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- PDB-5rg4: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3 in unbound state, 277K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5rg4
タイトルCrystal Structure of Kemp Eliminase HG3 in unbound state, 277K
要素Kemp Eliminase HG3
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoascus aurantiacus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Broom, A. / Rakotoharisoa, R.V. / Thompson, M.C. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Ensemble-based enzyme design can recapitulate the effects of laboratory directed evolution in silico.
著者: Broom, A. / Rakotoharisoa, R.V. / Thompson, M.C. / Zarifi, N. / Nguyen, E. / Mukhametzhanov, N. / Liu, L. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月12日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kemp Eliminase HG3
B: Kemp Eliminase HG3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2826
ポリマ－68,9712
非ポリマー3104
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.140, 79.970, 99.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kemp Eliminase HG3


分子量: 34485.742 Da / 分子数: 2
変異: Q42M, T44W, R81G, H83G, T84M, N130G, N172M, A234S, T236L, E237M, W267F
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8-2.4 M Ammonium Sulfate, 4mg/mL Protein Concentration, 100mM Sodium Acetate
PH範囲: 4.5-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→41.52 Å / Num. obs: 42219 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 17.213 Å2 / Rpim(I) all: 0.125 / Rrim(I) all: 0.32 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 272290
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all
1.99-2.026.511352120790.3760.964
5.4-41.535.97.81366423010.0660.166

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
xia2データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→41.52 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 2003 -
Rwork0.1767 --
obs-42219 99.94 %
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4580 0 24 424 5028
Biso mean--57.47 33.66 -
残基数----600
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.99-2.03980.29141350.276528112946
2.0398-2.09490.31171400.261128442984
2.0949-2.15660.28321490.238728352984
2.1566-2.22620.2931290.23228192948
2.2262-2.30570.26881530.225828483001
2.3057-2.3980.25791340.227128332967
2.398-2.50720.25841500.216328472997
2.5072-2.63930.26361430.20628302973
2.6393-2.80470.23611340.198628542988
2.8047-3.02110.24781470.182728743021
3.0211-3.32510.20991420.168928823024
3.3251-3.80590.16841440.133629103054
3.8059-4.79390.14591480.111229103058
4.7939-41.52740.17291550.146230533208
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.387-0.35150.09080.3663-0.06640.3007-0.00990.0570.00510.05050.0051-0.02240.0598-0.01720.00010.1850.01520.00470.14760.00810.18178.954711.014131.8576
20.294-0.56730.06451.26750.05420.40690.02320.09050.0172-0.0674-0.00910.06860.02190.0640.00040.18640.0157-0.00310.2086-0.01330.168917.98631.077815.808
30.573-0.00260.13210.07450.20680.65710.04450.0423-0.04920.0406-0.0180.02050.13920.174300.20340.0423-0.00040.1879-0.02030.179427.6168-5.491725.6202
40.17780.0153-0.11590.1525-0.06410.09410.19710.0662-0.22430.22850.04180.0316-0.04470.17840.00310.17330.0279-0.01050.23850.00050.226134.1196-5.1233.0951
50.6124-0.04460.18340.04060.08490.4440.0055-0.0527-0.05280.08640.0044-0.02340.03610.028300.1880.0075-0.0060.17090.00060.172919.92052.133639.2395
60.33970.00290.21220.0049-0.0410.50170.1048-0.0799-0.13930.1027-0.00560.03930.072-0.10040.00010.1950.0305-0.01110.16530.00330.18024.05084.457941.32
70.3106-0.2282-0.01440.3548-0.08370.3474-0.04310.0717-0.1132-0.02110.0227-0.0143-0.00680.0557-00.1937-0.01070.00360.1543-0.00530.1887-10.7613-10.384621.3784
80.38950.08-0.27420.1796-0.11820.21530.00130.0677-0.06850.0145-0.0297-0.0303-0.0734-0.016600.17520.0009-0.00460.1680.00020.1481-0.878-4.258610.257
90.73530.3865-0.18130.36110.11910.42250.04240.00590.0630.00110.03960.0571-0.0855-0.0362-00.20480.01070.0220.1996-0.01470.1885-4.19892.72850.2579
100.6490.2521-0.3750.21010.06250.6020.09790.250.1651-0.0066-0.0424-0.0406-0.1007-0.19900.23660.0480.00720.24020.02150.2429-16.11545.61671.6083
110.0330.0694-0.03250.47620.07050.0908-0.00430.15030.1534-0.0261-0.0740.416-0.2963-0.2848-0.0190.2880.0684-0.030.41110.02590.2617-26.15484.8078-0.4165
120.52540.03070.05170.02780.10090.36550.00690.06930.0134-0.0031-0.0110.0417-0.0365-0.16890.00010.17530.0154-0.00440.2118-0.00660.2079-22.8613-1.568316.2566
130.5305-0.3214-0.07340.33120.17890.1416-0.0358-0.21130.05030.10360.02290.1198-0.0289-0.0772-00.13830.0091-0.00010.16880.01160.1651-16.1238-3.677330.4357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 45 )A4 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 130 )A46 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 181 )A131 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 196 )A182 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 270 )A197 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 271 through 303 )A271 - 303
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 45 )B4 - 45
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 46 through 85 )B46 - 85
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 86 through 130 )B86 - 130
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 131 through 181 )B131 - 181
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 182 through 197 )B182 - 197
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 198 through 270 )B198 - 270
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 271 through 303 )B271 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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