PDB-5s4n: Tubulin-Z285782452-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s4n

タイトル

Tubulin-Z285782452-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s4n.cif.gz	915.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s4n.ent.gz	755.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s4n_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s4n_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	5s4n_validation.xml.gz	83.6 KB	表示
CIF形式データ	5s4n_validation.cif.gz	110.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4n	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5v-d 5ca1-d 5s4v-d 5s65-d 6d88-d 5s64-d 5xlz-d 5s5h-d 6bs2-d 4zi7-d 6lsn-d 6fii-d 5s58-d 5s60-d 5s5b-d 5s51-d 6s9e-d 7ce8-d 4o4l-d 4i50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.260, 158.630, 179.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 224分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-UVA / N-methyl-2-(methylsulfonyl)aniline 分子量: 185.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.53→90.81 Å / Num. obs: 100320 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.742 % / B_iso Wilson estimate: 76.296 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 0.978 / Net I/σ(I): 9.88 / Num. measured all: 676349 / Scaling rejects: 523

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.53-2.6	6.764	2.681	0.7	49184	7329	7271	0.363	2.903	99.2
2.6-2.67	6.417	2.174	0.86	45692	7188	7121	0.412	2.366	99.1
2.67-2.74	6.619	1.716	1.12	46019	6988	6953	0.56	1.862	99.5
2.74-2.83	6.886	1.352	1.5	46672	6813	6778	0.674	1.462	99.5
2.83-2.92	7.075	0.992	2.1	46614	6618	6589	0.795	1.07	99.6
2.92-3.02	7.026	0.727	2.78	44604	6364	6348	0.861	0.785	99.7
3.02-3.14	6.992	0.516	3.84	42909	6162	6137	0.926	0.557	99.6
3.14-3.27	6.91	0.379	5.03	40841	5938	5910	0.953	0.41	99.5
3.27-3.41	6.651	0.275	6.54	37929	5720	5703	0.976	0.298	99.7
3.41-3.58	6.492	0.203	7.99	35232	5452	5427	0.985	0.221	99.5
3.58-3.77	6.487	0.185	9.65	33391	5220	5147	0.986	0.202	98.6
3.77-4	7.086	0.117	14.27	34822	4929	4914	0.995	0.127	99.7
4-4.28	6.958	0.085	18.34	32297	4647	4642	0.996	0.092	99.9
4.28-4.62	6.817	0.064	22.24	29564	4350	4337	0.998	0.07	99.7
4.62-5.06	6.322	0.057	24.02	25230	3993	3991	0.998	0.062	99.9
5.06-5.66	6.461	0.059	23.91	23511	3641	3639	0.998	0.064	99.9
5.66-6.53	6.967	0.059	25.66	22509	3232	3231	0.998	0.063	100
6.53-8	6.676	0.045	31.71	18465	2766	2766	0.999	0.049	100
8-11.31	5.969	0.036	39.21	12898	2169	2161	0.998	0.039	99.6
11.31-90.81	6.347	0.033	45.06	7966	1270	1255	0.999	0.036	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.53→90.81 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	5070	5.05 %
R_work	0.2156	95237	-
obs	0.2178	100307	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 215.35 Å² / B_iso mean: 91.2173 Å² / B_iso min: 50.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.53→90.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17444	0	264	205	17913
