PDB-5s5b: Tubulin-Z906021418-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5b

タイトル

Tubulin-Z906021418-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5b.cif.gz	914.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5b.ent.gz	750.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5b_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5b_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5s5b_validation.xml.gz	84.2 KB	表示
CIF形式データ	5s5b_validation.cif.gz	112.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5b	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s4v-d 5gon-d 7dae-d 4o2a-d 5ca1-d 6d88-d 4zi7-d 5xlz-d 5s5w-d 5s57-d 5s64-d 4o4l-d 6fjf-d 7ce8-d 6lsn-d 5s4s-d 5s4n-d 5jh7-d 5s59-d 5s5u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.020, 158.920, 179.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 419分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-K2G / 5-chloro-2-(propan-2-yl)pyrimidine-4-carboxamide 分子量: 199.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀ClN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→63.37 Å / Num. obs: 133439 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.806 % / B_iso Wilson estimate: 63.142 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 9.62 / Num. measured all: 908247 / Scaling rejects: 188

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.068	2.332	0.74	69087	9793	9775	0.326	2.515	99.8
2.36-2.42	7.039	1.774	1	66952	9529	9512	0.431	1.914	99.8
2.42-2.49	6.94	1.361	1.31	64413	9287	9282	0.561	1.47	99.9
2.49-2.57	6.834	1.091	1.61	61732	9038	9033	0.665	1.181	99.9
2.57-2.66	6.521	0.852	2.04	56827	8722	8714	0.744	0.926	99.9
2.66-2.75	6.611	0.681	2.56	55970	8472	8466	0.817	0.739	99.9
2.75-2.85	6.947	0.513	3.48	56677	8167	8159	0.905	0.554	99.9
2.85-2.97	7.043	0.389	4.6	55452	7875	7873	0.94	0.42	100
2.97-3.1	6.972	0.273	6.37	52707	7567	7560	0.968	0.294	99.9
3.1-3.25	6.905	0.204	8.26	49856	7229	7220	0.982	0.22	99.9
3.25-3.43	6.599	0.152	10.52	45337	6875	6870	0.988	0.165	99.9
3.43-3.64	6.476	0.119	12.63	42526	6571	6567	0.992	0.13	99.9
3.64-3.89	6.981	0.102	15.94	42852	6151	6138	0.995	0.11	99.8
3.89-4.2	6.958	0.072	21.16	39869	5734	5730	0.997	0.078	99.9
4.2-4.6	6.807	0.059	25.01	36028	5297	5293	0.998	0.064	99.9
4.6-5.14	6.305	0.052	26.19	30388	4825	4820	0.998	0.057	99.9
5.14-5.94	6.635	0.057	25.95	28333	4274	4270	0.997	0.062	99.9
5.94-7.27	6.853	0.051	28.13	24939	3641	3639	0.998	0.056	99.9
7.27-10.29	6.242	0.037	37.15	17859	2864	2861	0.999	0.04	99.9
10.29-63.37	6.302	0.031	45.49	10443	1669	1657	0.999	0.033	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.3→63.37 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	6614	4.96 %
R_work	0.2093	126806	-
obs	0.211	133420	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.83 Å² / B_iso mean: 74.6215 Å² / B_iso min: 34.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→63.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17439	0	195	403	18037
