PDB-5orq: Crystal structure of designed cPPR-Telo1 in complex with ssDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5orq

タイトル

Crystal structure of designed cPPR-Telo1 in complex with ssDNA

要素

DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
cPPR-Telo1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / designer nucleic acid-binding proteins / pentatricopeptide repeat / telomerase

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Spahr, H. / Rackham, O.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Australian Research Council	FT0991008, FT0991113, DP140104111	オーストラリア
National Health and Medical Research Council	APP1058442, APP1045677	オーストラリア
Cancer Council Western Australia		オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Modular ssDNA binding and inhibition of telomerase activity by designer PPR proteins.
著者: Spahr, H. / Chia, T. / Lingford, J.P. / Siira, S.J. / Cohen, S.B. / Filipovska, A. / Rackham, O.

履歴

登録	2017年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5orq.cif.gz	166.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5orq.ent.gz	137.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5orq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5orq_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5orq_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	5orq_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	5orq_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/5orq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/5orq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ormC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i9d-d 5i9h-d 5i9g-d 2zrt-4 3aaj-d 3clr-d 3l19-1 3n1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cPPR-Telo1

B: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.831, 114.831, 83.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	cPPR-Telo1 分子量: 40207.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPTPAPGPGPGPTPTPAPG)-3') 分子量: 3115.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100mM Sodium acetate pH 4.6, 20mM calcium chloride, and 22% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→47.32 Å / Num. obs: 42266 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 27.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 29.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.93-2	28.7	2.024	4084	0.701	0.38	2.059	99.4
7.48-47.32	19.8	0.059	846	0.998	0.015	0.061	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→27.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.14 / SU R_free Blow DPI: 0.134 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.128

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	2011	4.91 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	40921	99.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.44 Å² / B_iso mean: 29.9 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2316 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2316 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4631 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→27.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2785	210	0	377	3372
B_iso mean	-	-	-	41.31	-
残基数	-	-	-	-	374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1087	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	75	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	404	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3050	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	402	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3865	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3050	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4152	HARMONIC	2	1.01
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.37

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	156	5.22 %
R_work	0.2208	2831	-
all	0.2237	2987	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9776	0.748	-0.0313	2.7439	-0.006	0.2805	-0.0774	-0.0802	0.1058	0.0119	0.1246	0.0019	-0.0354	0.0459	-0.0472	-0.1234	0.0093	-0.0238	-0.014	-0.0552	-0.1786	10.3352	23.2348	17.0451
2	0	0.8943	-0.5119	1.6967	0.0009	0	-0.0457	-0.11	0.1204	0.0704	0.0936	0.083	-0.026	0.1528	-0.0479	-0.0058	-0.0411	-0.0109	0.0043	0.0325	0.0223	6.0766	20.1652	18.6372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	4 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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