PDB-5s5e: Tubulin-Z1515654336-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5e

タイトル

Tubulin-Z1515654336-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5e.cif.gz	912.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5e.ent.gz	749.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5e_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5e_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5s5e_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	5s5e_validation.cif.gz	109.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5e	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ce6-d 6fii-d 5s5h-d 7cek-d 5s5m-d 5s5p-d 5s4y-d 7daf-d 6bs2-d 5s5v-d 5xkf-d 5s5f-d 6d88-d 5s65-d 5s50-d 5s5g-d 5s63-d 5lxs-d 4o2a-d 4i50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.407, 159.503, 179.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 346分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-UQJ / 3-(difluoromethyl)-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide / 3-(ジフルオロメチル)-1-メチル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボアミド分子量: 175.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇F₂N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.67→29.76 Å / Num. obs: 86229 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.748 % / B_iso Wilson estimate: 64.637 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.895 / Net I/σ(I): 12.73 / Num. measured all: 581871 / Scaling rejects: 190

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.67-2.74	6.714	0.796	2.5	42199	6286	6285	0.789	0.862	100
2.74-2.81	6.448	0.623	3.06	39644	6154	6148	0.856	0.678	99.9
2.81-2.9	6.641	0.5	3.89	39862	6007	6002	0.903	0.542	99.9
2.9-2.99	7.035	0.413	4.74	40830	5805	5804	0.935	0.446	100
2.99-3.08	7.064	0.31	6.22	39920	5652	5651	0.964	0.334	100
3.08-3.19	7.01	0.243	7.52	38487	5494	5490	0.976	0.263	99.9
3.19-3.31	6.981	0.195	9.06	36568	5239	5238	0.984	0.21	100
3.31-3.45	6.891	0.155	10.97	35056	5089	5087	0.988	0.167	100
3.45-3.6	6.532	0.131	12.25	31933	4893	4889	0.991	0.142	99.9
3.6-3.78	6.447	0.124	12.83	30005	4683	4654	0.991	0.135	99.4
3.78-3.98	6.882	0.093	16.72	30604	4451	4447	0.994	0.1	99.9
3.98-4.22	7.018	0.079	20.24	29721	4240	4235	0.995	0.085	99.9
4.22-4.51	6.923	0.067	22.44	27396	3959	3957	0.997	0.072	99.9
4.51-4.87	6.762	0.063	24.1	25147	3722	3719	0.996	0.068	99.9
4.87-5.34	6.284	0.063	22.97	21618	3446	3440	0.996	0.068	99.8
5.34-5.97	6.487	0.066	22.78	20143	3111	3105	0.995	0.072	99.8
5.97-6.89	6.886	0.065	24.05	19110	2776	2775	0.996	0.07	100
6.89-8.44	6.635	0.056	27.8	15698	2366	2366	0.997	0.061	100
8.44-11.94	5.955	0.05	30.62	11106	1868	1865	0.997	0.054	99.8
