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万見
- PDB-5osh: Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5osh
タイトルStructure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236)
要素
  • Interaptin
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 29
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 35
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Retromer / Legionella pneumophila
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / regulation of dendritic spine maintenance / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / positive regulation of Wnt protein secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / WNT ligand biogenesis and trafficking ...neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / regulation of dendritic spine maintenance / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / positive regulation of Wnt protein secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer, cargo-selective complex / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of late endosome to lysosome transport / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to endosome / retromer complex / vesicle-mediated transport in synapse / voluntary musculoskeletal movement / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / transcytosis / regulation of protein metabolic process / dopaminergic synapse / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of mitochondrion organization / positive regulation of protein localization to cell periphery / lysosome organization / positive regulation of mitochondrial fission / regulation of postsynapse assembly / regulation of presynapse assembly / regulation of macroautophagy / D1 dopamine receptor binding / intracellular protein transport / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of protein stability / negative regulation of inflammatory response / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / late endosome / presynapse / early endosome / neuron projection / endosome membrane / lysosome / endosome / postsynaptic density / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Romano-Moreno, M. / Rojas, A.L. / Lucas, M. / Isupov, M.N. / Hierro, A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-59759-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
iNEXTH2020 653706
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism for the subversion of the retromer coat by the Legionella effector RidL.
著者: Romano-Moreno, M. / Rojas, A.L. / Williamson, C.D. / Gershlick, D.C. / Lucas, M. / Isupov, M.N. / Bonifacino, J.S. / Machner, M.P. / Hierro, A.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年1月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
C: Interaptin
D: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
E: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
F: Interaptin
G: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
H: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
I: Interaptin
J: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
K: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
L: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,49912
ポリマ－322,49912
非ポリマー00
水00
1
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
C: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6253
ポリマ－80,6253
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
E: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
F: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6253
ポリマ－80,6253
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
H: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
I: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6253
ポリマ－80,6253
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
K: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
L: Interaptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6253
ポリマ－80,6253
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.201, 173.243, 445.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / hVPS29 / PEP11 homolog / Vesicle protein sorting 29


分子量: 20531.705 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS29, DC15, DC7, MDS007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ0
#2: タンパク質
Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / hVPS35 / Maternal-embryonic 3 / Vesicle protein sorting 35


分子量: 34459.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS35, MEM3, TCCCTA00141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QK1
#3: タンパク質
Interaptin


分子量: 25633.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア)
遺伝子: lp12_2303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UZ99

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→222.89 Å / Num. obs: 93761 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.954 % / Biso Wilson estimate: 104.762 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 651993
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.196.5462.3150.74148490.3412.51797.8
3.19-3.417.2371.0791.72142020.7661.16299.2
3.41-3.687.0910.5173.6132300.9290.55899.2
3.68-4.036.7480.2377.32121980.9820.25799.2
4.03-4.57.2230.1214.06110680.9950.12999.3
4.5-5.196.8240.07520.3297390.9980.08199.3
5.19-6.337.2610.06324.683380.9980.06799.8
6.33-8.886.8190.03537.8564660.9990.03899.5
8.88-222.896.7720.0356.1136710.9990.03298.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.3→222.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 69.519 / SU ML: 0.799 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.945
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3109 2460 5.1 %RANDOM
Rwork0.2537 ---
obs0.2566 46155 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 578.19 Å2 / Biso mean: 260.86 Å2 / Biso min: 92.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.09 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.3→222.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22276 0 0 0 22276
残基数----2767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01922724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0221201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.96130645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98349394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2352754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.34124.9331125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.834154191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.22915116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0225030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024466
LS精密化 シェル解像度: 4.3→4.412 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 179 -
Rwork0.393 3320 -
all-3499 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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