B_iso mean	-	-	66.04	61.04	-
残基数	-	-	-	-	2204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.4218	242	0.3906	4174	4416	100
2.33-2.35	0.3732	215	0.3603	4166	4381	100
2.35-2.38	0.3919	217	0.3346	4170	4387	100
2.38-2.41	0.3619	228	0.3293	4159	4387	100
2.41-2.44	0.358	207	0.314	4253	4460	100
2.44-2.48	0.3318	223	0.2964	4118	4341	100
2.48-2.51	0.3582	211	0.296	4221	4432	100
2.51-2.55	0.3066	212	0.2863	4202	4414	100
2.55-2.59	0.3153	211	0.275	4182	4393	100
2.59-2.63	0.3277	212	0.276	4236	4448	100
2.63-2.68	0.3196	249	0.2797	4124	4373	100
2.68-2.73	0.348	212	0.2707	4221	4433	100
2.73-2.78	0.3027	242	0.2628	4162	4404	100
2.78-2.84	0.286	201	0.2584	4239	4440	100
2.84-2.9	0.2984	228	0.262	4188	4416	100
2.9-2.97	0.2963	223	0.2585	4203	4426	100
2.97-3.04	0.3016	202	0.2438	4230	4432	100
3.04-3.12	0.2732	205	0.2404	4234	4439	100
3.12-3.21	0.2948	193	0.2464	4221	4414	100
3.21-3.32	0.286	208	0.2354	4233	4441	100
3.32-3.44	0.2722	216	0.2274	4225	4441	100
3.44-3.57	0.2561	219	0.219	4231	4450	100
3.57-3.74	0.2405	207	0.2217	4266	4473	100
3.74-3.93	0.2486	244	0.1888	4212	4456	100
3.93-4.18	0.1867	229	0.1784	4256	4485	100
4.18-4.5	0.1868	238	0.1606	4232	4470	100
4.5-4.95	0.1919	228	0.1523	4292	4520	100
4.95-5.67	0.2024	219	0.1792	4310	4529	100
5.67-7.14	0.2631	220	0.198	4347	4567	100
7.14-63.37	0.187	253	0.1613	4499	4752	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0356	-0.2347	-0.0635	5.2885	0.5932	3.3126	-0.0756	0.1418	0.3075	-0.5865	0.325	-0.358	-0.8125	0.2168	-0.2671	0.6228	-0.1077	0.1089	0.5078	-0.1338	0.5091	32.2386	90.1693	50.3828
2	2.8181	-1.2474	-2.1324	4.7626	-0.7889	2.6913	-0.0426	-0.1522	-0.1273	0.336	0.0564	-0.0638	0.094	0.3221	0.0362	0.4402	0.045	-0.0378	0.4135	-0.1362	0.3949	30.1998	74.784	58.7146
3	1.9679	-0.2696	0.3538	4.5448	0.5644	4.9599	0.0589	-0.0364	0.1497	0.3147	0.0143	0.293	-0.2339	-0.2031	-0.0726	0.4459	0.0471	0.0658	0.388	-0.1071	0.4516	17.3042	85.2006	66.5471
4	1.0026	-0.1001	0.1427	5.8677	1.6611	3.0072	-0.0349	-0.1922	0.1713	1.022	0.1571	0.2602	-0.0942	-0.1209	-0.1295	0.5876	0.0568	0.0901	0.5599	-0.0898	0.4697	19.2751	83.9799	72.9862
5	2.4306	0.8766	1.3763	5.3806	3.3034	8.4363	-0.1082	-0.2061	-0.0804	0.8254	0.2394	-0.47	0.4988	0.7799	-0.0595	0.5482	0.135	-0.0989	0.4202	-0.0942	0.5872	32.6604	62.8278	61.3989
6	5.6828	-2.0446	-1.3727	7.886	1.0608	4.9275	0.2751	0.157	0.7843	-0.4583	-0.1563	0.2655	-1.0412	-0.1031	-0.0533	0.5953	0.0068	0.0315	0.4122	-0.0153	0.5603	15.9079	70.3473	18.9938
7	1.9358	-0.0588	-0.0691	2.4135	1.3937	3.4892	0.0378	-0.0795	0.1477	-0.0147	-0.0519	0.0237	-0.3194	0.0017	-0.0183	0.3313	0.0028	0.0278	0.4005	-0.0914	0.3923	20.2259	56.0577	24.7938
8	5.664	-2.9743	2.2373	4.1605	-1.3236	3.3513	-0.1311	-0.1541	-0.1618	0.2495	-0.0715	0.661	-0.1921	-1.123	0.1983	0.5456	0.0333	0.0751	0.7532	-0.1822	0.5331	5.8041	60.5909	42.2473
