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万見
- PDB-5or5: NMR structure of the complex formed by an engineered region 2 of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5or5
タイトルNMR structure of the complex formed by an engineered region 2 of sigmaE in complex with GTAAAA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3')
  • ECF RNA polymerase sigma-E factor,ECF RNA polymerase sigma factor SigW,ECF RNA polymerase sigma-E factor
キーワードTRANSCRIPTION / promoter melting / -10 element recognition / ECF sigma factor
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / response to osmotic stress / response to temperature stimulus / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / negative regulation of DNA-templated transcription ...sigma factor antagonist complex / response to osmotic stress / response to temperature stimulus / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-W, bacillaceae / RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 ...RNA polymerase sigma-W, bacillaceae / RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ECF RNA polymerase sigma-E factor / ECF RNA polymerase sigma factor SigW
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Campagne, S. / Vorholt, J.A. / Allain, F.H.
引用
ジャーナル: Not published
タイトル: Engineered promoter selectivity of an ECF sigma factor
著者: Campagne, S. / Vorholt, J.A. / Allain, F.H.
#1: ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for -10 promoter element melting by environmentally induced sigma factors.
著者: Campagne, S. / Marsh, M.E. / Capitani, G. / Vorholt, J.A. / Allain, F.H.
履歴
登録2017年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECF RNA polymerase sigma-E factor,ECF RNA polymerase sigma factor SigW,ECF RNA polymerase sigma-E factor
B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7522
ポリマ－12,7522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1250 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7050 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ECF RNA polymerase sigma-E factor,ECF RNA polymerase sigma factor SigW,ECF RNA polymerase sigma-E factor / RNA polymerase sigma-E factor / Sigma-24 / ECF sigma factor SigW / Alternative RNA polymerase sigma ...RNA polymerase sigma-E factor / Sigma-24 / ECF sigma factor SigW / Alternative RNA polymerase sigma factor SigW / RNA polymerase sigma-W factor / Sigma-W factor / RNA polymerase sigma-E factor / Sigma-24


分子量: 10990.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
株: K12, 168 / 遺伝子: rpoE, sigE, b2573, JW2557, sigW, ybbL, BSU01730 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGB6, UniProt: Q45585
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1761.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic23D HN(CA)CB
122isotropic23D CBCA(CO)NH
132isotropic23D HNCO
142isotropic22D 1H-15N HSQC
152isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1122isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1112isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1102isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
192isotropic13D 1H-15N NOESY
182isotropic23D H(CCO)NH
172isotropic23D C(CO)NH
163isotropic22D 1H-1H NOESY f2f
1133isotropic22D 1H-1H NOESY f1ff2f

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Engineered region2 of sigmaE from E. coli in which the loop L3 was replaced by the loop L3 of Bacillus subtilis sigmaW, 1 mM DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3'), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C15N_H2090% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Engineered region2 of sigmaE from E. coli in which the loop L3 was replaced by the loop L3 of Bacillus subtilis sigmaW, 1 mM DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3'), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O13C_15N_D20100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMEngineered region2 of sigmaE from E. coli in which the loop L3 was replaced by the loop L3 of Bacillus subtilis sigmaW[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1 mMDNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3')natural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMEngineered region2 of sigmaE from E. coli in which the loop L3 was replaced by the loop L3 of Bacillus subtilis sigmaW[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1 mMDNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*AP*A)-3')natural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 60 mM / Label: conditions / pH: 6.5 Not defined / 圧: atmospheric atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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