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- PDB-5ot4: Structure of the Legionella pneumophila effector RidL (1-866) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ot4
タイトルStructure of the Legionella pneumophila effector RidL (1-866)
要素Interaptin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Retromer / Legionella pneumophila
機能・相同性: / Interaptin
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Romano-Moreno, M. / Rojas, A.L. / Lucas, M. / Isupov, M.N. / Hierro, A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism for the subversion of the retromer coat by the Legionella effector RidL.
著者: Romano-Moreno, M. / Rojas, A.L. / Williamson, C.D. / Gershlick, D.C. / Lucas, M. / Isupov, M.N. / Bonifacino, J.S. / Machner, M.P. / Hierro, A.
履歴
登録2017年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年1月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interaptin
B: Interaptin
C: Interaptin
D: Interaptin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,1195
ポリマ－406,0274
非ポリマー921
水00
1
A: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5071
ポリマ－101,5071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interaptin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5992
ポリマ－101,5071
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5071
ポリマ－101,5071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5071
ポリマ－101,5071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)242.648, 230.909, 86.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Interaptin


分子量: 101506.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lp12_2303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UZ99, UniProt: Q5ZT54*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 M sodium fluoride, 14-16% PEG 3350 0.1 M Bis-tris propane pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→167.27 Å / Num. obs: 93761 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.954 % / Biso Wilson estimate: 104.762 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 651993
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.196.5462.3150.749719915184148490.3412.51797.8
3.19-3.417.2371.0791.7210277914321142020.7661.16299.2
3.41-3.687.0910.5173.69381213337132300.9290.55899.2
3.68-4.036.7480.2377.328230712298121980.9820.25799.2
4.03-4.57.2230.1214.067994711141110680.9950.12999.3
4.5-5.196.8240.07520.3266456980497390.9980.08199.3
5.19-6.337.2610.06324.660539835483380.9980.06799.8
6.33-8.886.8190.03537.8544094650164660.9990.03899.5
8.88-167.276.7720.0356.1124860372936710.9990.03298.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→167.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 32.879 / SU ML: 0.536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.487 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2949 4953 5.2 %RANDOM
Rwork0.2286 ---
obs0.2321 89952 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 220 Å2 / Biso mean: 122.624 Å2 / Biso min: 58.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å23.95 Å2
2--5.09 Å20 Å2
3----3.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→167.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26226 0 6 0 26232
Biso mean--166.75 --
残基数----3311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01926634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0225185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.97735888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07358788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.59753297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.74125.6011282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.121155091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.42215143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.24034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024897
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 349 -
Rwork0.434 6630 -
all-6979 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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