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万見
- PDB-5owf: Structure of a LAO-binding protein mutant with glutamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5owf
タイトルStructure of a LAO-binding protein mutant with glutamine
要素Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ligand specificity / protein design / binding pocket / periplasmatic binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Specific amino acids and opine-binding periplasmic protein, ABC transporter / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Shanmugaratnam, S. / Banda-Vazquez, J. / Sosa-Peinado, A. / Hocker, B.
資金援助 ドイツ, メキシコ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationHO 4022/2-3 ドイツ
CONACyT167838 メキシコ
PapiitIN214512-3 メキシコ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Redesign of LAOBP to bind novel l-amino acid ligands.
著者: Banda-Vazquez, J. / Shanmugaratnam, S. / Rodriguez-Sotres, R. / Torres-Larios, A. / Hocker, B. / Sosa-Peinado, A.
履歴
登録2017年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,93123
ポリマ－28,3771
非ポリマー1,55422
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.972, 58.730, 115.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein


分子量: 28376.895 Da / 分子数: 1 / 変異: L138K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02911

-
非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % / 解説: cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 150 mM potassium bromide, 30 % (wt/vol) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射モノクロメーター: Si111 DCM with sagital bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→41.14 Å / Num. obs: 20131 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 29.0530958083 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1741 / Rpim(I) all: 0.05782 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.91→2.03 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.954 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 1946 / CC1/2: 0.375 / Rpim(I) all: 0.7327 / % possible all: 97.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSBUILT=20170615データ削減
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf


解像度: 1.91→41.14 Å / SU ML: 0.201763309589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35048228562 / 位相誤差: 23.6496531516
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231402868687 1007 5.0022353584 %
Rwork0.18955398062 --
obs0.191660731496 20131 99.5253868591 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.6270379095 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→41.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 101 145 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006336184986291941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7603071590092575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049882353218275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00413479667666330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.629682106071590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9099-2.01060.3168183079771390.2989419354972641X-RAY DIFFRACTION98.0253878702
2.0106-2.13650.3005791324751410.2412840106332683X-RAY DIFFRACTION99.8232591022
2.1365-2.30150.2624246143611430.2053502691262712X-RAY DIFFRACTION99.8251748252
2.3015-2.5330.2388274951761420.1893715434742699X-RAY DIFFRACTION99.8594024605
2.533-2.89950.2233614412081440.1802481870242730X-RAY DIFFRACTION99.7916666667
2.8995-3.65270.2118564356471450.1680245144512767X-RAY DIFFRACTION99.6918863403
3.6527-41.15290.2146250960191530.1793890443112892X-RAY DIFFRACTION99.6726677578
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.28256792133-0.5014269521940.6611241893914.298167732030.5535281616165.020161444740.166070158878-0.03939179167760.2073817810890.0836606212143-0.0181934764673-0.206010562256-0.3061550846890.158521239862-0.1757702994150.151998853403-0.0207707922031-0.002263326480660.219917805216-0.007540772254530.16412131066428.629814484865.170862072947.0385127668
27.1423313961-5.10725484785-0.2164964421417.24220408124-0.2039755158711.90382809041-0.2035696268790.07158339405730.3655589792770.1224405944930.27611791284-0.342694226142-0.5233693859850.0840245330137-0.04188701059670.29935585651-0.08170657315760.01657364880720.298835982120.003718282949880.23060417147530.304756904869.924434807240.9072797798
33.121342192840.09190068576940.8237229046213.44145390890.2529104098343.23281025607-0.0229586722766-0.09812541176440.2201749846160.155358686242-0.0361128513786-0.0865296817772-0.1937078322760.1322665950910.04494855833540.1618741988850.01668080977830.0303968084740.2318902057840.002778623149120.1632984357119.664496017566.770778650750.1037875649
43.12385717320.490906818081-0.8655299928453.390990338420.1610140803573.75434573245-0.09737937882220.152990708696-0.448845072933-0.05415013230580.0806582179198-0.3434379076650.419848072438-0.1616815367060.01836095024950.222801514011-0.01578594919820.000604403331430.184539825259-0.02090053371560.21309045814821.89010149844.111545204346.2277561471
51.56002981073-0.016542286713-0.621885409373.74243141329-0.7000192533021.58889020445-0.01197882412940.220208762340.203556681079-0.3294186009850.1231422676860.0769018145152-0.134680758109-0.148550261318-0.08575855480860.2330728625020.0144490204251-0.05514921864980.3393882840860.02023258272710.20933872451917.410362774266.335722754638.5985023786
61.999904476251.894975548393.648398774796.34227962312-1.342395120851.594743453390.83144644869-2.4804494857-0.2557103162080.6036521163780.421627092915-3.33128810272-0.1783941031398.73597710259-1.214221405280.3906580225850.04750521718090.03677548224910.904385948331-0.1097370103280.6116868353219.809376090757.241721291147.3692636984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 201 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 1 through 1 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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