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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qtf | ||||||
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タイトル | T. brucei FPPS in complex with CID 144539 | ||||||
要素 | Farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase inhibitor / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei / PanDDA / protein-ligand complex / Transferase-Transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.783 Å | ||||||
データ登録者 | Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Jahnke, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: T. brucei FPPS in complex with CID 144539 著者: Muenzker, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qtf.cif.gz | 152.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qtf.ent.gz | 120.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qtf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5qtf_validation.pdf.gz | 461.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5qtf_full_validation.pdf.gz | 466 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5qtf_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5qtf_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/5qtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/5qtf | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002102 (7エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | FPPS screened against the Enamine Golden Fragment Library by X-ray Crystallography at the HTX lab of EMBL Grenoble |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09 |
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-非ポリマー , 5種, 103分子
#2: 化合物 | ChemComp-PK7 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 % / Mosaicity: 0.06 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.12 M CsCl 12 % w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.783→56.887 Å / Num. obs: 24054 / % possible obs: 65 % / 冗長度: 36.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 811733 |
反射 シェル | 解像度: 1.783→2.01 Å / 冗長度: 37.3 % / Rmerge(I) obs: 2.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 121699 / Num. unique obs: 3167 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 2.029 / Rsym value: 2.569 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 11.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdbid 4ryp 解像度: 1.783→56.887 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.58 Å2 / Biso mean: 53.2114 Å2 / Biso min: 14.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.783→56.887 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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