PDB-5s5v: Tubulin-Z32386228-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5v

タイトル

Tubulin-Z32386228-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5v.cif.gz	916 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5v.ent.gz	755.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5v_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5v_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5s5v_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	5s5v_validation.cif.gz	107.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5v	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bs2-d 5s5h-d 5s64-d 6d88-d 6fii-d 5s60-d 5s4y-d 5xlz-d 5s4n-d 7ce6-d 4o2a-d 5s65-d 5s5e-d 5s5p-d 6ses-d 6lsn-d 4i50-d 7ce8-d 5s4v-d 5s5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.230, 159.540, 179.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 182分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-HR8 / 5-chloranyl-2-methoxy-~{N}-(2-methylpropyl)benzamide 分子量: 241.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆ClNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→72.87 Å / Num. obs: 82746 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.777 % / B_iso Wilson estimate: 81.173 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_rim(I) all: 0.139 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 11.15 / Num. measured all: 560794 / Scaling rejects: 2484

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.77	6.572	3.274	0.58	39775	6076	6052	0.23	3.558	99.6
2.77-2.85	7.034	2.364	0.84	41833	5973	5947	0.41	2.553	99.6
2.85-2.93	7.051	1.727	1.16	40415	5757	5732	0.55	1.864	99.6
2.93-3.02	7.035	1.279	1.52	39267	5602	5582	0.678	1.381	99.6
3.02-3.12	6.986	0.919	2.1	37948	5447	5432	0.789	0.993	99.7
3.12-3.23	6.937	0.684	2.8	36460	5277	5256	0.871	0.739	99.6
3.23-3.35	6.787	0.507	3.65	34487	5098	5081	0.92	0.55	99.7
3.35-3.49	6.403	0.368	4.78	31414	4925	4906	0.95	0.401	99.6
3.49-3.64	6.583	0.308	5.7	30551	4735	4641	0.968	0.334	98
3.64-3.82	6.937	0.214	8.71	29387	4493	4236	0.983	0.231	94.3
3.82-4.02	7.057	0.149	11.88	30303	4305	4294	0.992	0.16	99.7
4.02-4.27	6.933	0.103	16.03	28361	4098	4091	0.996	0.111	99.8
4.27-4.56	6.805	0.076	20.53	25946	3851	3813	0.998	0.082	99
4.56-4.93	6.503	0.062	23.59	23111	3569	3554	0.998	0.067	99.6
4.93-5.4	6.167	0.066	22.48	20387	3312	3306	0.998	0.072	99.8
5.4-6.04	6.817	0.066	24.18	20587	3021	3020	0.998	0.071	100
6.04-6.97	6.87	0.054	27.95	18397	2681	2678	0.999	0.058	99.9
6.97-8.54	6.478	0.034	39.72	14828	2290	2289	0.999	0.037	100
8.54-12.07	5.947	0.021	57.34	10704	1808	1800	1	0.023	99.6
12.07-72.87	6.403	0.017	69.9	6633	1056	1036	1	0.019	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.7→72.87 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	4070	4.92 %
R_work	0.2166	78665	-
