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- PDB-5oyj: Crystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oyj
タイトルCrystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b
要素
  • DARPin D4b
  • Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / glycoprotein receptor kinase designed ankyrin repeat protein angiogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydrogen sulfide / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development ...cellular response to hydrogen sulfide / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development / endocardium development / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / positive regulation of vasculogenesis / endothelial cell differentiation / lymph vessel development / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / epithelial cell maturation / anchoring junction / positive regulation of positive chemotaxis / embryonic hemopoiesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / lung alveolus development / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of MAPK cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of macroautophagy / semaphorin-plexin signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / calcium ion homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / VEGFR2 mediated cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / cell migration / cell junction / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Ankyrin repeat-containing domain / Immunoglobulin domain ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Ankyrin repeat-containing domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / ACETATE ION / CACODYLATE ION / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Piscitelli, C.L. / Thieltges, K.M. / Markovic-Mueller, S. / Binz, H.K. / Ballmer-Hofer, K.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
スイス
引用ジャーナル: Angiogenesis / 年: 2018
タイトル: Characterization of a drug-targetable allosteric site regulating vascular endothelial growth factor signaling.
著者: Thieltges, K.M. / Avramovic, D. / Piscitelli, C.L. / Markovic-Mueller, S. / Binz, H.K. / Ballmer-Hofer, K.
履歴
登録2017年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPin D4b
B: DARPin D4b
C: Vascular endothelial growth factor receptor 2
D: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,56321
ポリマ－89,1864
非ポリマー4,37717
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area40460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.489, 164.559, 70.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-610-

CAC

21C-754-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DARPin D4b


分子量: 18339.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine ...VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine kinase receptor flk-1


分子量: 26253.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1, VEGFR2 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase

-
糖 , 2種, 10分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 277分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.2 M calcium acetate monohydrate, 15% PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.4, cryoprotected with 15% trehalose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月28日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→55.9 Å / Num. obs: 52035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 50.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 2.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3808 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.68 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2722: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.26データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BSJ, 2QYJ

