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万見
- PDB-5oqk: Solution NMR structure of truncated, human Hv1/VSOP (Voltage-gate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oqk
タイトルSolution NMR structure of truncated, human Hv1/VSOP (Voltage-gated proton channel)
要素Voltage-gated hydrogen channel 1
キーワードPROTON TRANSPORT / voltage gated proton channel / anti-parallel four-helix bundle / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Sperm Motility And Taxes / voltage-gated proton channel activity / regulation of acrosome reaction / cellular response to pH / voltage-gated monoatomic cation channel activity / ROS and RNS production in phagocytes / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to pH / cellular response to zinc ion / monoatomic ion channel complex ...Sperm Motility And Taxes / voltage-gated proton channel activity / regulation of acrosome reaction / cellular response to pH / voltage-gated monoatomic cation channel activity / ROS and RNS production in phagocytes / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to pH / cellular response to zinc ion / monoatomic ion channel complex / response to zinc ion / single fertilization / sperm flagellum / specific granule membrane / proton transmembrane transport / positive regulation of superoxide anion generation / secretory granule membrane / cell redox homeostasis / regulation of intracellular pH / phagocytic vesicle membrane / apical plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated hydrogen channel 1, C-terminal membrane-localisation domain / Voltage-gated hydrogen channel 1 / C-terminal membrane-localisation domain of ion-channel, VCN1 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated hydrogen channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bayrhuber, M. / Maslennikov, I. / Kwiatowski, W. / Sobol, A. / Wierschem, C. / Eichmann, C. / Riek, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Solution Structure and Functional Behavior of the Human Proton Channel.
著者: Bayrhuber, M. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Sobol, A. / Wierschem, C. / Eichmann, C. / Frey, L. / Riek, R.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated hydrogen channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3521
ポリマ－17,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11350 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Voltage-gated hydrogen channel 1 / Hydrogen voltage-gated channel 1 / HV1 / Voltage sensor domain-only protein


分子量: 17352.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 82-226 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HVCN1, VSOP, UNQ578/PRO1140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q96D96

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D HNCA
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HN(CA)CB
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 50% 2H] Hv1/VSOP, 20 mM MES, 20 mM BisTris, 2 mM FC-12, 2 mM LDAO, 1 mM TCEP, 10 mM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O
Label: sample-1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMHv1/VSOP[U-99% 13C; U-99% 15N; 50% 2H]1
20 mMMESnatural abundance1
20 mMBisTrisnatural abundance1
2 mMFC-12natural abundance1
2 mMLDAOnatural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
10 mMZnCl2natural abundance1
試料状態イオン強度: 30 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.8 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software名称: CYANA / 開発者: Guntert P. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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