PDB-5rgc: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3.7 with bound transition s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5rgc

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3.7 with bound transition state analogue, 277K

要素

Kemp Eliminase HG3

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Broom, A. / Rakotoharisoa, R.V. / Thompson, M.C. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Ensemble-based enzyme design can recapitulate the effects of laboratory directed evolution in silico.
著者: Broom, A. / Rakotoharisoa, R.V. / Thompson, M.C. / Zarifi, N. / Nguyen, E. / Mukhametzhanov, N. / Liu, L. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

履歴

登録	2020年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年5月12日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5rgc.cif.gz	397.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5rgc.ent.gz	336.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5rgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/5rgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/5rgc	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002148 (12エントリ) 5rg4 5rg5 5rg6 5rg7 5rg8 5rg9 5rga 5rgb 5rgc 5rgd
タイトル	Crystal structures of HG-series of Kemp Eliminases at Room-temperature
タイプ	undefined
解説	Crystal structure of Kemp eliminase HG3.7 with bound transition state analogue, 277K

-
関連構造データ

類似構造データ	5rg6-d 5rgf-d 5rg5-d 5rgd-d 6tu6-2 6ss3-d 6sry-d 5rg9-d 7k4x-d 6tu6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kemp Eliminase HG3

B: Kemp Eliminase HG3

ヘテロ分子

69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.260, 79.810, 98.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Kemp Eliminase HG3 分子量: 34594.875 Da / 分子数: 2 変異: V6I, Q37K, Q42M, T44W, K50Q, R81G, H83G, T84C, S89R, Q90H, A125N, N130G, N172M, A234S, T236L, E237M, W267F 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.8-2.4 M Ammonium Sulfate, 4mg/mL Protein Concentration, 100mM Sodium Acetate PH範囲: 4.5-5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1158 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.39→79.81 Å / Num. obs: 121461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.074 Å² / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 1541299

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.39-1.41	10	1.3	60173	6015	0.359	1.171	99.6
3.77-79.94	11.9	45.5	76984	6463	0.013	0.046	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
xia2		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.39→79.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1412	6121	-
R_work	0.1271	-	-
obs	-	121461	99.88 %

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.39→79.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4588	0	52	527	5167
B_iso mean	-	-	47.93	36	-
残基数	-	-	-	-	600

