PDB-5s59: Tubulin-Z1324080698-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s59

タイトル

Tubulin-Z1324080698-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s59.cif.gz	912.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s59.ent.gz	753.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s59	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5q-d 5s4w-d 5s53-d 5s5k-d 6bry-d 4i55-d 5jh7-d 5s5i-d 5la6-d 5bmv-d 7dae-d 6fkj-d 5ca0-d 5m8g-d 5s5b-d 5iyz-d 5ezy-d 4tuy-d 5s4v-d 5s5t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.560, 158.900, 179.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 175分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-UR1 / 3-fluoro-5-methylbenzene-1-sulfonamide 分子量: 189.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈FNO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→59.84 Å / Num. obs: 92582 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.726 % / B_iso Wilson estimate: 79.547 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 12.14 / Num. measured all: 622674 / Scaling rejects: 2915

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	6.392	3.029	0.58	43272	6813	6770	0.305	3.3	99.4
2.67-2.74	6.625	2.33	0.77	43798	6634	6611	0.428	2.529	99.7
2.74-2.82	6.833	1.664	1.1	43963	6462	6434	0.573	1.802	99.6
2.82-2.91	7.073	1.202	1.53	44435	6299	6282	0.724	1.297	99.7
2.91-3	7.019	0.882	2.1	42761	6102	6092	0.817	0.952	99.8
3-3.11	6.971	0.613	2.97	41217	5931	5913	0.898	0.662	99.7
3.11-3.22	6.93	0.46	3.93	39454	5715	5693	0.939	0.498	99.6
3.22-3.36	6.779	0.329	5.36	37008	5472	5459	0.968	0.356	99.8
3.36-3.51	6.387	0.245	6.88	33638	5277	5267	0.979	0.267	99.8
3.51-3.68	6.284	0.184	8.92	30297	5068	4821	0.987	0.202	95.1
3.68-3.88	6.999	0.14	11.69	32075	4798	4583	0.993	0.152	95.5
3.88-4.11	6.968	0.093	17.5	31557	4550	4529	0.997	0.1	99.5
4.11-4.39	6.902	0.067	22.98	29843	4330	4324	0.998	0.072	99.9
4.39-4.75	6.732	0.05	28.91	26920	4001	3999	0.999	0.054	100
4.75-5.2	6.225	0.048	29	23139	3718	3717	0.998	0.053	100
5.2-5.81	6.591	0.05	29.73	22210	3371	3370	0.998	0.054	100
5.81-6.71	6.931	0.047	32.25	20732	2991	2991	0.999	0.05	100
6.71-8.22	6.621	0.034	41.8	16936	2558	2558	0.999	0.037	100
8.22-11.63	5.964	0.025	52.97	11976	2011	2008	0.999	0.028	99.9
11.63-59.84	6.411	0.024	61.56	7443	1180	1161	0.999	0.026	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.6→59.84 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2681	4548	4.91 %
R_work	0.2196	88020	-
obs	0.222	92568	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.9 Å² / B_iso mean: 96.3723 Å² / B_iso min: 55.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→59.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17422	0	232	157	17811
B_iso mean	-	-	86.11	77.14	-
残基数	-	-	-	-	2200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.4284	151	0.4485	2869	3020	99
