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- PDB-5ox6: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with Vadadustat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ox6
タイトルHIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with Vadadustat
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / enzyme inhibitor activity / regulation of angiogenesis / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ferrous iron binding / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain ...: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vadadustat / : / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Zhang, D. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Molecular and cellular mechanisms of HIF prolyl hydroxylase inhibitors in clinical trials.
著者: Yeh, T.L. / Leissing, T.M. / Abboud, M.I. / Thinnes, C.C. / Atasoylu, O. / Holt-Martyn, J.P. / Zhang, D. / Tumber, A. / Lippl, K. / Lohans, C.T. / Leung, I.K.H. / Morcrette, H. / Clifton, I.J. ...著者: Yeh, T.L. / Leissing, T.M. / Abboud, M.I. / Thinnes, C.C. / Atasoylu, O. / Holt-Martyn, J.P. / Zhang, D. / Tumber, A. / Lippl, K. / Lohans, C.T. / Leung, I.K.H. / Morcrette, H. / Clifton, I.J. / Claridge, T.D.W. / Kawamura, A. / Flashman, E. / Lu, X. / Ratcliffe, P.J. / Chowdhury, R. / Pugh, C.W. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2013
タイトル: Selective small molecule probes for the hypoxia inducible factor (HIF) prolyl hydroxylases.
著者: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / McDonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / ...著者: Chowdhury, R. / Candela-Lena, J.I. / Chan, M.C. / Greenald, D.J. / Yeoh, K.K. / Tian, Y.M. / McDonough, M.A. / Tumber, A. / Rose, N.R. / Conejo-Garcia, A. / Demetriades, M. / Mathavan, S. / Kawamura, A. / Lee, M.K. / van Eeden, F. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2015
タイトル: Potent and Selective Triazole-Based Inhibitors of the Hypoxia-Inducible Factor Prolyl-Hydroxylases with Activity in the Murine Brain.
著者: Chan, M.C. / Atasoylu, O. / Hodson, E. / Tumber, A. / Leung, I.K. / Chowdhury, R. / Gomez-Perez, V. / Demetriades, M. / Rydzik, A.M. / Holt-Martyn, J. / Tian, Y.M. / Bishop, T. / Claridge, T. ...著者: Chan, M.C. / Atasoylu, O. / Hodson, E. / Tumber, A. / Leung, I.K. / Chowdhury, R. / Gomez-Perez, V. / Demetriades, M. / Rydzik, A.M. / Holt-Martyn, J. / Tian, Y.M. / Bishop, T. / Claridge, T.D. / Kawamura, A. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8357
ポリマ－28,0971
非ポリマー7386
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MONOMER IN SOLUTION
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.088, 111.088, 39.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 28096.941 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 181-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-A1Z / Vadadustat / GSK128863 / AKB-6548


分子量: 306.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11ClN2O4 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4000, Sitting drop (300 nl), protein-to-well ratio, 2:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→36.362 Å / Num. obs: 19366 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.076 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1883 / CC1/2: 0.438 / Rpim(I) all: 0.52 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000706Eデータ削減
HKL-2000706Eデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BQX

4bqx


解像度: 1.99→36.362 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 1040 5.39 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1759 19297 98.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→36.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1713 0 44 127 1884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0272510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.011080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9901-2.0950.30631640.27192533X-RAY DIFFRACTION97
2.095-2.22620.26371520.23052561X-RAY DIFFRACTION97
2.2262-2.39810.24221370.19932589X-RAY DIFFRACTION98
2.3981-2.63940.19661330.18882608X-RAY DIFFRACTION98
2.6394-3.02110.20941450.15992613X-RAY DIFFRACTION99
3.0211-3.80570.17661760.15082615X-RAY DIFFRACTION99
3.8057-36.3620.19421330.16372738X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4489-0.1374-0.11680.566-0.68340.94390.05110.0390.6041-0.2169-0.1822-0.87040.67450.297-0.03130.3173-0.0456-0.04390.3574-0.0690.675634.3072127.8793-0.5476
21.162-0.8197-0.0241.84162.07023.61190.5268-0.03090.3188-0.2430.172-1.2655-0.76590.9960.49820.0488-0.04-0.13150.4173-0.06140.564631.2003119.2103-1.8161
32.4124-0.6229-0.2330.59080.58310.7515-0.12350.0192-0.8981.2360.1049-0.35390.85130.1764-0.1120.66070.066-0.22590.34660.0690.372321.7371105.95359.7172
41.2868-0.7175-0.83211.1611-0.16660.95680.02320.1685-0.47870.632-0.43580.79760.6392-0.4506-0.12180.4319-0.09140.05820.3455-0.08550.38776.881107.829-0.3183
51.1233-0.5591-0.31480.26190.12670.05160.0515-0.56980.50890.99460.1758-0.48470.21790.22390.04420.5396-0.0351-0.18120.3713-0.08080.405524.6904123.3859.3189
60.22950.0623-0.52030.0429-0.11611.1882-0.01410.25520.90620.04270.2092-0.7018-0.4868-0.53730.00270.39590.01540.03060.3482-0.02620.589923.2164135.7920.1011
70.6569-0.26520.06610.4896-0.68620.9220.0378-0.0781-0.16980.22040.208-0.2160.24230.2374-0.00050.2881-0.0221-0.00310.2301-0.02630.235314.3722113.47440.6419
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130.2681-0.2169-0.2080.16340.18720.2185-0.04670.3109-0.1771-0.81410.0087-0.94430.2699-0.0406-0.00090.4411-0.0020.02750.2755-0.04990.219518.6873111.1358-12.2898
141.1490.3206-0.42040.18370.04690.34770.106-0.01530.22720.2534-0.1101-0.46710.06630.1159-0.00030.292-0.0226-0.04480.2446-0.03790.254917.8187118.62480.3776
150.0747-0.1013-0.11550.12760.15320.18730.09560.062-0.5378-0.67030.14030.1057-0.47520.24820.00170.29710.0489-0.01940.2550.00530.42177.7398135.9747-1.7228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 188:204)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 205:215)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 216:232)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 233:266)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 267:283)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 284:293)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 294:306)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 307:320)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 321:335)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 336:350)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 351:361)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 362:371)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 372:381)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 382:392)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 393:403)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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