4068
17	4.3929	-1.6354	-2.6131	2.7139	2.8875	4.3843	0.0109	-0.706	0.1133	1.0882	0.1482	-0.7252	0.5896	0.526	-0.1339	2.0691	-0.3331	-0.1477	1.2425	-0.1466	1.1747	27.9385	93.357	81.6562
18	0.2054	-0.9116	-1.0977	2.4192	2.4921	2.6834	-0.076	-0.0376	-0.0251	0.5461	0.7664	-0.7755	0.6425	1.1665	-0.7826	0.9184	0.0794	0.0603	1.2867	-0.3916	1.1412	42.9562	28.1095	4.1097
19	7.1698	1.2077	-0.3787	7.2842	1.217	6.1535	-0.6116	0.8505	-0.8159	-0.4714	0.42	0.1473	2.1788	-0.5773	0.1328	1.8397	-0.4033	0.2446	1.2499	-0.1773	0.9284	6.4872	54.7896	69.6362
20	5.4004	1.4103	3.371	6.3252	-1.1458	2.8066	0.1805	-1.2987	0.1367	0.4575	0.0767	-1.0215	-0.1457	2.0177	-0.1322	1.0395	0.0869	-0.1052	1.7803	-0.0884	0.902	16.7566	64.8114	102.3004
21	8.675	0.3844	3.689	5.7752	-1.2557	8.229	-0.0391	-0.9051	-0.4278	1.1886	0.1646	-0.7633	0.903	1.706	-0.1286	1.4776	0.3854	0.0313	1.1905	-0.1087	0.9196	12.2036	52.6336	105.2937
22	4.1193	1.338	-0.0616	4.1643	-0.8723	4.0743	-0.3677	0.2481	-0.9164	0.4978	0.1897	-0.0568	1.8344	0.1478	0.1898	1.827	0.1645	0.3753	0.9353	-0.0389	0.997	-1.7864	50.2613	99.4848
23	4.7682	1.1656	-1.4231	2.957	0.7164	5.092	-0.7805	0.0683	-0.4501	-0.5961	0.8945	-0.1988	1.455	-0.3186	-0.169	1.5609	-0.136	0.1993	0.768	-0.0027	0.8365	1.1553	58.4904	87.5832
24	5.4262	-3.1719	-2.6672	6.5933	2.5594	2.1114	0.2697	0.7309	0.1672	-0.5231	-0.412	0.9983	-0.058	-1.9944	0.2717	0.9038	-0.1687	0.0012	1.2097	0.0101	0.8615	-8.3554	63.1278	79.3314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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