PDB-5s54: Tubulin-Z2856434816-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s54

タイトル

Tubulin-Z2856434816-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s54.cif.gz	902.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s54.ent.gz	742.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s54	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xlt-d 6k9v-d 5s4p-d 7cda-d 4i4t-d 5yls-d 5osk-d 5xkg-d 5nfz-d 5s4z-d 5s5l-d 5m8d-d 6br1-d 5h7o-d 5lyj-d 5s55-d 5jvd-d 5xi7-d 4tv8-d 6pc4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.330, 157.150, 179.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 7種, 266分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-WLS / 1-(pyridin-4-yl)-N-[(thiophen-2-yl)methyl]methanamine 分子量: 204.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→71.96 Å / Num. obs: 115397 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.801 % / B_iso Wilson estimate: 72.888 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 10.58 / Num. measured all: 784868 / Scaling rejects: 125

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	7.017	2.237	0.72	59103	8446	8423	0.385	2.414	99.7
2.46-2.53	6.915	1.803	0.92	56969	8266	8238	0.485	1.948	99.7
2.53-2.6	6.783	1.372	1.26	54112	7997	7978	0.598	1.485	99.8
2.6-2.68	6.458	1.098	1.57	50359	7810	7798	0.65	1.195	99.8
2.68-2.77	6.646	0.856	2.11	50249	7569	7561	0.754	0.929	99.9
2.77-2.87	7.084	0.636	2.96	51643	7298	7290	0.865	0.686	99.9
2.87-2.98	7.074	0.472	3.97	50077	7082	7079	0.919	0.509	100
2.98-3.1	6.988	0.324	5.57	47657	6825	6820	0.956	0.35	99.9
3.1-3.24	6.95	0.243	7.23	45312	6525	6520	0.974	0.262	99.9
3.24-3.39	6.731	0.174	9.55	42114	6260	6257	0.985	0.188	100
3.39-3.58	6.462	0.126	12.29	38625	5980	5977	0.991	0.137	99.9
3.58-3.79	6.832	0.096	16.23	38404	5623	5621	0.995	0.103	100
3.79-4.06	7.056	0.076	20.24	37727	5348	5347	0.996	0.082	100
4.06-4.38	6.936	0.064	23.6	34430	4964	4964	0.997	0.07	100
4.38-4.8	6.742	0.053	27.6	30877	4582	4580	0.998	0.058	100
4.8-5.37	6.27	0.052	26.65	26059	4161	4156	0.998	0.057	99.9
5.37-6.2	6.824	0.055	27.16	25318	3710	3710	0.997	0.059	100
6.2-7.59	6.802	0.049	30.47	21452	3156	3154	0.998	0.053	99.9
7.59-10.73	6.15	0.04	36.46	15239	2483	2478	0.998	0.044	99.8
10.73-71.96	6.322	0.036	41.42	9142	1454	1446	0.999	0.039	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.4→71.96 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	5755	4.99 %
R_work	0.2057	109613	-
obs	0.208	115368	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 228.23 Å² / B_iso mean: 85.5649 Å² / B_iso min: 41.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→71.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17169	0	186	251	17606
B_iso mean	-	-	83.44	68.01	-
残基数	-	-	-	-	2172

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3987	168	0.3519	3642	3810	99