B_iso mean	-	-	84.57	72.41	-
残基数	-	-	-	-	2206

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.53-2.56	0.4207	135	0.4084	3141	3276	99
2.56-2.59	0.4228	172	0.3917	3102	3274	99
2.59-2.62	0.3901	171	0.3748	3101	3272	99
2.62-2.65	0.3906	190	0.3719	3117	3307	99
2.65-2.69	0.391	171	0.3673	3139	3310	99
2.69-2.73	0.377	173	0.35	3145	3318	100
2.73-2.76	0.3895	171	0.3437	3144	3315	100
2.76-2.81	0.3913	183	0.3321	3097	3280	99
2.81-2.85	0.3746	173	0.3094	3186	3359	99
2.85-2.9	0.3507	174	0.304	3103	3277	100
2.9-2.95	0.3388	161	0.2976	3153	3314	100
2.95-3	0.3056	156	0.2843	3174	3330	100
3-3.06	0.3002	149	0.2652	3168	3317	100
3.06-3.12	0.294	156	0.2665	3182	3338	100
3.12-3.19	0.3202	186	0.2612	3152	3338	99
3.19-3.26	0.3163	158	0.246	3114	3272	100
3.26-3.34	0.3257	182	0.244	3174	3356	100
3.34-3.43	0.2943	164	0.2387	3159	3323	100
3.43-3.53	0.3052	152	0.2329	3211	3363	99
3.53-3.65	0.2565	169	0.2444	3140	3309	99
3.65-3.78	0.2878	150	0.2499	3163	3313	99
3.78-3.93	0.2479	158	0.2063	3204	3362	100
3.93-4.11	0.228	209	0.1966	3125	3334	100
4.11-4.33	0.2297	163	0.1892	3247	3410	100
4.33-4.6	0.2079	176	0.1686	3178	3354	100
4.6-4.95	0.2051	165	0.1612	3226	3391	100
4.95-5.45	0.2207	182	0.1858	3245	3427	100
5.45-6.24	0.2488	170	0.1979	3238	3408	100
6.24-7.86	0.2661	175	0.1879	3289	3464	100
7.86-90.81	0.1841	176	0.158	3420	3596	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0341	-0.9912	-0.1023	6.482	1.0078	2.9815	0.0759	0.1919	0.333	-0.5672	0.141	-0.3198	-0.7655	0.1737	-0.2423	0.7524	-0.1266	0.1235	0.7548	-0.0991	0.6236	32.0917	90.123	50.2632
2	4.0379	-0.084	-3.4535	4.6417	-1.7694	4.4238	0.1829	-0.3882	-0.0404	0.7327	-0.0633	-0.1395	0.4224	0.7386	-0.0603	0.5805	0.0491	-0.1114	0.5842	-0.1426	0.5165	30.084	74.7646	58.6032
3	2.1917	-0.0129	0.8434	4.5625	-0.0138	5.4334	0.0835	-0.3061	0.1311	0.5349	-0.0257	0.3166	-0.0948	-0.1978	-0.0451	0.6004	0.0571	0.1189	0.5408	-0.1369	0.5732	17.1905	85.1996	66.4674
4	0.7025	-0.4869	0.0215	6.5322	2.4428	3.2649	-0.0338	-0.1595	0.2597	0.9416	0.2279	0.1919	-0.1645	-0.1272	-0.2156	0.8109	0.0021	0.1982	0.7556	-0.131	0.6405	19.3155	83.9291	72.9779
5	4.1313	0.0169	1.2054	7.103	3.5427	2.6095	-0.1569	-0.6052	-0.0918	1.0132	0.2125	-0.3674	0.9323	0.9535	-0.0196	0.629	0.1339	-0.0709	0.6006	-0.0803	0.6471	32.5233	62.7776	61.2332
6	7.9611	-2.5358	-1.8958	6.4884	1.3517	8.1101	0.1035	0.332	0.852	-0.3934	-0.0369	0.2088	-0.8658	-0.2048	-0.0549	0.4988	0.0151	-0.0013	0.5196	-0.0094	0.5709	15.857	70.3009	18.7696
7	2.3087	0.4136	0.6572	2.3305	1.3489	4.0238	-0.0433	0.0766	0.1232	-0.2142	0.1072	-0.1001	-0.3477	0.2747	-0.0602	0.4661	0.0402	0.0122	0.5906	-0.074	0.5167	20.1903	56.4472	25.0449
8	4.9205	-3.5307	1.6015	5.2682	-0.5775	4.2357	-0.1429	-0.3581	0.0611	0.3125	-0.0567	0.7176	-0.1054	-1.2542	0.2096	0.6721	0.0424	0.0882	0.842	-0.1821	0.6642	5.7313	60.6721	42.1156
9	1.9548	-2.6054	-1.1668	5.6302	2.8338	5.5032	-0.1767	-0.4794	-0.2086	0.7591	0.1813	0.063	0.8042	0.3934	-0.0187	0.5344	-0.0695	-0.0254	0.6722	-0.0517	0.5737	20.9105	41.7102	31.1036
