PDB-5ovy: Crystal structure of MAB_4384 tetR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ovy

タイトル

Crystal structure of MAB_4384 tetR

要素

Putative transcriptional regulator, TetR family

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / TetR / efflux pump regulation / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Richard, M. / Gutierrez, A.V. / Viljoen, A. / Ghigo, E. / Blaise, M. / Kremer, L.

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Mechanistic and Structural Insights Into the Unique TetR-Dependent Regulation of a Drug Efflux Pump inMycobacterium abscessus.
著者: Richard, M. / Gutierrez, A.V. / Viljoen, A.J. / Ghigo, E. / Blaise, M. / Kremer, L.

履歴

登録	2017年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ovy.cif.gz	176.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ovy.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ovy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ovy_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ovy_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	5ovy_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5ovy_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6i4h-d 3e9k-d 1w2s-d 1y0p-d 3r12-d 1d4d-d 5xcv-2 5yh8-d 1kss-d 3ue8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Putative transcriptional regulator, TetR family

A: Putative transcriptional regulator, TetR family

49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.800, 100.820, 56.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative transcriptional regulator, TetR family 分子量: 24779.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the first G is from expression Tag 由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 遺伝子: MAB_4384 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 rosetta 2 pLyS / 参照: UniProt: B1MJU8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative transcriptional regulator, TetR family

分子量: 24779.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the first G is from expression Tag
由来: (組換発現)

Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543
遺伝子: MAB_4384 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 rosetta 2 pLyS / 参照: UniProt: B1MJU8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM cacodylate pH6.5, 0,2 M MgCl2, 16 pourcent PEG 8000, 5 pourcent dimethylsulfoxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→36.58 Å / Num. obs: 31705 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.09
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 3193 / % possible all: 93.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→36.58 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	2000	6.31 %
R_work	0.1847	-	-
obs	0.1865	31696	92.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3167	0	0	282	3449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.452	4367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.345	1935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9476	0.3431	146	0.3148	2165	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9476-2.0002	0.3425	143	0.2983	2130	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0002-2.0591	0.3372	146	0.2717	2158	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0591-2.1255	0.3015	142	0.238	2105	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1255-2.2015	0.2867	138	0.2311	2062	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2015-2.2896	0.26	147	0.2108	2180	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2896-2.3938	0.2416	147	0.2074	2186	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3938-2.52	0.2301	146	0.1873	2156	X-RAY DIFFRACTION	94
2.52-2.6778	0.2268	138	0.1981	2046	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6778-2.8845	0.2386	147	0.2	2189	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8845-3.1747	0.2101	143	0.1954	2127	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1747-3.6337	0.1832	140	0.1674	2066	X-RAY DIFFRACTION	90
3.6337-4.5767	0.1727	143	0.144	2136	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5767-36.8443	0.1708	134	0.1575	1990	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9658	0.1605	-1.1031	0.6868	-0.1818	5.0979	-0.0704	0.1717	-0.0181	-0.1244	0.0416	-0.0443	0.2278	0.1434	0.0215	0.2206	-0.0071	0.007	0.2075	0.0019	0.2538	-11.9741	3.6533	-9.1289
2	2.4321	-0.4789	0.884	5.9626	-1.0006	4.8097	-0.014	0.1584	0.0351	0.005	-0.0329	-0.3002	-0.0468	0.2173	0.0564	0.1384	0.0025	0.0189	0.1797	-0.0265	0.2336	-18.7895	17.011	-0.6172
3	9.2472	1.0146	6.5341	4.9997	-0.3871	4.8048	0.144	-0.6067	-0.1346	0.0485	-0.0203	0.3065	0.4649	-0.8199	-0.3488	0.2689	-0.0413	0.0344	0.3173	0.0227	0.3928	-30.5076	6.2763	5.7824
4	3.1604	-4.1503	2.0111	5.8497	-1.2529	8.9522	-0.1529	-0.3213	0.1099	-0.3718	0.0027	0.5057	-0.6636	-1.1068	0.147	0.3446	0.0022	-0.0837	0.47	-0.0293	0.4336	-44.6669	28.9666	-19.2571
5	1.9486	0.2677	2.8064	2.4483	1.1637	8.9934	-0.2279	0.0508	0.0122	-0.1669	0.1947	0.2783	-0.6104	-0.3047	0.0103	0.2197	-0.0006	0.0179	0.2373	0.0278	0.3473	-38.0175	31.6754	-6.1162
6	1.3864	-0.4696	1.4976	4.495	-2.552	3.6888	-0.1068	0.1357	0.1222	0.1288	0.0399	-0.0096	-0.5458	0.0889	0.0336	0.2062	0.0046	0.0532	0.2791	0.0024	0.2902	-28.8589	32.2149	-0.7169
7	5.1657	1.5727	0.319	6.1995	-0.0099	3.5984	-0.0209	-0.0744	0.1572	0.0609	0.094	0.0393	-0.23	-0.0032	-0.0857	0.1779	0.0599	-0.0003	0.1501	0.0159	0.2577	-25.2026	21.402	2.0639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 11 through 152 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 153 through 189 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 190 through 212 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 14 through 46 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 47 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 105 through 153 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 154 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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