obs	0.2191	82735	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 245.82 Å² / B_iso mean: 98.0688 Å² / B_iso min: 52.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→72.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17448	0	204	166	17818
B_iso mean	-	-	89.22	75.84	-
残基数	-	-	-	-	2205

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.494	120	0.4569	2680	2800	100
2.73-2.77	0.4454	151	0.4335	2695	2846	100
2.77-2.8	0.4239	131	0.4149	2672	2803	99
2.8-2.84	0.3766	143	0.3634	2691	2834	100
2.84-2.88	0.3785	137	0.3551	2695	2832	100
2.88-2.92	0.3779	137	0.3314	2684	2821	100
2.92-2.96	0.3544	146	0.3244	2681	2827	100
2.96-3.01	0.3164	141	0.3104	2739	2880	100
3.01-3.06	0.3305	137	0.3041	2648	2785	100
3.06-3.11	0.3547	132	0.2874	2729	2861	100
3.11-3.17	0.3598	135	0.2779	2685	2820	100
3.17-3.23	0.2982	144	0.2813	2706	2850	100
3.23-3.29	0.2953	147	0.2655	2718	2865	100
3.29-3.36	0.3404	124	0.2609	2721	2845	100
3.36-3.44	0.3128	137	0.2403	2683	2820	100
3.44-3.53	0.3175	138	0.2427	2738	2876	100
3.53-3.62	0.2978	159	0.2418	2706	2865	100
3.62-3.73	0.4489	98	0.3772	2414	2512	88
3.73-3.85	0.2652	144	0.2202	2707	2851	100
3.85-3.99	0.2343	156	0.201	2723	2879	100
3.99-4.15	0.2042	151	0.179	2722	2873	100
4.15-4.34	0.2461	151	0.1806	2702	2853	100
4.34-4.56	0.2386	133	0.1625	2742	2875	99
4.56-4.85	0.2224	170	0.155	2697	2867	100
4.85-5.23	0.2143	135	0.163	2772	2907	100
5.23-5.75	0.2511	127	0.1848	2781	2908	100
5.75-6.58	0.2576	139	0.2014	2806	2945	100
6.58-8.29	0.206	158	0.1781	2804	2962	100
8.29-72.87	0.2344	149	0.1754	2924	3073	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6803	-0.4043	0.2564	5.9921	0.9095	3.4335	-0.0734	0.3543	0.0837	-0.6572	0.2628	-0.4054	-0.569	0.3216	-0.2088	0.7012	-0.1571	0.1467	0.782	-0.1494	0.6063	32.2586	90.4232	50.3986
2	4.6222	-1.3482	-3.2025	7.3275	-2.118	4.0376	0.1739	-0.7206	-0.1192	0.8285	-0.1786	-0.2775	0.2821	0.8528	0.0999	0.6121	0.0574	-0.0104	0.6313	-0.1851	0.4836	30.1698	75.0853	58.7162
3	1.8383	0.7234	1.0201	4.5744	0.2255	6.9134	0.0281	-0.1212	0.1322	0.3133	0.0147	0.3535	-0.1515	-0.2664	-0.029	0.6192	0.0681	0.1052	0.6632	-0.152	0.6574	17.2729	85.5925	66.5129
4	1.093	-0.8203	0.2891	7.9304	1.3684	2.5546	-0.2396	-0.0078	0.0262	1.2099	0.3316	0.2217	0.1303	-0.0545	-0.1029	0.6933	0.0492	0.1343	0.9499	-0.1307	0.591	19.2263	84.4155	72.9865
5	3.1807	-0.315	1.2003	5.9194	4.2397	5.7227	-0.0458	-0.1099	-0.0274	0.999	0.7475	-0.3538	0.9972	1.0234	-0.7037	0.8327	0.1881	-0.0255	0.8181	-0.099	0.7812	32.5526	63.1242	61.4751
6	6.6758	-2.4312	-1.1328	9.6276	1.1022	7.4811	0.0536	0.2872	0.8387	-0.2187	0.0001	0.3804	-1.1401	-0.1984	-0.0605	0.6045	0.0032	0.009	0.6041	-0.0118	0.6561	15.9647	70.5235	19.0535
7	2.9824	0.7716	0.3821	2.7953	1.2897	4.9395	0.0415	-0.086	0.2125	0.0482	-0.048	0.0665	-0.2488	0.122	0.0085	0.4348	0.0537	0.0089	0.6153	-0.1005	0.5177	20.2261	56.6075	25.2186
8	5.5314	-3.9052	1.888	6.0341	-0.8737	3.0577	-0.0921	-0.3075	-0.0837	0.2562	-0.0411	0.6059	0.0542	-1.1779	0.1483	0.7081	0.0311	0.1008	1.1612	-0.2495	0.6928	5.8039	60.8404	42.311