11.94-29.76	6.366	0.049	33.14	6824	1088	1072	0.996	0.053	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.67→29.76 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	1997	2.31 %
R_work	0.1865	84380	-
obs	0.1875	86377	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 197.56 Å² / B_iso mean: 68.585 Å² / B_iso min: 30.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.67→29.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17443	0	210	329	17982
B_iso mean	-	-	58.08	52.07	-
残基数	-	-	-	-	2204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.67-2.73	0.3665	139	0.3051	5903	6042	99
2.73-2.81	0.2575	142	0.2634	5959	6101	100
2.81-2.89	0.2824	142	0.2375	5984	6126	100
2.89-2.98	0.3162	141	0.2319	5967	6108	100
2.98-3.09	0.2585	141	0.2338	5980	6121	100
3.09-3.21	0.2601	142	0.2227	5969	6111	100
3.21-3.36	0.2543	143	0.211	6020	6163	100
3.36-3.54	0.2601	142	0.1979	6015	6157	100
3.54-3.76	0.2555	139	0.2111	5940	6079	99
3.76-4.05	0.204	143	0.1674	6038	6181	100
4.05-4.45	0.1949	144	0.1547	6050	6194	100
4.46-5.1	0.1811	143	0.1424	6071	6214	100
5.1-6.41	0.2389	146	0.1837	6135	6281	100
6.41-29.76	0.1851	150	0.1655	6349	6499	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1061	0.1794	0.1399	5.1801	0.3248	3.5737	-0.0577	0.1373	0.337	-0.5431	0.285	-0.346	-0.8275	0.189	-0.2372	0.555	-0.0858	0.1329	0.4546	-0.1206	0.4263	32.3333	90.559	50.4299
2	2.9901	-0.23	-2.2198	4.6816	-1.2767	2.1954	0.26	-0.5108	0.1065	0.501	-0.1924	-0.2762	0.0603	0.311	-0.0107	0.4264	0.0636	-0.0426	0.4022	-0.1608	0.3696	30.304	75.1418	58.7974
3	1.9138	-0.0804	0.118	4.2123	0.5297	4.9384	0.0819	0.0369	0.0881	0.3203	0.0002	0.3866	-0.1775	-0.3031	-0.0708	0.3745	0.0472	0.0625	0.3491	-0.0932	0.4061	17.3244	85.5339	66.5884
4	1.3004	0.0586	0.2083	5.4558	1.035	2.8143	-0.0402	-0.1055	0.1139	0.9569	0.1087	0.2944	-0.0216	-0.0706	-0.1053	0.5091	-0.0221	0.107	0.4334	-0.0665	0.3948	19.2505	84.3375	73.0583
5	1.8589	0.3864	0.2886	5.4528	3.5984	2.6642	-0.0636	-0.197	-0.0508	0.7133	0.2131	-0.2306	0.6944	0.4417	-0.1663	0.4763	0.0966	-0.0541	0.4034	-0.0888	0.4987	32.7948	63.1644	61.5123
6	5.4274	-2.0326	-1.3273	8.3366	0.9639	4.6873	0.3018	0.2479	0.7685	-0.43	-0.2996	0.5316	-0.9998	-0.2445	0.0524	0.5253	0.0117	-0.0111	0.3889	-0.0175	0.5282	16.1847	70.636	18.9349
7	2.5909	0.1347	0.3927	2.4723	1.2266	3.6168	0.0327	-0.1477	0.1886	-0.0178	-0.1162	0.1589	-0.3658	-0.0188	0.0366	0.3295	0.0098	0.0202	0.3809	-0.1005	0.3649	20.5039	56.7038	25.1476
8	4.5365	-2.204	1.4982	3.89	-0.9587	3.3533	-0.2628	-0.2741	-0.0353	0.2307	0.0088	0.6803	-0.4021	-1.3061	0.2519	0.5644	0.0825	0.0711	0.8078	-0.2025	0.5695	5.9693	60.8003	42.2251
9	1.5318	-1.3598	-0.768	4.2409	2.193	4.3594	-0.0812	-0.2089	-0.1226	0.7335	0.0511	0.023	0.6328	0.3194	0.0084	0.3382	-0.0638	-0.0117	0.4048	-0.0516	0.3554	21.3481	41.8527	31.1969
