PDB-5oy5: Monomeric crystal structure of RpBphP1 photosensory core domain f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oy5

タイトル

Monomeric crystal structure of RpBphP1 photosensory core domain from the bacterium Rhodopseudomonas palustris

要素

BphP1

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Bacteriophytochrome / Gene Repressor / Biliverdin

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of visible light / phosphorelay signal transduction system / photoreceptor activity / kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Papiz, M.Z. / Bellini, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the light-induced molecular switch of the bacteriophytochrome RpBphP1 probed by SAXS, modelling and UV-Vis optical properties
著者: Papiz, M.Z. / Bellini, D.

履歴

登録	2017年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oy5.cif.gz	216.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oy5.ent.gz	173.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oy5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oy5_validation.pdf.gz	797.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oy5_full_validation.pdf.gz	821.4 KB	表示
XML形式データ	5oy5_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	5oy5_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oy5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gw9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dkj-1 6dkj-2 3mxw-d 6d1q-d 3127 1rvg-1 7cgw-2 2dq4-d 3iif-d 6ddr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (14) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (14)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (2)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: BphP1

ヘテロ分子

58.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.780, 92.780, 449.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	BphP1 分子量: 57772.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌) 株: ATCC BAA-98 / CGA009 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161I5N6
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.77 % / 解説: Bipyramid 0.6 mm
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4% PGA (poly-gamma-glutamic acid polymer), 200 mM KBr and 100 mM TrisHCl pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月23日詳細: Kirkpatrick Baez (KB) bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→79 Å / Num. obs: 34645 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2758 / R_sym value: 0.62 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GW9

4gw9

解像度: 2.6→79.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 15.214 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1840	5 %	RANDOM
R_work	0.19162	-	-	-
obs	0.19408	34645	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0.14 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→79.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3796	0	43	218	4057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.011	1.976	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.654	5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.642	22.784	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.127	15	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.153	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.703	3.12	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.939	4.672	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.785	3.398	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	18.032	44.504	6147
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	133	-
R_work	0.342	2490	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.681	0.8053	0.1909	2.6793	0.1655	3.4007	0.0393	-0.3023	-0.108	0.3593	-0.1673	-0.1323	0.004	-0.0688	0.128	0.5413	-0.0587	-0.007	0.1294	0.0459	0.0271	9.166	-2.921	18.026
2	3.3774	0.9555	2.7447	2.2847	2.1974	6.8019	0.0011	-0.2605	-0.1932	-0.2486	0.1985	-0.3546	-1.2254	0.8913	-0.1996	0.9417	-0.5785	0.1384	0.4562	0.0146	0.2182	28.634	22.554	39.555

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	341 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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