2.43-2.46	0.376	188	0.3447	3624	3812	100
2.46-2.49	0.3704	190	0.3377	3598	3788	100
2.49-2.52	0.3501	201	0.3364	3555	3756	100
2.52-2.55	0.3648	205	0.3306	3636	3841	100
2.55-2.59	0.3751	203	0.3308	3578	3781	100
2.59-2.62	0.4496	183	0.3442	3633	3816	100
2.62-2.66	0.3414	176	0.3157	3628	3804	100
2.66-2.7	0.3516	161	0.2967	3621	3782	100
2.7-2.75	0.3416	210	0.2984	3622	3832	100
2.75-2.79	0.3367	183	0.2793	3614	3797	100
2.79-2.85	0.3681	171	0.2654	3655	3826	100
2.85-2.9	0.3254	205	0.2633	3647	3852	100
2.9-2.96	0.3186	178	0.2612	3643	3821	100
2.96-3.02	0.3287	184	0.2511	3617	3801	100
3.02-3.09	0.3366	189	0.2587	3664	3853	100
3.09-3.17	0.307	166	0.256	3636	3802	100
3.17-3.26	0.3234	193	0.2448	3659	3852	100
3.26-3.35	0.2639	149	0.2365	3684	3833	100
3.35-3.46	0.2762	194	0.2243	3649	3843	100
3.46-3.59	0.2432	213	0.2148	3628	3841	100
3.59-3.73	0.2616	221	0.2023	3648	3869	100
3.73-3.9	0.2435	167	0.195	3672	3839	100
3.9-4.1	0.2032	217	0.1818	3642	3859	100
4.1-4.36	0.247	199	0.1736	3689	3888	100
4.36-4.7	0.1988	211	0.1489	3654	3865	100
4.7-5.17	0.1757	223	0.1585	3680	3903	100
5.17-5.92	0.2301	197	0.1861	3736	3933	100
5.92-7.45	0.2554	179	0.1996	3795	3974	100
7.46-71.96	0.2107	231	0.1641	3864	4095	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.448	-0.864	-0.1683	6.3508	1.6578	2.809	0.0515	0.1677	0.3063	-0.6061	0.2654	-0.4912	-0.9028	0.3594	-0.3297	0.7673	-0.1212	0.1794	0.6105	-0.1446	0.6661	32.1315	89.2327	50.5893
2	2.5622	0.4042	-1.0769	5.0924	-0.0022	1.9482	0.1909	-0.2941	-0.0188	0.3977	-0.0831	0.0107	0.0585	0.2959	-0.0841	0.6257	0.0654	-0.0125	0.6676	-0.1567	0.6111	30.0683	73.7828	58.8678
3	1.7179	-0.9672	0.0534	4.8048	0.1733	5.0191	0.3086	0.007	0.3096	0.3718	-0.0063	0.3965	-0.5947	-0.1433	-0.2327	0.6279	0.0796	0.1487	0.5698	-0.1346	0.7821	17.1663	84.084	66.6789
4	1.9341	-0.8889	0.0408	6.4682	1.3551	3.168	0.0291	-0.33	0.3249	1.1045	0.1412	0.0976	-0.1949	-0.043	-0.1889	0.7427	0.0175	0.1916	0.7308	-0.1503	0.6674	19.0948	82.8323	73.0826
5	0.7666	1.3626	1.0156	6.2707	4.3454	3.1248	0.0354	-0.1022	-0.151	0.4696	0.34	-0.4186	0.5342	0.7293	-0.4292	0.5054	0.1721	-0.0826	0.6471	-0.145	0.7186	32.5425	61.7722	61.4942
6	7.1457	-1.5056	-0.6319	5.5355	0.7271	6.3979	0.0783	0.2589	0.8322	-0.6287	-0.0098	0.2412	-1.1513	-0.1836	-0.051	0.6693	0.0239	0.008	0.4498	0.004	0.5877	15.6398	69.791	19.0165
7	2.6011	0.0503	0.0101	2.6701	1.822	4.1656	-0.0387	0.0806	0.0779	-0.1837	0.0751	-0.0112	-0.3556	-0.0339	-0.0404	0.4577	0.0172	0.0196	0.5526	-0.0926	0.5643	19.9906	55.9067	25.1495
8	4.9252	-2.1569	1.4803	3.9037	-0.3364	4.0223	-0.1015	0.0115	-0.1454	0.2917	-0.0281	0.6403	-0.2954	-1.3068	0.115	0.6113	0.0996	0.0965	0.9698	-0.2037	0.6857	6.0202	59.7592	42.5586