10	1.6237	-0.6893	0.0355	4.1616	0.1443	1.6817	-0.0744	0.172	0.0973	-0.2697	0.1186	-0.0419	-0.145	0.0968	-0.0351	0.3251	-0.0758	0.0359	0.4087	-0.0518	0.3242	20.349	33.4073	-12.0992
11	1.4937	-0.5785	-0.0116	1.9155	1.0784	1.9583	-0.024	-0.0652	0.0409	0.1032	-0.0601	0.1633	0.055	-0.2675	0.0759	0.2667	-0.0565	0.0552	0.3551	-0.0358	0.3347	8.0003	26.3233	3.1512
12	4.8914	-2.183	0.8704	7.3294	0.541	2.0751	-0.0679	0.7038	0.2033	-0.9274	0.1146	-0.0846	-0.0849	-0.141	-0.0369	0.6286	-0.1219	0.0814	0.8251	-0.033	0.3701	17.4662	9.9738	-44.2071
13	1.9024	0.0552	-0.2951	1.6551	0.1013	2.629	-0.0664	0.5071	-0.2544	-0.3272	0.1456	-0.2933	0.2385	0.097	-0.0652	0.5269	-0.0205	0.0863	0.6466	-0.2223	0.4655	23.0137	-2.0763	-34.3671
14	3.098	-1.2467	0.3862	4.4553	1.1714	2.3014	0.1699	0.6431	-0.521	-0.6634	-0.2562	0.7915	0.6516	-0.6225	0.0053	0.6715	-0.1346	-0.0432	0.7964	-0.214	0.6229	2.0177	-6.084	-25.2257
15	2.8016	-0.8469	-0.0759	2.1959	0.0336	3.0871	-0.1866	0.2535	-0.2342	-0.0296	0.1211	0.0925	0.2968	-0.3649	0.0974	0.4741	-0.1339	0.0328	0.4482	-0.1408	0.4365	8.8933	-1.4728	-20.9649
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17	3.9143	-1.3892	-0.4111	5.1936	0.7273	2.9672	0.125	-0.4769	0.0565	1.4831	0.3256	-0.2599	0.0159	0.7058	-0.5079	1.1037	-0.0831	-0.0474	0.7995	-0.2013	0.6316	28.0167	94.0027	81.4761
18	0.2112	-0.2698	-0.4797	3.9584	4.1057	4.9059	-0.1245	-0.0432	-0.0829	0.7224	0.6065	-0.5075	0.8692	0.9761	-0.5796	0.4885	0.1091	0.0337	0.8591	-0.2139	0.7479	43.3912	28.4969	3.9718
19	4.1587	1.1498	-1.2635	6.8348	1.6647	4.478	-0.5065	0.6754	-0.6783	-0.3903	0.2896	-0.3511	1.5069	-0.5285	0.0739	1.0679	-0.2209	0.15	0.718	-0.1354	0.5995	6.6869	55.5441	69.6322
20	6.7418	1.5065	2.8456	4.2471	-2.0658	3.1174	0.0763	-0.967	-0.0061	0.7405	-0.3354	-0.8372	-0.2634	1.3611	0.2965	0.7767	0.0795	-0.0736	1.0591	0.0382	0.7669	16.4838	65.421	102.612
21	3.5389	0.6887	2.5284	3.8486	-0.3799	4.598	0.1616	-0.3813	-0.567	0.7213	-0.2352	-0.887	1.2017	1.7948	0.0835	1.0798	0.4068	0.0324	1.1517	0.1895	0.8853	11.8919	53.1523	105.4748
22	3.3456	0.6913	-1.1395	3.6045	-0.3666	2.4406	-0.4127	0.0617	-0.8949	0.4535	0.2781	-0.1521	1.1108	-0.0404	0.0287	1.1694	0.0668	0.1831	0.5257	0.0314	0.8188	-2.0811	50.8258	99.4038
23	3.1607	0.4302	-2.44	1.4082	0.7469	5.3261	-0.3302	0.2715	-0.5123	-0.1072	0.2875	-0.1639	0.8495	0.0058	-0.0034	0.8225	-0.0207	0.0795	0.4417	0.0051	0.5451	1.1983	59.1529	87.554
24	5.6943	-4.3071	-3.1952	3.5157	1.1312	9.1397	-0.1055	0.9443	-0.2523	-0.2416	0.4357	0.5154	-0.3783	-1.0707	-0.2581	0.5285	-0.1616	0.0353	0.7436	0.0206	0.6577	-8.1046	63.9966	79.2023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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