2.63-2.66	0.4568	138	0.4315	2907	3045	99
2.66-2.69	0.4427	129	0.4027	2973	3102	100
2.69-2.73	0.3896	142	0.3862	2914	3056	99
2.73-2.76	0.4089	154	0.3642	2902	3056	100
2.76-2.8	0.3872	161	0.3549	2899	3060	100
2.8-2.84	0.394	158	0.3344	2923	3081	100
2.84-2.88	0.4137	134	0.3215	2912	3046	100
2.88-2.93	0.3569	129	0.3222	2949	3078	100
2.93-2.98	0.3464	149	0.3065	2913	3062	100
2.98-3.03	0.3432	161	0.299	2910	3071	100
3.03-3.08	0.3628	162	0.2945	2911	3073	100
3.08-3.14	0.3599	151	0.288	2918	3069	100
3.14-3.21	0.383	160	0.2815	2933	3093	100
3.21-3.28	0.3241	140	0.2679	2945	3085	100
3.28-3.35	0.3218	139	0.2602	2934	3073	100
3.35-3.44	0.3308	155	0.2458	2920	3075	100
3.44-3.53	0.3022	151	0.2474	2979	3130	100
3.53-3.63	0.2818	149	0.2494	2917	3066	99
3.63-3.75	0.4522	149	0.3537	2511	2660	86
3.75-3.88	0.2651	159	0.2143	2945	3104	100
3.88-4.04	0.2603	154	0.2046	2920	3074	99
4.04-4.22	0.265	163	0.1902	2967	3130	100
4.22-4.45	0.1926	176	0.1741	2937	3113	100
4.45-4.72	0.1951	141	0.1564	2994	3135	100
4.72-5.09	0.1935	163	0.1585	2968	3131	100
5.09-5.6	0.2256	152	0.1894	3023	3175	100
5.6-6.41	0.249	155	0.2006	3001	3156	100
6.41-8.07	0.2197	177	0.1842	3035	3212	100
8.07-59.84	0.1983	146	0.1596	3191	3337	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7141	-0.4702	0.3543	6.1634	0.7397	2.9214	-0.0679	0.1922	0.2099	-0.3641	0.279	-0.2255	-0.6435	0.2784	-0.221	0.7945	-0.1483	0.1319	0.8219	-0.1423	0.6739	32.1961	90.2257	50.2697
2	2.8148	-1.393	-2.833	6.2526	-0.6052	3.9544	0.029	-0.8013	-0.1396	0.613	-0.1408	-0.0989	0.3442	0.3556	0.1502	0.6113	0.0481	-0.0117	0.6756	-0.1385	0.5833	30.1222	74.8133	58.5764
3	1.9305	-0.4547	0.8084	5.1377	-0.1805	6.3728	0.1109	-0.1754	0.1108	0.4382	0.0336	0.2244	-0.2571	-0.2282	-0.142	0.6684	0.0432	0.1095	0.6402	-0.1617	0.6045	17.2899	85.3082	66.5169
4	0.8861	-1.2168	0.3904	8.4304	0.8913	2.4255	-0.1554	-0.0875	0.1008	0.9733	0.2971	-0.03	-0.1676	0.0834	-0.1238	0.7086	0.0006	0.158	0.7881	-0.1436	0.6836	19.2796	84.0765	72.9977
5	2.1058	-0.5996	-0.1738	5.8067	1.8213	3.3589	0.0521	-0.2934	-0.3739	0.8236	0.4375	-0.6291	0.4222	0.7853	-0.4487	0.66	0.0357	-0.0035	0.6567	-0.1594	0.7368	31.7288	64.9319	59.2678
6	7.2964	-2.0395	-1.1763	3.3821	-0.045	7.1891	0.0188	0.4311	0.8886	-0.5632	-0.0692	0.3822	-1.0952	-0.1748	0.1039	0.7758	0.0364	-0.0305	0.6521	-0.0472	0.7904	16.0718	70.44	18.7722
7	2.336	0.5966	0.3815	2.3706	1.345	3.5871	-0.0309	0.1421	0.0931	-0.0741	0.0399	-0.0529	-0.2162	0.0992	-0.0008	0.5126	0.0532	0.0082	0.681	-0.1118	0.6117	20.2802	56.57	25.0693
8	7.9564	-4.6125	2.676	4.6324	-2.1234	3.7941	-0.0725	-0.1415	-0.0695	0.0852	0.018	0.518	0.0702	-1.2087	0.0712	0.7246	-0.01	0.0738	0.9124	-0.2177	0.7397	5.8493	60.7905	42.0907
9	1.9495	-1.8387	-1.5157	5.441	2.8685	6.1238	-0.1506	-0.3431	-0.1887	0.8531	0.1323	0.156	0.8405	0.3076	-0.0005	0.5302	-0.0883	-0.0322	0.6545	-0.0889	0.6688	21.0249	41.7741	31.0691