10	1.8791	-0.9043	-0.113	3.7409	0.4878	2.4485	-0.0025	0.3031	0.011	-0.3112	0.0694	-0.0376	-0.2114	0.0518	-0.0586	0.4702	-0.0898	0.0472	0.6302	-0.0604	0.4943	20.0893	33.1425	-12.2726
11	1.2976	-0.8419	-0.0899	2.4525	1.204	2.6634	-0.0462	-0.0753	0.0034	0.1335	-0.0499	0.2044	-0.0179	-0.2653	0.0991	0.4306	-0.0925	0.0692	0.5403	-0.0581	0.4666	7.7078	26.264	3.0227
12	5.3244	-2.6648	0.0825	2.7105	-0.2778	3.1706	-0.0324	0.9741	0.2043	-0.7679	0.0852	0.1071	-0.0896	-0.3654	-0.089	0.7646	-0.1672	0.0788	1.076	-0.0595	0.663	17.1401	9.5113	-43.9975
13	2.2351	0.2355	-0.2949	2.2328	-0.0169	3.0993	-0.0853	0.5945	-0.1994	-0.2494	0.1319	-0.2522	0.2706	0.1003	-0.0477	0.6573	-0.0284	0.0898	0.8466	-0.2443	0.6309	22.7677	-2.3767	-34.1529
14	2.47	-1.607	-3.7467	8.1671	2.654	5.9585	0.0593	0.6755	-0.6062	-0.8697	-0.2186	0.7671	0.0636	-0.5498	0.0926	0.6737	-0.1555	0.033	0.9979	-0.1688	0.7193	0.6159	-5.9012	-25.7774
15	2.2562	-1.243	0.2683	2.1929	0.3968	4.3222	-0.214	0.0848	-0.3242	0.1418	0.1665	0.1963	0.3156	-0.5907	0.0447	0.6592	-0.1854	0.0732	0.7134	-0.1255	0.6754	8.6263	-1.666	-20.8092
16	7.1368	0.0764	-5.3812	2.4055	-1.7355	6.746	-0.5195	-0.3215	-1.0695	0.1576	0.0592	0.0353	0.8896	0.871	0.3282	0.9183	0.0984	-0.023	0.7793	-0.2313	0.8605	30.3309	-17.0945	-24.3962
17	4.9296	-2.635	-0.2575	3.7449	2.2339	2.2042	0.2511	-0.1706	0.153	0.4478	0.2083	-0.6593	0.0971	0.2229	-0.4074	1.3662	-0.2083	-0.1135	0.9714	-0.1327	0.8918	28.2634	93.5643	81.2574
18	0.0455	-0.1625	-0.5083	7.1155	7.1062	7.4828	-0.1446	-0.0321	-0.1283	0.6988	0.6022	-0.4747	0.8595	1.003	-0.6424	0.676	0.1602	0.0092	1.0973	-0.2456	0.8653	42.9638	28.2779	3.902
19	4.7161	1.7955	-2.1672	6.8934	0.9747	6.681	-0.532	0.9558	-0.5823	-0.726	0.3966	-0.0073	1.8626	-0.8252	0.1337	1.5487	-0.2403	0.1215	1.1195	-0.1784	0.7964	6.6218	55.2145	69.4717
20	4.1647	-0.7355	3.9	7.3208	-3.4864	4.8559	-0.2024	-0.0947	0.4686	0.0875	-0.3058	-0.8919	-0.4901	1.3711	0.3873	1.0749	0.0595	-0.0069	1.3155	0.0036	0.8758	16.7648	64.9298	102.4061
21	6.3049	0.2088	5.0099	6.0942	-2.0767	7.0269	0.1803	-0.1487	-0.5978	0.8671	-0.4183	-0.9283	1.1419	1.8197	0.3176	1.2977	0.3729	0.1321	1.1565	0.0675	0.8641	11.9821	52.3364	104.2425
22	3.5805	1.4854	-0.6946	4.8642	-1.0621	3.9829	-0.4675	0.1871	-0.7942	0.5749	0.2439	-0.2975	1.3467	0.1775	0.2124	1.506	0.153	0.2711	0.7954	-0.0113	0.8767	-1.9048	50.4711	99.2399
23	5.0039	0.8881	-1.4411	1.8448	2.1507	6.991	-0.5235	0.158	-0.6214	-0.2761	0.432	-0.1797	1.102	-0.0337	0.0539	1.1892	-0.0705	0.1667	0.6379	-0.0188	0.6751	1.2246	58.7597	87.4266
24	4.167	-3.4295	-2.6287	2.9918	1.4393	7.1177	0.0966	0.7704	0.2926	-0.0841	0.0018	0.6044	0.4223	-1.7939	-0.1017	0.8038	-0.2619	0.115	1.1902	0.0029	0.8805	-8.0719	63.5179	79.1402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 145 through 207 )	F	145 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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