9	1.5041	-1.3679	-1.1746	4.7308	3.1303	6.3907	-0.1747	-0.3114	-0.1617	0.6982	0.2971	0.0634	0.7907	0.3462	-0.148	0.4622	-0.004	0.008	0.5832	-0.0375	0.6444	20.8798	41.1634	31.0778
10	2.4799	-0.5311	-0.4258	3.5081	0.3601	2.547	0.0057	0.2239	0.136	-0.2871	0.085	-0.1211	-0.3615	0.139	-0.0788	0.5344	-0.1081	0.0576	0.5883	-0.0533	0.513	20.1948	32.7221	-12.1137
11	1.3668	-0.7707	0.0323	2.1283	1.1287	2.3345	-0.0371	-0.0945	0.1018	0.0856	-0.0419	0.1636	-0.0675	-0.2967	0.0804	0.4066	-0.0733	0.0343	0.4694	-0.0455	0.5133	7.8755	25.6601	3.064
12	5.8706	-2.7197	-0.1299	8.8234	-0.0154	2.282	-0.0057	0.8852	0.2542	-0.6978	0.206	0.2618	-0.0413	-0.2125	-0.1873	0.7115	-0.1662	0.0665	1.002	0.0479	0.5184	17.2512	9.2329	-44.3123
13	3.0772	0.2885	-0.3856	1.882	0.0071	2.9827	-0.1015	0.5772	-0.1198	-0.4604	0.2466	-0.2837	0.236	0.1607	-0.134	0.7498	-0.0865	0.1064	0.8185	-0.2522	0.6172	22.8086	-2.6684	-34.3624
14	5.2126	-3.931	0.186	7.3759	-1.254	0.3696	0.2785	0.55	-0.7521	-0.4481	-0.2203	1.0001	0.5374	-0.3755	-0.0427	0.8289	-0.2194	-0.0109	0.9664	-0.242	0.761	1.9302	-6.619	-25.2446
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16	5.1934	0.1747	-3.0596	2.4404	-0.3683	4.3676	-0.3929	-0.0342	-0.8578	0.0432	0.2813	-0.1968	0.8719	0.8145	-0.0271	1.0158	0.1474	0.0056	0.6753	-0.2674	0.8799	30.4127	-17.4185	-24.544
17	2.2748	-0.2365	-0.2981	2.43	0.5343	2.2738	0.132	-0.5137	0.1997	0.7821	0.072	-0.2306	-0.7775	0.6676	-0.2086	1.5668	-0.1928	-0.0858	1.2767	-0.2528	1.1208	27.4946	92.6529	81.4295
18	-0.0208	-0.1849	-0.5756	4.565	5.0294	5.6893	-0.1972	-0.0141	0.0061	0.7727	1.0042	-0.7126	0.9812	1.3954	-0.9313	0.7251	0.1272	0.0052	1.0004	-0.3144	0.942	43.0208	27.8328	3.8589
19	4.006	1.3961	-2.1584	5.7323	0.1765	4.8844	-0.5687	0.5838	-0.5099	-0.2826	0.396	-0.1846	1.6198	-0.2287	0.1172	1.0927	-0.1493	0.1389	0.7106	-0.1757	0.67	6.6467	54.1558	69.4953
20	7.77	0.9973	5.5863	6.3936	-2.48	7.635	-0.1114	-0.3459	0.3566	0.6932	-0.2489	-0.9282	-0.4209	1.2243	0.3327	0.915	0.1536	-0.0955	0.9893	-0.0304	0.8191	16.824	63.8123	102.4174
21	5.9906	0.7513	3.7895	4.9844	-2.0924	6.6456	0.3566	-0.2762	-0.8601	0.766	-0.2073	-0.9426	0.9051	1.6979	-0.0985	1.3447	0.3957	0.03	1.0059	0.0734	0.9768	12.1716	51.7152	105.1972
22	4.6074	2.6192	-2.4479	5.7888	-2.0105	4.5208	-0.3421	0.1659	-0.498	0.654	0.4105	-0.058	1.0192	-0.3288	-0.1043	1.1813	0.0728	0.1553	0.5846	0.0107	0.7549	-5.8818	54.2419	96.875
23	3.345	0.1272	-2.5884	0.2664	1.0649	7.2487	-0.2975	0.09	-0.4687	0.1643	0.407	-0.0671	1.1562	-0.0916	-0.1323	1.0146	0.0579	0.013	0.5302	0.0259	0.6774	1.3249	57.6332	87.4322
24	6.3243	0.6399	1.3048	5.1708	0.1525	6.6401	-0.211	0.133	0.0472	0.7749	0.4958	0.0832	1.0833	-0.2422	-0.3151	0.7775	-0.0006	0.0218	0.7158	-0.0601	0.8233	-4.7582	59.3469	83.0705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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