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- PDB-5osn: Crystal Structure of Bovine Enterovirus 2 determined with Serial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5osn
タイトルCrystal Structure of Bovine Enterovirus 2 determined with Serial Femtosecond X-ray Crystallography
要素(Capsid protein) x 4
キーワードVIRUS / ENTEROVIRUS / PICORNAVIRUS / ICOSAHEDRAL VIRUS / FEMTOSECOND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY / X-RAY FREE ELECTRON LASERS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / : / octyl sulfate / SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus E (エンテロウイルス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. ...Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. / Reime, B. / Warmer, M. / Brewster, A.S. / Young, I.D. / Michels-Clark, T. / Sauter, N.K. / Kotecha, A. / Kelly, J. / Rowlands, D.J. / Sikorsky, M. / Nelson, S. / Damiani, D.S. / Alonso-Mori, R. / Ren, J. / Fry, E.E. / David, C. / Stuart, D.I. / Wagner, A. / Meents, A.
引用ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2017
タイトル: High-speed fixed-target serial virus crystallography.
著者: Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. / Reime, B. / Warmer, M. / Brewster, A.S. / Young, I.D. ...著者: Roedig, P. / Ginn, H.M. / Pakendorf, T. / Sutton, G. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Meyer, J. / Fischer, P. / Duman, R. / Vartiainen, I. / Reime, B. / Warmer, M. / Brewster, A.S. / Young, I.D. / Michels-Clark, T. / Sauter, N.K. / Kotecha, A. / Kelly, J. / Rowlands, D.J. / Sikorsky, M. / Nelson, S. / Damiani, D.S. / Alonso-Mori, R. / Ren, J. / Fry, E.E. / David, C. / Stuart, D.I. / Wagner, A. / Meents, A.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年8月30日ID: 5MQU
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / refine_ls_restr_ncs / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12018年10月10日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: computing / entity / Item: _entity.formula_weight
改定 2.22018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn / entity
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight
改定 2.32019年7月31日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_xplor_file / refine / Item: _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id
改定 2.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,70011
ポリマ－91,8314
非ポリマー8697
水6,089338
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,562,018660
ポリマ－5,509,863240
非ポリマー52,156420
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation48
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)436.600, 436.600, 436.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1generate(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, 0.309017, -0.5), (0.309017, 0.5, 0.809017)
3generate(-0.309017, -0.5, 0.809017), (0.5, -0.809017, -0.309017), (0.809017, 0.309017, 0.5)
4generate(-0.309017, 0.5, 0.809017), (-0.5, -0.809017, 0.309017), (0.809017, -0.309017, 0.5)
5generate(0.5, 0.809017, 0.309017), (-0.809017, 0.309017, 0.5), (0.309017, -0.5, 0.809017)

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 30217.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus E (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: Q65480
#2: タンパク質 Capsid protein


分子量: 26757.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus E (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: Q65480
#3: タンパク質 Capsid protein


分子量: 27149.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus E (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: Q65480
#4: タンパク質 Capsid protein


分子量: 7705.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus E (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: Q65480

-
非ポリマー , 6種, 345分子

#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#8: 化合物 ChemComp-OSF / octyl sulfate / (硫酸オクチル)アニオン


分子量: 209.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17O4S
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.500 M Ammonium Sulphate 0.100 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.305 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.305 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 235593 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / CC1/2: 0.746 / R split: 0.486 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 2.4 % / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
CNS1.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BEV

1bev


解像度: 2.3→29.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 49218500.33 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. Based on the electron density and local environment, residues LEU 102, HIS 103, ALA 143, ARG 192 and SER 213 of VP3 in UNP Q65480 were identified as PHE, THR, ASN, ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. Based on the electron density and local environment, residues LEU 102, HIS 103, ALA 143, ARG 192 and SER 213 of VP3 in UNP Q65480 were identified as PHE, THR, ASN, ALA and ALA, respectively.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 11604 4.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 235593 78 %-
溶媒の処理Bsol: 107.958 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 49 341 6592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.9210
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.3220
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it13.9712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it15.525
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 1213 4.8 %
Rwork0.326 23846 -
obs--83.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/ion.paramCNS_TOPPAR/ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR/carbohydrate.paramCNS_TOPPAR/carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6CNS_TOPPAR/../mgl.par../mgl.top
X-RAY DIFFRACTION7../osf.par../osf.top
X-RAY DIFFRACTION8../sph.par../sph.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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