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- PDB-5ovu: Cupriavidus metallidurans BPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovu
タイトルCupriavidus metallidurans BPH
要素BETA-PROTEOBACTERIA PROTEASOME HOMOLOGUE
キーワードHYDROLASE / Protein Degradation / beta-proteobacteria proteasome homologue
機能・相同性proteasome core complex / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / proteolysis involved in protein catabolic process / MALONATE ION / 20S proteasome, A and B subunits
機能・相同性情報
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fuchs, A.C.D. / Albrecht, R. / Martin, J. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of the bacterial proteasome homolog BPH reveals a tetradecameric double-ring complex with unique inner cavity properties.
著者: Fuchs, A.C.D. / Maldoner, L. / Hipp, K. / Hartmann, M.D. / Martin, J.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-PROTEOBACTERIA PROTEASOME HOMOLOGUE
B: BETA-PROTEOBACTERIA PROTEASOME HOMOLOGUE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6776
ポリマ－43,2692
非ポリマー4084
水2,288127
1
A: BETA-PROTEOBACTERIA PROTEASOME HOMOLOGUE
B: BETA-PROTEOBACTERIA PROTEASOME HOMOLOGUE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,06136
ポリマ－259,61212
非ポリマー2,44924
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area46650 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area75670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.496, 96.496, 75.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 188 / Label seq-ID: 1 - 188

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 BETA-PROTEOBACTERIA PROTEASOME HOMOLOGUE / BPH


分子量: 21634.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
遺伝子: Rmet_1198 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1LP42
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.4, 1.5 M sodium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.9 Å / Num. obs: 23627 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.39 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 9.33 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 3757 / CC1/2: 0.796 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OVS

5ovs


解像度: 2.1→37.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 16.03 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25227 1182 5 %RANDOM
Rwork0.23693 ---
obs0.2377 22444 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0.56 Å2-0 Å2
2---1.13 Å2-0 Å2
3---3.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→37.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 28 127 3014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9191.953972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70636287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3835369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.46722.95139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5115472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6771526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4142.3781482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4142.3771481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7333.5611846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7333.5611847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.432.4811460
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4282.4791458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7373.6882125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.91618.7873130
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.87418.6383107
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10811 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 74 -
Rwork0.348 1636 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5358-0.0140.54611.13950.50881.53370.0267-0.2136-0.11950.1305-0.0147-0.03780.1198-0.0066-0.01210.0366-0.00480.0370.03560.01460.1039-18.3542-25.48-0.1972
21.219-0.0101-0.34711.4426-0.57781.732-0.02180.22530.0302-0.20250.06120.11190.0182-0.1236-0.03940.0326-0.0091-0.02220.0641-0.03580.1209-25.3237-18.6757-34.6771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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