9	1.2593	-1.3166	-1.1648	4.3277	2.7688	5.1057	-0.0832	-0.2798	-0.0488	0.7748	0.0618	0.0222	0.7089	0.4409	0.0195	0.3868	-0.0491	-0.01	0.422	-0.038	0.4602	21.0255	41.6809	31.2127
10	1.661	-0.6295	0.106	3.3419	0.0229	1.9889	-0.0248	0.2318	0.0852	-0.3032	0.0755	0	-0.1301	0.0861	-0.0466	0.3694	-0.0685	0.0277	0.4637	-0.0504	0.38	20.1601	33.3685	-12.0523
11	1.2139	-0.5682	0.0628	1.9388	0.8935	1.8665	0.0103	-0.0332	0.019	0.1057	-0.063	0.1883	0.0048	-0.2662	0.0465	0.2928	-0.0622	0.0391	0.3767	-0.0341	0.3707	7.7995	26.3314	3.1298
12	5.9234	-2.8396	0.3907	8.6554	0.5919	2.1568	-0.1126	0.7802	0.1741	-0.6789	0.2027	0.1049	-0.0176	-0.2312	-0.0996	0.5668	-0.1429	0.0656	0.8417	-0.0392	0.3619	17.2568	9.9791	-44.0006
13	1.9656	0.1271	-0.2749	1.5593	0.0573	2.5104	-0.0607	0.4781	-0.2356	-0.272	0.1564	-0.2323	0.2716	0.0949	-0.0956	0.5914	-0.0386	0.0717	0.6967	-0.2251	0.5343	22.7939	-2.0329	-34.2067
14	1.4849	-1.9482	-0.6531	4.8212	1.4068	2.9382	0.2429	0.685	-0.8507	-0.5497	-0.2201	0.6686	0.5338	-0.5019	-0.0292	0.713	-0.1887	-0.0219	1.0046	-0.2217	0.7361	1.0682	-5.7236	-25.3789
15	2.7702	-0.6053	-0.3581	2.4956	0.2448	2.9169	-0.2411	0.2773	-0.2119	0.0348	0.1665	0.189	0.3477	-0.479	0.0918	0.5466	-0.1657	0.03	0.5235	-0.1395	0.4547	8.6903	-1.4219	-20.8426
16	2.8695	0.5622	-0.6773	2.2937	-0.3672	2.0633	-0.5674	0.0453	-0.9814	0.1534	0.1074	-0.1094	1.0627	0.4385	0.1511	0.9144	0.1224	0.0454	0.6522	-0.2982	0.9315	30.3944	-16.9386	-24.5056
17	4.9357	-3.0528	0.7255	7.2283	1.9048	1.5154	0.0898	-0.4249	0.268	1.1943	0.2504	-0.4515	0.0604	-0.0093	-0.2976	1.1188	-0.1044	-0.0504	0.8715	-0.1838	0.6854	28.0866	93.6028	81.3805
18	0.2056	-0.3978	-0.5932	4.2807	4.5163	5.0127	-0.0549	-0.0337	-0.0674	0.7062	0.5882	-0.5864	0.8135	0.863	-0.635	0.6002	0.104	0.016	0.8568	-0.2352	0.8143	43.0604	28.3833	3.9657
19	3.9078	1.6277	-2.0826	8.667	1.4189	5.25	-0.719	0.6862	-0.4825	-0.4546	0.4302	-0.2842	1.6391	-0.4898	0.2261	1.088	-0.2097	0.1386	0.7493	-0.1184	0.5993	6.6234	55.4098	69.5801
20	3.4965	0.9415	3.3693	3.2348	-2.2925	6.9418	0.2033	-0.8345	0.3186	0.535	-0.5208	-0.776	-0.5994	1.5287	0.2624	0.7877	-0.0017	-0.1292	1.2095	0.0175	0.7198	16.7523	64.9946	102.4689
21	4.6665	0.2543	2.8624	4.4791	-1.0921	5.3901	0.0496	-0.371	-0.4093	0.7922	-0.3092	-0.7603	1.075	1.8296	0.2307	1.1431	0.3918	-0.0161	1.1408	0.171	0.8861	11.9476	52.9122	105.2855
22	2.9367	1.262	-1.2404	4.2933	-1.0311	2.4277	-0.5706	0.1807	-0.8556	0.3491	0.3756	-0.3941	1.2512	-0.0668	0.0343	1.3134	0.0812	0.194	0.5764	0.0491	0.8881	-2.0326	50.6772	99.3122
23	2.8762	-0.0722	-1.944	0.5325	0.7719	4.1459	-0.319	0.1794	-0.5083	-0.1442	0.3088	-0.1078	1.1311	-0.0611	-0.0517	0.8914	-0.0501	0.0687	0.4367	0.0312	0.6121	1.2503	58.9628	87.4924
24	4.7653	-4.1124	-2.4839	3.6793	1.316	8.2326	-0.205	1.018	-0.0087	-0.3772	0.5976	0.5753	-0.4085	-1.4162	-0.4034	0.6729	-0.251	-0.0453	0.9602	0.0315	0.7677	-8.0368	63.8251	79.2254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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