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万見
- PDB-5pay: Crystal Structure of Factor VIIa in complex with 1-[[3-[5-hydroxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pay
タイトルCrystal Structure of Factor VIIa in complex with 1-[[3-[5-hydroxy-4-(1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl)pyrazol-1-yl]phenyl]methyl]-3-phenylurea
要素(Coagulation factor VII ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / GLYCOPROTEIN / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / PLASMA / BLOOD COAGULATION FACTOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / CALCIUM-BINDING / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine ...coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to cholesterol / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / blood coagulation / response to estradiol / : / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7ZY / Coagulation factor VII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Stihle, M. / Mayweg, A. / Roever, S. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a Factor VIIa complex
著者: Mayweg, A. / Roever, S. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor VII light chain
C: Coagulation factor VII heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,09211
ポリマ－35,0882
非ポリマー1,0049
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.100, 95.100, 116.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-864-

HOH

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要素

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Coagulation factor VII ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Coagulation factor VII light chain / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 6984.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 Coagulation factor VII heavy chain / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa

-
非ポリマー , 6種, 367分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-7ZY / 1-[[3-[5-hydroxy-4-(1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl)pyrazol-1-yl]phenyl]methyl]-3-phenylurea


分子量: 424.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20N6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16 mg/ml protein in 20mM Tris/HCl pH 8.4, 5 mM benzamidine, 0.1 M NaCl, 50 mM CaCl2 mixed 1+1 with 32-35% AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 4000, 0.1 M Bicine-NaOH pH 8.5, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→49.67 Å / Num. obs: 63461 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.54 % / Biso Wilson estimate: 26.881 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 14.82 / Num. measured all: 351809
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.66-1.70.6482.3923896461545910.7980.7299.5
1.7-1.750.4883.4725325451145090.8910.538100
1.75-1.80.3694.424717439943990.9310.407100
1.8-1.860.2835.6824249429442930.9570.312100
1.86-1.920.2227.0223184412241190.9760.24599.9
1.92-1.980.1699.1722724402340210.9830.187100
1.98-2.060.13711.1821854387138710.9880.151100
2.06-2.140.11213.4121180376137580.9910.12499.9
2.14-2.240.10514.6219570358735640.9920.11799.4
2.24-2.350.091719089344234300.9940.09999.7
2.35-2.470.07618.8418354327032700.9950.084100
2.47-2.620.06721.0717491313131270.9960.07499.9
2.62-2.810.05923.416305292729190.9970.06699.7
2.81-3.030.05325.3915341275127450.9970.05999.8
3.03-3.320.04728.4513968254125340.9980.05299.7
3.32-3.710.04230.6712534230322980.9980.04699.8
3.71-4.290.03931.9711048204820380.9980.04399.5
4.29-5.250.03332.479496176517630.9990.03699.9
5.25-7.420.02831.717458139713960.9990.03299.9
7.42-49.670.02231.4340268348160.9990.02597.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.66→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.458 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The numbering follows that of the unprocessed precursor The binding mode induces strained geometry in Ser423, which is an outlier in the Ramachandran plot. The main-chain GLY425-GLY427 is ...詳細: The numbering follows that of the unprocessed precursor The binding mode induces strained geometry in Ser423, which is an outlier in the Ramachandran plot. The main-chain GLY425-GLY427 is largely disordered, GLN426 was modelled as ALA.. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 3156 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.1826 59528 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.21 Å2 / Biso mean: 20.014 Å2 / Biso min: 13.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2372 0 69 358 2799
Biso mean--34.33 36.31 -
残基数----308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9763689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.683.0074459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2855357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.07722.696115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41815440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8781524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.791.51614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.151.5659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45322641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86931070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.034.51024
LS精密化 シェル解像度: 1.657→1.7 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 208 -
Rwork0.263 3950 -
all-4158 -
obs--88.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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