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万見
- PDB-5rxn: COMBINED CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ENERGY MINIMIZATION OF R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5rxn
タイトルCOMBINED CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ENERGY MINIMIZATION OF RUBREDOXIN AT 1.2 ANGSTROM RESOLUTION
要素RUBREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSFER(IRON-SULFUR PROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Watenpaugh, K.D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Combined Crystallographic Refinement and Energy Minimization of Rubredoxin at 1.2 Angstrom Resolution
著者: Watenpaugh, K.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Crystallographic Refinement of Rubredoxin at 1.2 Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: The Structure of Rubredoxin at 1.2 Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Water Structure in a Protein Crystal. Rubredoxin at 1.2 Angstroms Resolution.
著者: Watenpaugh, K.D. / Margulis, T.N. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1973
タイトル: Refinement of the Model of a Protein. Rubredoxin at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Herriott, J.R. / Jensen, L.H.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: Sequence of Rubredoxin by X-Ray Diffraction
著者: Herriott, J.R. / Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#6: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Structure of a Non-Heme Iron Protein, Rubredoxin at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Herriott, J.R. / Jensen, L.H.
#7: ジャーナル: Thesis / 年: 1972
タイトル: The Primary Structure of Clostridium Pasteurianum Rubredoxin
著者: Mccarthy, K.F.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970
タイトル: Structure of Rubredoxin. An X-Ray Study to 2.5 Angstroms Resolution
著者: Herriott, J.R. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Lovenberg, W.
履歴
登録1984年10月15日処理サイト: BNL
置き換え1985年4月1日ID: 2RXN
改定 1.01985年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1102
ポリマ－6,0551
非ポリマー561
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.290, 64.290, 32.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN


分子量: 6054.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
参照: UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %

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解析

ソフトウェア名称: COMPUTER / バージョン: GRAPHICS SYSTEM. / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.2 Å
詳細: EACH HYDROGEN ATOM POSITION HAS BEEN CALCULATED FROM THE COORDINATES OF THE ATOM IT IS BONDED TO. THE B-VALUE OF THE HEAVIER ATOM WAS ASSIGNED TO THE HYDROGEN ATOM. THE CELL DIMENSIONS VARIED ...詳細: EACH HYDROGEN ATOM POSITION HAS BEEN CALCULATED FROM THE COORDINATES OF THE ATOM IT IS BONDED TO. THE B-VALUE OF THE HEAVIER ATOM WAS ASSIGNED TO THE HYDROGEN ATOM. THE CELL DIMENSIONS VARIED FROM START TO FINISH OF DATA COLLECTION. THE VALUES GIVEN ARE THOSE AT THE MID-POINT OF DATA COLLECTION.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数770 0 1 102 873

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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