4bsj

2qyj


解像度: 2.38→38.749 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 2582 5.01 %random
Rwork0.1779 ---
obs0.1804 51496 98.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→38.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5915 0 279 270 6464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.068728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1873764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.42580.41371330.36122616X-RAY DIFFRACTION97
2.4258-2.47530.3691320.35142643X-RAY DIFFRACTION97
2.4753-2.52910.40051410.33612634X-RAY DIFFRACTION96
2.5291-2.58790.3191450.29312584X-RAY DIFFRACTION97
2.5879-2.65270.31341450.2592660X-RAY DIFFRACTION98
2.6527-2.72440.30971370.25112703X-RAY DIFFRACTION99
2.7244-2.80450.28731650.23392663X-RAY DIFFRACTION99
2.8045-2.8950.26131470.22712717X-RAY DIFFRACTION100
2.895-2.99840.25331360.21652707X-RAY DIFFRACTION100
2.9984-3.11840.25891510.19492725X-RAY DIFFRACTION100
3.1184-3.26030.24521350.18942728X-RAY DIFFRACTION100
3.2603-3.43210.24831480.17472736X-RAY DIFFRACTION100
3.4321-3.6470.25921360.17432735X-RAY DIFFRACTION99
3.647-3.92830.18381710.14722730X-RAY DIFFRACTION100
3.9283-4.32310.16111180.12572782X-RAY DIFFRACTION100
4.3231-4.94760.17321370.11792786X-RAY DIFFRACTION100
4.9476-6.22930.1611610.14982818X-RAY DIFFRACTION100
6.2293-38.75360.24191440.17192947X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19812.6733.6762.72941.45119.5240.7612-0.65210.05130.4244-0.6460.32220.3526-0.9685-0.10680.5837-0.02980.14080.5287-0.03240.8327-44.1167-10.22-25.5509
23.59275.49591.96478.50543.02085.3598-0.54241.0074-0.4477-0.50020.7504-0.68690.85330.3911-0.18990.7498-0.03710.16380.44220.02480.7954-38.5606-13.7473-33.2823
33.54640.88710.49164.6285-0.66331.3237-0.1809-0.0489-0.56080.21240.16030.19070.0734-0.07980.0270.3625-0.02960.11770.3558-0.05130.3088-38.05265.0974-33.2674
46.53822.3432.17387.7285-1.47412.4355-0.32510.19120.2849-0.07710.16350.1343-0.3065-0.09630.10340.3043-0.05330.02970.44430.01120.2594-31.159420.8501-36.9936
55.52573.55845.22426.98383.35175.51160.10110.84790.5511-1.00590.30460.6539-0.2551-0.1327-0.29910.4718-0.0383-0.00180.54540.04150.456-25.134223.3834-41.6465
68.61-4.9330.13643.31220.89962.386-0.0493-0.08480.65381.9052-0.39050.98250.3842-1.07740.41770.9195-0.10380.10590.75190.00720.5755-79.045327.6947-13.1695
75.4055.11-5.09495.8239-5.74075.72810.5688-1.7353-0.15281.9038-0.14740.12910.6942-0.0454-0.39271.452-0.06780.05931.21180.1430.8283-73.922930.4431-5.5252
85.00910.2090.11883.6918-1.3569.50770.2401-0.575-0.88111.27330.15570.92090.3795-0.7051-0.33480.7031-0.00760.0010.4480.18270.7803-73.207426.3924-17.8971
92.78860.1768-2.87793.5873-4.98259.41270.1592-1.1683-0.23612.3169-0.5356-1.01170.50190.79060.23120.9245-0.0027-0.2580.59930.12490.6209-64.664428.1226-10.2415
106.9924-1.5840.39765.44740.7287.670.5788-0.0013-1.2071.1914-0.15330.52710.60520.2998-0.30920.6081-0.0868-0.18450.40020.1410.9624-68.32922.597-25.3296
115.0898-3.53312.24813.6922-2.97922.7481-0.1301-0.50240.26620.9036-0.01130.01090.00290.13090.06370.6301-0.0285-0.18940.44860.04250.8875-60.976232.4239-21.6049
129.2368-1.44015.90345.6864-0.06593.91780.32690.0703-1.14670.19890.5316-0.7999-0.08890.0218-0.95260.6553-0.0171-0.16710.47050.0220.9099-61.206424.4329-29.9956
136.07-2.1017-2.10626.8572-2.18827.0452-0.1169-0.1994-0.23860.20360.3015-1.28340.04750.1969-0.16990.3523-0.0059-0.08060.2394-0.0980.7539-56.220135.3214-29.5647
146.0925-1.2571-0.28568.8888-0.62756.55390.04820.6615-0.9035-0.02370.4923-1.63340.3520.396-0.48450.4757-0.05350.00870.5921-0.23391.043-57.221827.4992-39.9864
156.5993-3.9878-3.63612.92781.67442.5560.27750.7321-1.0671-0.93390.4261-1.96340.3101-0.3137-0.66350.6222-0.04390.08060.7369-0.25540.9635-56.850438.6336-41.5932
164.2541-3.90261.35334.0743-0.98398.47730.67630.30511.544-0.8037-0.3261-2.5584-0.60581.559-0.27740.6302-0.14620.08460.9056-0.1441.197-48.641539.2224-37.1898
173.37521.5879-1.9422.81411.46827.6813-0.4422-1.29391.28510.30770.8569-0.95320.35221.0376-0.39160.44770.0185-0.04350.5318-0.1310.4799-5.791231.3103-33.7375
186.1753-3.9357-2.12215.0821.42561.90910.11860.13510.6001-0.36090.055-0.0722-0.3623-0.1313-0.15580.40970.0243-0.00650.36680.06530.4557-20.457441.9012-39.9675
198.3675-6.0976-6.11064.77284.91795.5999-0.1188-0.15560.27030.03060.1676-0.0530.0350.03930.04870.3293-0.0290.02060.3484-0.0110.4533-20.848935.3267-36.6101
204.9805-3.6984-3.59195.60083.65693.71921.27721.46630.952-1.3797-0.9106-0.6659-0.7246-0.06810.02470.60380.02170.11220.59710.09220.6648-45.888864.085-30.9266
214.0838-2.0753-0.96067.27282.36731.1384-0.26180.1114-0.1030.58170.268-0.0330.23830.04910.0350.45150.02370.0330.4859-0.01790.4588-49.70565.4499-20.8883
222.7199-1.6848-0.93459.5096-0.28672.1942-0.2505-0.40990.01510.32540.1564-0.9018-0.23420.1860.21720.4596-0.04070.03250.5478-0.04260.6408-44.412674.4872-19.1891
233.2685-1.6578-0.64033.69271.45261.839-0.1346-0.1311-0.55380.97950.15950.00950.20930.0721-0.00440.5311-0.00110.03060.4128-0.00690.5888-53.046259.1993-19.8968
241.05811.17470.97272.55731.04372.4728-0.0740.10350.11890.2847-0.13150.1587-0.09180.0933-0.06660.3666-0.00730.04810.4119-0.03290.455-50.001969.1277-23.4605
255.738-0.0964-2.4223.01470.77226.09910.071-0.3264-0.28580.44380.0368-0.3740.17370.3582-0.11570.50610.0267-0.03310.3899-0.00030.3487-21.38298.5636-23.1794
260.60820.6867-1.80412.1474-3.59257.1072-0.44350.4397-0.4911-0.5165-0.11920.47350.887-0.38030.62320.6859-0.11010.00520.7312-0.08190.5074-44.28048.375417.2493
272.1653-0.09-2.45553.20550.05866.49170.16340.280.2954-0.39690.02120.6777-0.0083-0.2481-0.17010.4833-0.041-0.08090.69240.01030.4835-45.240716.39314.0709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 35 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 125 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 155 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 169 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 13 through 23 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 24 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 59 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 60 through 69 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 70 through 82 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 83 through 101 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 102 through 115 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 116 through 135 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 136 through 148 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 149 through 158 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 159 through 169 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 322 through 338 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 339 through 389 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 390 through 418 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 419 through 433 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 434 through 465 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 466 through 493 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 494 through 525 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 526 through 552 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 322 through 418 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 419 through 440 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 441 through 553 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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