10	1.5864	-1.0915	-0.155	3.939	0.1523	2.1496	-0.0145	0.3202	0.0141	-0.3085	0.0584	-0.1147	-0.1891	0.0851	-0.0342	0.5297	-0.0834	0.0585	0.7247	-0.0872	0.6218	20.1261	33.3446	-12.3168
11	0.9991	-0.657	0.1523	2.0517	0.9549	2.3721	-0.0085	0.0006	0.0986	0.0839	-0.0738	0.1253	0.0015	-0.2756	0.0924	0.4806	-0.1031	0.0741	0.6217	-0.0985	0.5812	7.7287	26.4108	3.0007
12	5.6664	-3.4603	0.5007	8.3126	-0.3896	2.9732	0.0536	0.816	0.3825	-0.9074	0.1121	-0.266	-0.0164	-0.355	-0.1094	0.752	-0.1581	0.0736	1.0918	-0.083	0.5962	17.0384	9.8981	-44.1332
13	2.1075	0.405	-0.5987	2.2579	-0.5155	2.8199	-0.1245	0.7129	-0.313	-0.3654	0.1841	-0.2507	0.3998	0.0589	-0.0453	0.72	-0.0477	0.0837	0.9679	-0.3015	0.719	22.6608	-2.0665	-34.3472
14	5.0437	-4.0377	-1.2677	6.9271	-0.5353	0.9698	0.2573	1.0077	-0.8373	-0.4791	-0.3713	0.7559	0.3358	-0.1784	0.0637	0.8924	-0.1975	0.0517	1.0806	-0.2973	0.9411	1.8059	-6.0683	-25.177
15	2.535	-0.2604	-0.1418	1.9195	-0.6383	4.751	-0.2755	0.1672	-0.2999	0.0341	0.3799	0.1435	0.3381	-0.7137	-0.0799	0.6623	-0.1669	0.0697	0.7283	-0.1671	0.7412	8.5781	-1.4545	-20.9953
16	6.8455	-0.7295	-6.1797	3.2059	0.2103	5.5646	-0.7229	-0.2998	-0.8517	0.3074	0.3594	-0.192	1.0645	0.4394	0.2498	1.0263	0.1974	0.0373	0.8686	-0.2818	0.9423	30.2688	-16.9132	-24.6447
17	3.8946	-1.4907	1.3276	5.4788	2.2241	2.2511	-0.1401	-0.3582	0.4504	1.0982	0.0762	-0.2773	-0.0679	0.0339	0.0946	1.0813	-0.2335	-0.0527	1.0298	-0.137	0.7156	28.2191	93.6484	81.3003
18	-0.0657	-0.323	-0.5556	6.622	6.9905	7.7582	-0.2077	-0.029	-0.1008	0.7	0.7909	-0.5221	0.827	1.2585	-0.7172	0.7591	0.1383	0.0233	1.1731	-0.3261	1.021	42.889	28.3688	3.8155
19	3.1466	0.7849	-2.1877	5.3295	-0.0889	5.6934	-0.5605	0.7937	-0.3894	-0.7279	0.2741	0.2362	1.7622	-0.8522	0.2469	1.352	-0.2631	0.1655	1.1004	-0.2804	0.8229	6.6804	55.4811	69.5569
20	5.1554	0.2749	4.5443	5.6325	-3.8495	8.8494	-0.2559	-0.1465	0.4283	-0.0917	-0.2797	-0.9552	-0.6754	1.3367	0.4615	1.0644	0.0381	0.0021	1.2854	-0.0372	0.998	16.9064	65.1603	102.445
21	6.3078	0.6911	3.2906	5.2136	-1.4683	6.0128	0.2894	-0.6451	-0.608	1.0685	-0.1529	-0.6582	0.8059	1.5177	-0.1275	1.404	0.2894	0.051	1.1719	0.1478	0.8194	11.9508	53.191	105.5482
22	2.8533	1.499	-1.1664	3.6035	-1.0924	4.5387	-0.4576	0.0092	-0.6274	0.4439	0.2294	-0.4084	1.2029	-0.0132	0.1942	1.5013	0.0273	0.3313	0.863	0.0151	0.9922	-1.9094	50.7769	99.2842
23	4.397	0.592	-3.0955	1.6334	0.357	7.4033	-0.5072	0.0298	-0.7549	-0.0356	0.2664	-0.2341	1.2188	-0.1228	0.2022	1.1111	-0.0909	0.1112	0.6952	-0.0255	0.7325	1.3062	59.0645	87.4869
24	4.2228	-3.368	-2.6951	4.3384	0.9962	2.5533	-0.1128	0.4893	-0.2256	-0.1722	-0.0606	0.5722	-0.4927	-1.9532	0.2182	0.9515	-0.2566	0.1014	1.3427	-0.1413	0.895	-7.9406	63.969	79.2026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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