9	1.4959	-2.6686	-1.1881	5.8561	2.8858	5.3273	-0.1518	-0.2805	-0.0428	0.9283	0.164	0.0574	0.6191	0.4381	-0.0164	0.567	-0.146	0.0084	0.7283	-0.0554	0.692	20.5622	42.0223	30.8238
10	1.9797	-1.126	0.029	4.7605	0.1646	2.1059	-0.0165	0.33	0.0548	-0.3016	0.0564	-0.1458	-0.0983	0.1348	-0.0341	0.4488	-0.0996	0.0385	0.6668	-0.0637	0.5097	20.1186	33.7098	-12.0692
11	1.4418	-0.6896	0.3433	2.3338	0.6167	2.2859	-0.019	0.0517	0.0346	0.1044	-0.1183	0.225	0.0143	-0.4367	0.1486	0.4714	-0.0832	0.082	0.7005	-0.0556	0.5486	7.749	26.5709	3.1056
12	5.4258	-2.9888	0.6319	7.8237	-0.4117	3.1191	-0.304	0.6417	0.3096	-0.6383	0.2704	-0.1776	0.0853	-0.2255	0.005	0.7028	-0.1744	0.0947	1.1768	-0.1204	0.625	17.183	10.5061	-44.0608
13	2.1894	0.0324	0.0105	1.9713	-0.1415	2.5883	-0.1433	0.6004	-0.3223	-0.3338	0.1373	-0.1855	0.3965	0.0473	0.021	0.6741	-0.079	0.1097	0.9513	-0.2711	0.6248	22.7756	-1.5908	-34.3467
14	4.9839	-4.5214	-0.7248	6.9445	-0.9882	1.1994	0.3291	0.508	-0.7261	-0.6372	-0.1372	0.899	0.3275	-0.3585	-0.2292	0.7363	-0.1661	-0.0132	1.0485	-0.2576	0.8028	1.5892	-5.5888	-25.2854
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16	7.6816	-0.5756	-5.2069	3.7404	0.735	3.5576	-0.2029	-0.2555	-1.0143	0.1501	0.0086	-0.1077	0.372	0.7032	0.1705	0.832	0.2345	-0.0188	0.8819	-0.2272	0.9163	30.3652	-16.5362	-24.7905
17	4.7368	-2.2551	0.2935	4.7551	2.2715	2.2187	-0.1476	-0.5896	0.1314	1.3196	0.2177	-0.2102	0.4636	0.2976	-0.0301	1.6056	-0.2341	0.006	1.2076	-0.1938	0.9133	27.9443	93.9885	81.3779
18	0.1035	-0.2443	-0.373	4.9219	5.0119	5.3475	-0.0705	-0.0751	-0.1117	0.5529	0.6961	-0.674	0.6715	1.0287	-0.7226	0.8447	0.1082	0.0424	1.2868	-0.3554	0.9793	43.0498	28.5959	3.9086
19	7.1258	0.8913	-0.8871	7.5287	1.4354	7.479	-0.4129	0.7712	-0.7485	-0.3285	0.5303	-0.0671	1.4597	-0.8205	-0.1156	1.3625	-0.2677	0.2314	1.1313	-0.151	0.789	6.6166	55.9345	69.6366
20	4.9993	0.6671	2.6986	4.3453	-1.759	2.6289	0.2761	-1.2233	0.0066	0.4161	-0.2153	-0.8325	-0.2177	1.4652	0.0026	0.8083	0.0014	-0.0634	1.3882	0.0849	0.7483	16.6169	65.7274	102.5634
21	7.6569	0.5892	4.8824	2.9273	-0.8419	3.7141	0.3965	-0.1806	-0.7133	0.5935	-0.1472	-0.4125	0.6159	1.0275	-0.2497	1.3273	0.3007	0.1563	1.178	0.034	0.8392	11.8307	53.5979	105.4035
22	1.6681	1.4978	-0.8879	2.3106	0.0809	4.9018	-0.1424	0.2733	-0.4362	0.5955	0.0702	-0.0775	0.9032	0.0529	0.0737	1.3141	0.1003	0.2871	0.7832	0.0266	0.9152	-2.1509	51.3972	99.3535
23	5.9379	1.1979	-2.5376	3.7487	1.4607	7.673	-0.6979	0.1795	-0.7199	-0.1136	0.5916	-0.4264	0.8384	-0.0812	0.1364	1.1432	-0.0931	0.1179	0.7107	-0.0185	0.6529	1.1481	59.6416	87.5624
24	7.4909	-3.74	-4.445	6.489	1.9243	8.2876	-0.5545	1.1528	-0.0417	-0.2552	0.549	0.395	0.02	-0.4315	-0.0635	0.7421	-0.1396	0.0734	0.9228	-0.0522	0.8853	-8.1108	64.6116	79.1959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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