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.39-1.4058	0.2642	181	0.2764	3801	3982	99
1.4058-1.4223	0.256	182	0.2535	3843	4025	100
1.4223-1.4397	0.2681	214	0.2298	3792	4006	100
1.4397-1.4579	0.2737	198	0.2182	3768	3966	100
1.4579-1.4771	0.2476	174	0.2088	3857	4031	100
1.4771-1.4973	0.21	218	0.1881	3781	3999	100
1.4973-1.5187	0.1956	194	0.1815	3793	3987	100
1.5187-1.5414	0.1866	206	0.1721	3828	4034	100
1.5414-1.5655	0.1767	220	0.1638	3793	4013	100
1.5655-1.5912	0.1879	203	0.1564	3789	3992	100
1.5912-1.6186	0.168	212	0.1552	3793	4005	100
1.6186-1.648	0.178	209	0.1493	3824	4033	100
1.648-1.6797	0.1657	202	0.1485	3809	4011	100
1.6797-1.714	0.1805	204	0.1479	3800	4004	100
1.714-1.7513	0.1789	198	0.1463	3812	4010	100
1.7513-1.792	0.1526	194	0.136	3848	4042	100
1.792-1.8369	0.1501	207	0.1291	3831	4038	100
1.8369-1.8865	0.138	222	0.1181	3785	4007	100
1.8865-1.942	0.1308	195	0.1158	3863	4058	100
1.942-2.0047	0.1535	221	0.1127	3829	4050	100
2.0047-2.0764	0.1276	200	0.1163	3821	4021	100
2.0764-2.1595	0.1313	203	0.1042	3884	4087	100
2.1595-2.2578	0.1316	195	0.1046	3832	4027	100
2.2578-2.3768	0.1211	206	0.1069	3846	4052	100
2.3768-2.5258	0.1381	210	0.112	3864	4074	100
2.5258-2.7208	0.1194	198	0.1166	3895	4093	100
2.7208-2.9946	0.1376	216	0.1284	3864	4080	100
2.9946-3.4279	0.1303	214	0.1212	3903	4117	100
3.4279-4.3186	0.107	248	0.0989	3921	4169	100
4.3186-62.1265	0.1247	177	0.1276	4137	4314	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4871	0.1387	0.7422	1.3822	0.3327	1.4402	-0.0413	-0.0071	0.0242	0.0583	0.0257	0.0241	0.0018	-0.0029	0.0175	0.1151	0.0107	0.0038	0.0799	0.0123	0.1079	9.1167	11.7016	32.2619
2	0.705	-0.4454	-0.0264	1.4345	0.5714	1.2647	0.0456	0.0846	-0.0682	-0.0456	-0.0236	0.015	0.1216	0.0457	-0.0261	0.1421	0.0192	-0.0066	0.1301	-0.0118	0.1298	14.6395	-0.7085	15.7399
3	0.8672	-0.2817	-0.0852	2.2645	0.683	2.0984	0.0581	0.1496	0.0393	-0.156	-0.0203	-0.1145	0.0396	0.1818	-0.0568	0.0966	0.0202	0.0069	0.179	-0.0051	0.1133	23.8308	2.3091	15.1064
4	0.8048	-0.1031	-0.0738	0.7876	-0.0449	1.7718	0.0409	0.0586	-0.0617	-0.0172	-0.0014	-0.0325	0.1883	0.1894	-0.0159	0.1289	0.0439	-0.0134	0.163	-0.0179	0.1403	27.756	-4.4503	25.7095
5	5.405	2.029	-3.0031	2.2505	-1.8737	2.6936	0.0808	-0.1938	-0.1215	0.0967	-0.0226	-0.0855	0.0366	0.3824	-0.0389	0.1365	0.0431	-0.0219	0.2119	-0.0191	0.1613	33.7402	-5.5718	33.7231
6	1.6052	-0.251	0.1266	0.3845	0.0545	0.7086	-0.0217	-0.0872	-0.0527	0.0435	0.0362	-0.0078	0.0118	0.0276	-0.0106	0.1214	0.0195	-0.0032	0.103	0.0038	0.1036	14.6558	2.5095	39.5495
7	2.4355	0.119	0.7062	1.2407	0.001	1.4685	0.0171	-0.0025	-0.0865	0.0192	0.0015	0.0969	0.0215	-0.0258	-0.0195	0.1131	0.0081	0.008	0.0829	-0.0076	0.1508	-10.9401	-10.8774	21.8607
8	1.2017	0.4041	-0.6474	1.7007	-0.5041	1.2025	0.0831	0.1193	0.1006	-0.0187	0.0019	0.0215	-0.128	-0.0467	-0.0552	0.1286	0.0131	0.0043	0.1246	0.012	0.1337	-1.0614	0.1838	8.2784
9	1.6893	0.3222	-0.8267	1.299	-0.1803	1.0935	0.0858	0.3395	0.0405	-0.1562	-0.0214	0.0476	-0.0499	-0.1573	-0.0488	0.1386	0.0365	-0.0054	0.2271	0.0051	0.1173	-5.1394	-0.604	-1.12
10	1.0061	0.2669	-0.4144	0.7865	-0.1398	1.3222	0.0878	0.3137	0.151	-0.0196	-0.0048	0.1282	-0.2312	-0.2076	-0.0746	0.1638	0.0567	-0.0094	0.2464	0.0419	0.1828	-15.4341	6.8335	0.8772
11	0.2636	0.4075	-0.1709	1.1175	0.8666	2.7328	-0.0252	0.232	0.2267	-0.0632	0.0761	0.1839	-0.2183	-0.3348	-0.0931	0.1933	0.0899	-0.0302	0.3916	0.0523	0.2035	-25.9688	4.7514	-0.3509
12	1.3942	-0.2338	0.2864	0.4924	0.0116	1.4039	0.0135	0.0677	-0.014	-0.011	-0.0135	0.1154	-0.0341	-0.1485	0.001	0.092	0.0158	0.0075	0.126	0.0052	0.1697	-20.6765	-2.0262	20.3846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 45 )	A	4 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 100 )	A	46 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 130 )	A	101 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 181 )	A	131 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )	A	182 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 303 )	A	197 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 45 )	B	4 - 45
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 100 )	B	46 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 130 )	B	101 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 181 )	B	131 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 182 through 196 )	B	182 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 303 )	B	197 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)