PDB-5qcz: Crystal structure of BACE complex with BMC015

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qcz

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC015

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qcz.cif.gz	455 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qcz.ent.gz	388.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qcz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qcz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5qcz_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	5qcz_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcz	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	5qd7-1 3k5f-1 3k5f-3 5qcp-2 3qbh-3 5qd9-1 2f3f-2 5qcx-1 4acx-d 5qd2-3 5qd8-2 5qd7-3 5qda-1 2xfk-d 5qd4-1 5qd6-1 3k5c-3 5dqc-3 6dhc-2 3k5f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.105, 102.152, 99.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	CHAIN C

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E5V / (4S)-4-{(S)-hydroxy[(3R,6R)-6-(methoxymethyl)morpholin-3-yl]methyl}-19-(methoxymethyl)-11-oxa-3,16-diazatricyclo[15.3.1.1~6,10~]docosa-1(21),6(22),7,9,17,19-hexaen-2-one 分子量: 513.626 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₉N₃O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS, FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS, FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 6-FOLD EXCESS OF BMC015 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO-D6 (1.7% DMSO IN DROP). A SOLUTION CONTAINING 1.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.0, 25% GLYCEROL, 1MM BMC015 AND 1.8% DMSO WAS USED AS CRYO-PROTECTANT.

結晶

マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS, FROM 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.0. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→54.319 Å / Num. obs: 69743 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.058

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→54.32 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	6950	9.97 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.172	69743	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8898	0	111	186	9195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9255
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	12582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.815	5406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1611

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.2705	215	0.2334	2141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3262-2.3535	0.2648	209	0.2203	2067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.2993	221	0.2314	2117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.2931	242	0.2153	2059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.2639	250	0.2086	2075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.2597	222	0.2016	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.2493	251	0.2001	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.2247	233	0.1922	2098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5904	0.2232	243	0.1898	2044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5904-2.6328	0.2671	219	0.1939	2097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.2185	242	0.1798	2065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.2458	233	0.1815	2067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7794	0.2389	239	0.1836	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7794-2.8361	0.2232	235	0.1782	2105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.8978	0.2608	224	0.1866	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-2.9652	0.2334	223	0.1918	2092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9652-3.0393	0.238	225	0.1786	2089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0393-3.1215	0.232	220	0.1874	2100	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1215-3.2133	0.2282	222	0.176	2106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2133-3.317	0.2131	215	0.1796	2098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.4356	0.1973	250	0.1762	2094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4356-3.5731	0.1978	230	0.167	2076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5731-3.7357	0.1958	228	0.1634	2108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7357-3.9326	0.1851	226	0.1498	2103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9326-4.1789	0.1855	232	0.145	2107	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1789-4.5014	0.1756	248	0.136	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5014-4.9541	0.1559	233	0.1283	2091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9541-5.6703	0.177	256	0.1575	2100	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6703-7.1415	0.1944	238	0.1707	2118	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1415-54.3343	0.1929	226	0.1699	2130	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9401	-0.1216	0.2493	2.0929	-0.0804	0.6348	-0.0283	0.0925	0.1812	-0.071	-0.0761	-0.0431	-0.1747	0.0458	-0.0002	0.4371	0.0112	0.0006	0.3142	0.0166	0.2358	40.2106	5.0659	17.606
2	0.8379	0.0743	-0.0131	0.7789	-0.7392	0.729	-0.0064	0.049	0.0555	0.212	0.075	0.3528	-0.306	-0.0941	0.0416	0.4213	0.1088	0.0835	0.2409	-0.017	0.3963	19.4746	-3.2025	27.117
3	0.4327	-0.3471	-0.0315	1.0976	-0.7087	0.6378	-0.0638	0.104	-0.014	0.0737	0.0818	0.093	-0.0712	-0.0364	-0.002	0.4732	0.0545	0.091	0.3946	-0.0246	0.3059	33.666	-13.0002	24.7239
4	2.1083	0.6673	0.0586	1.3186	-0.1337	1.9256	0.0944	-0.1348	-0.2353	-0.0426	-0.0107	0.1345	-0.0079	-0.4415	0.0017	0.2602	0.0036	-0.0603	0.3618	0.0597	0.3113	17.1033	13.798	-11.2905
5	1.027	0.0806	0.0655	0.6461	-0.0719	1.4024	0.0389	0.1528	-0.5843	-0.3952	-0.1422	-0.4135	0.5101	0.1739	-0.0135	0.5214	0.0305	0.0206	0.1746	-0.0879	0.6077	33.8706	-2.4539	-21.4811
6	1.0575	0.6884	-0.0694	0.4521	-0.0949	0.8695	0.0732	0.1153	-0.3155	-0.1196	-0.059	-0.0449	0.0171	0.0478	-0.0016	0.3454	0.0015	-0.0291	0.2771	0.0298	0.373	34.2775	14.0678	-18.9264
7	1.0958	0.2458	-0.7991	1.5268	-0.2983	1.4125	0.0839	-0.101	-0.0806	0.1173	-0.017	0.1102	0.046	-0.1768	-0	0.2349	-0.0023	-0.038	0.372	0.0515	0.3184	7.503	-46.5766	40.2763
8	0.2595	0.2451	0.0932	1.4038	-0.1743	0.8918	0.2781	-0.0867	0.1041	0.2569	0.0292	0.2436	-0.2613	-0.1854	0.0574	0.3551	0.0862	0.1669	0.4415	0.0253	0.4333	8.0155	-24.295	40.2054
9	0.6281	0.4056	-0.613	0.4461	-0.3531	0.6065	0.1048	-0.0408	0.0548	-0.0463	0.0086	0.0252	-0.155	-0.0752	0.0001	0.3053	0.0613	0.0025	0.3849	0.0286	0.4328	17.5242	-34.6158	29.7189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 327 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 328 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 252 THROUGH 340 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 341 THROUGH 385 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)