[日本語] English
万見
- PDB-5oy5: Monomeric crystal structure of RpBphP1 photosensory core domain f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oy5
タイトルMonomeric crystal structure of RpBphP1 photosensory core domain from the bacterium Rhodopseudomonas palustris
要素BphP1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Bacteriophytochrome / Gene Repressor / Biliverdin
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / phosphorelay signal transduction system / photoreceptor activity / kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / BphP1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Papiz, M.Z. / Bellini, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/E002609/2 英国
STFC Darebury Laboratory 英国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the light-induced molecular switch of the bacteriophytochrome RpBphP1 probed by SAXS, modelling and UV-Vis optical properties
著者: Papiz, M.Z. / Bellini, D.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer swapping with a gene repressor.
著者: Bellini, D. / Papiz, M.Z.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BphP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3552
ポリマ－57,7731
非ポリマー5831
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.780, 92.780, 449.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 BphP1


分子量: 57772.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161I5N6
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.77 % / 解説: Bipyramid 0.6 mm
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4% PGA (poly-gamma-glutamic acid polymer), 200 mM KBr and 100 mM TrisHCl pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月23日
詳細: Kirkpatrick Baez (KB) bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→79 Å / Num. obs: 34645 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2758 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GW9

4gw9


解像度: 2.6→79.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 15.214 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1840 5 %RANDOM
Rwork0.19162 ---
obs0.19408 34645 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.14 Å2-0 Å2
2---0.29 Å2-0 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→79.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3796 0 43 218 4057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0111.9765348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6545490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64222.784176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.12715619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1531539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.0213024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7033.121963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9394.6722452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7853.3981964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.03244.5046147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 133 -
Rwork0.342 2490 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6810.80530.19092.67930.16553.40070.0393-0.3023-0.1080.3593-0.1673-0.13230.004-0.06880.1280.5413-0.0587-0.0070.12940.04590.02719.166-2.92118.026
23.37740.95552.74472.28472.19746.80190.0011-0.2605-0.1932-0.24860.1985-0.3546-1.22540.8913-0.19960.9417-0.57850.13840.45620.01460.218228.63422.55439.555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2A341 - 507

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る